4-[[[4-[[[4-[[4-(hydroxyaminocarbonyl)valeryl]amino]-1-methyl-2-pyrrolyl]carbonyl]amino]-1-methyl-2-pyrrolyl]carbonyl]amino]-1-methyl-N-[3-(N,N-dimethylamino)propyl]-2-pyrrolecarboxamide

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氮化合物
• 英文名称: 4-[[[4-[[[4-[[4-(hydroxyaminocarbonyl)valeryl]amino]-1-methyl-2-pyrrolyl]carbonyl]amino]-1-methyl-2-pyrrolyl]carbonyl]amino]-1-methyl-N-[3-(N,N-dimethylamino)propyl]-2-pyrrolecarboxamide
• 英文别名: N-[5-[[5-[[5-[3-(dimethylamino)propylcarbamoyl]-1-methylpyrrol-3-yl]carbamoyl]-1-methylpyrrol-3-yl]carbamoyl]-1-methylpyrrol-3-yl]-N'-hydroxyhexanediamide
• 化学式: C₂₉H₄₁N₉O₆
• 分子量: 611.701
• InChiKey: ADYDOMOAJAKJMV-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.9
• 重原子数：
  44
• 可旋转键数：
  15
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.41
• 拓扑面积：
  184
• 氢给体数：
  6
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  3-(1-methyl-4-(1-methyl-4-(1-methyl-4-aminopyrrole-2-carboxamido)pyrrole-2-carboxamido)pyrrole-2-carboxamido)dimethylaminopropane 在 羟胺 作用下， 以 甲醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 生成 4-[[[4-[[[4-[[4-(hydroxyaminocarbonyl)valeryl]amino]-1-methyl-2-pyrrolyl]carbonyl]amino]-1-methyl-2-pyrrolyl]carbonyl]amino]-1-methyl-N-[3-(N,N-dimethylamino)propyl]-2-pyrrolecarboxamide
  参考文献：
  名称：

  Effect of Polymethylene and Phenylene Linking Groups on the DNA Cleavage Specificity of Distamycin-Linked Hydroxamic Acid-Vanadyl Complexes.

  摘要：

  我们首次合成了两种与地霉素相连的羟肟酸（DHA），它们分别含有不同长度的聚亚甲基链（PM-DHA）和相对刚性的亚苯基链（Ph-DHA）。在香草醛离子和过氧化氢存在下，通过末端标记片段裂解实验研究了它们的 DNA 裂解特异性。结果表明，PM-DHA-VO(II)复合物对 DNA 的裂解作用与链的长度和 AT 序列有很大关系。四亚甲基 DHA（1b）复合物在 8 AT 位点和 10 AT 位点两侧表现出高度特异性的裂解模式。有趣的是，Ph-DHA 复合物可选择性地裂解 AT 位点上的 5'末端标记链，但不会裂解 3'末端标记链。这表明香草酰复合物分子和 AT 道的局部序列构象对 PM-DHA-VO(II) 复合物的 DNA 识别起了重要作用。

  DOI：

  10.1248/cpb.48.603

文献信息

• Effect of Polymethylene and Phenylene Linking Groups on the DNA Cleavage Specificity of Distamycin-Linked Hydroxamic Acid-Vanadyl Complexes.
  作者：Shigeki HASHIMOTO、Takahiro INUI、Yushin NAKAMURA

  DOI：10.1248/cpb.48.603

  日期：——

  Two types of distamycin-linked hydroxamic acids (DHA), which contain various lengths of polymethylene chains (PM-DHA) and relatively rigid phenylene ones (Ph-DHA), have been synthesized for the first time. Their DNA cleavage specificities were investigated by an end-labeled fragment cleavage experiment in the presence of vanadyl ion and hydrogen peroxide. The DNA cleavage by the PM-DHA·VO(II) complexes was shown to be very dependent on the length of the chain and the AT sequences. The tetramethylene DHA (1b) complex exhibited highly specific cleavage patterns flanking the 8 and 10 AT sites. Interestingly, the Ph-DHA complexes selectively cleaved the 5' end-labeled strand at the AT sites, but did not cleave the 3' end-labeled strand. The vanadyl complexing moieties and the local sequence conformation of the AT tract are suggested to contribute significantly to the DNA recognition of the PM-DHA·VO(II) complexes.

  我们首次合成了两种与地霉素相连的羟肟酸（DHA），它们分别含有不同长度的聚亚甲基链（PM-DHA）和相对刚性的亚苯基链（Ph-DHA）。在香草醛离子和过氧化氢存在下，通过末端标记片段裂解实验研究了它们的 DNA 裂解特异性。结果表明，PM-DHA-VO(II)复合物对 DNA 的裂解作用与链的长度和 AT 序列有很大关系。四亚甲基 DHA（1b）复合物在 8 AT 位点和 10 AT 位点两侧表现出高度特异性的裂解模式。有趣的是，Ph-DHA 复合物可选择性地裂解 AT 位点上的 5'末端标记链，但不会裂解 3'末端标记链。这表明香草酰复合物分子和 AT 道的局部序列构象对 PM-DHA-VO(II) 复合物的 DNA 识别起了重要作用。