该报告描述了设计小沟结合物以识别任何 DNA 序列的项目的突破。一个关键目标是发明用于化合物制备的合成
化学,以识别难以靶向的相邻 GG 序列。在尝试了几种不成功的化合物设计后,选择了N-烷基-苯并二
咪唑结构来为相邻的GG-NH基团提供两个H键受体。侧翼
噻吩提供了具有强亲和力的预组织结构 DB2831,并且该结构由苯基脒封端。 DB2831 与目标 AAAGG
TTT 序列的结合实验结果是成功的,包括高 Δ T m 、 KD为 4 nM 的
生物传感器
SPR、来自荧光滴定的类似KD和支持竞争质谱法。对与 AAAGG
TTT 位点结合的 DB2831 进行 MD 分析表明,苯并二
咪唑基团的两个非质子化N与两个中心 G-NH 形成强氢键(基于距离),而苯并二
咪唑的中心 –CH 靠近 –C C碱基的O。这三种相互作用解释了 DB2831 对 -GG- 序列的强烈偏好。令人惊讶的是,具有一种动态界面
水的综合体以