2′-deoxyguanosine

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 咪唑并嘧啶类
• 英文名称: 2′-deoxyguanosine
• 英文别名: 2'-deoxyguanosine；4,5-DHdG；2-amino-9-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-4,5-dihydro-1H-purin-6-one
• 化学式: C₁₀H₁₅N₅O₄
• 分子量: 269.26
• InChiKey: FYMLWXYQGATVTH-AYGFZIFSSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -2.5
• 重原子数：
  19
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.7
• 拓扑面积：
  133
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  氘代碘甲烷 、 2′-deoxyguanosine 以 二甲基亚砜 为溶剂， 反应 6.0h， 以30%的产率得到[2H3]-N⁷-methyl-2'-deoxyguanosine
  参考文献：
  名称：

  Quantitative Determination of N⁷-Methyldeoxyguanosine and O⁶-Methyldeoxyguanosine in DNA by LC−UV−MS−MS

  摘要：

  2'-脱氧鸟苷的 N-7 和 O-6 位是 N-甲基-N-亚硝基脲（MNU）甲基化的主要位点，MNU 被用于在动物模型中产生多种实验性癌症。在此，我们报告了一种基于高效液相色谱-紫外-串联质谱（LC-UV-MS-MS）的高灵敏定量检测方法的开发情况，该方法可检测 DNA 水解产物中的 N7-甲基-2'-脱氧鸟苷（N7-MedG）和 O6-甲基-2'-脱氧鸟苷（O6-MedG）。由于这种检测方法对脱氧核苷具有选择性，因此排除了甲基化 RNA 的潜在干扰。合成了同位素标记的类似物 [2H3]N7-MedG 和 [2H3]O6-MedG 并添加到 DNA 水解产物中作为内标。在线紫外吸光度检测用于定量分析原生脱氧核苷 dG，而 MS-MS 则用于测定 N7-MedG 和 O6-MedG。经测定，N7-MedG 和 O6-MedG 的检测限分别为 64 和 43 fmol。N7-MedG 和 O6-MedG 的定量限分别为 0.13 pmol 和 0.085 pmol。此外，还研究了 N7-MedG 和 O6-MedG 的稳定性。虽然 O6-MedG 在室温下稳定至少 11 天，但 N7-MedG 在室温下的半衰期为 2 天。这两种加合物在 -20 °C 下都很稳定。使用 LC-UV-MS-MS 对小牛胸腺 DNA 和经 MNU 处理的 Sprague-Dawley 大鼠肝脏中的 DNA 进行了检测，该方法在速度和灵敏度方面都进行了优化。小牛胸腺 DNA 中 N7-MedG 和 O6-MedG 的含量随着 MNU 浓度和培养时间的增加而增加。单剂量 50 毫克/千克 MNU 处理 2 小时后，大鼠肝脏中的 N7-MedG 和 O6-MedG 含量分别为 95.2 N7-MedG/105 dG 和 14.8 O6-MedG/105 dG。这种 LC-UV-MS-MS 检测方法具有所需的灵敏度和速度，可用于评估甲基化药物 MNU 诱导的癌症动物模型中 DNA 甲基化病变的程度。

  DOI：

  10.1021/ac020235o
• 作为产物：
  描述：

  在 SAMHD₁ 、 水 作用下， 以 aq. acetate buffer 为溶剂， 反应 0.75h， 生成 三磷酸 、 2′-deoxyguanosine
  参考文献：
  名称：

  Small Molecule Inhibition of SAMHD1 dNTPase by Tetramer Destabilization

  摘要：

  SAMHD1 is a GTP-activated nonspecific dNTP triphosphohydrolase that depletes dNTP pools in resting CD4+ T cells and macrophages and effectively restricts infection by HIV-1. We have designed a nonsubstrate dUTP analogue with a methylene bridge connecting the a phosphate and 5' carbon that potently inhibits SAMHD1. Although pppCH(2)dU shows apparent competitive inhibition, it acts by a surprising allosteric mechanism that destabilizes active enzyme tetramer.

  DOI：

  10.1021/ja5035717

文献信息

• Alkylation of 9-substituted guanine derivatives with α,ω-dihaloalkanes
  作者：Grzegorz Framski、Tomasz Goslinski、Piotr Januszczyk、Bozenna Golankiewicz、Tomasz Ostrowski

  DOI：10.1002/hc.21399

  日期：2017.9

  of 9-substituted guanine derivatives with NaH/1,2-dibromoethane, 1,3-dibromopropane, or 1,4-dibromobutane at room temperature resulted in the isolation of tricyclic 1,N2-(1,2-ethano)guanine, 1,N2-(1,3-propano)guanine, or 1,N2-(1,4-butano)guanine products, respectively. O6-Haloalkyl and N1-haloalkyl products were obtained following the use of NaH/1,4-dibromobutane, higher α,ω-dibromoalkanes, or α-b

  9-取代鸟嘌呤衍生物与 NaH/1,2-二溴乙烷、1,3-二溴丙烷或 1,4-二溴丁烷在室温下的反应导致三环 1,N2-(1,2-乙醇)鸟嘌呤的分离，分别为 1,N2-(1,3-丙烷)鸟嘌呤或 1,N2-(1,4-丁烷)鸟嘌呤产品。使用 NaH/1,4-二溴丁烷、高级 α,ω-二溴烷烃或 α-溴-ω-氟烷烃后，得到 O6-卤代烷基和 N1-卤代烷基产物。提高反应温度为 O6-鸟嘌呤-亚烷基-O6-鸟嘌呤和 N1-鸟嘌呤-亚烷基-O6-鸟嘌呤对称和不对称二聚体的合成开辟了道路。保护底物胺基以形成 N,N-二烷基甲脒提供了获得 N1-鸟嘌呤-亚烷基-N1-鸟嘌呤二聚体的途径。
• KUIJPERS, W. H. A.;HUSKENS, J.;BOECKEL, C. A. A. VAN, TETRAHEDRON LETT., 31,(1990) N6, C. 6729-6732
  作者：KUIJPERS, W. H. A.、HUSKENS, J.、BOECKEL, C. A. A. VAN

  DOI：——

  日期：——
• Small Molecule Inhibition of SAMHD1 dNTPase by Tetramer Destabilization
  作者：Kyle J. Seamon、Erik C. Hansen、Anastasia P. Kadina、Boris A. Kashemirov、Charles E. McKenna、Namandjé N. Bumpus、James T. Stivers

  DOI：10.1021/ja5035717

  日期：2014.7.16

  SAMHD1 is a GTP-activated nonspecific dNTP triphosphohydrolase that depletes dNTP pools in resting CD4+ T cells and macrophages and effectively restricts infection by HIV-1. We have designed a nonsubstrate dUTP analogue with a methylene bridge connecting the a phosphate and 5' carbon that potently inhibits SAMHD1. Although pppCH(2)dU shows apparent competitive inhibition, it acts by a surprising allosteric mechanism that destabilizes active enzyme tetramer.
• Quantitative Determination of <i>N</i>⁷-Methyldeoxyguanosine and <i>O</i>⁶-Methyldeoxyguanosine in DNA by LC−UV−MS−MS
  作者：Yanan Yang、Dejan Nikolic、Steven M. Swanson、Richard B. van Breemen

  DOI：10.1021/ac020235o

  日期：2002.10.1

  The N-7 and O-6 positions of 2‘-deoxyguanosine are the predominant sites of methylation by N-methyl-N-nitrosourea (MNU), which is used to produce a variety of experimental cancers in animal models. Here we report the development of a highly sensitive quantitative assay based on high-performance liquid chromatography−UV−tandem mass spectrometry (LC−UV−MS−MS) to measure N7-methyl-2‘-deoxyguanosine (N7-MedG) and O6-methyl-2‘-deoxyguanosine (O6-MedG) in DNA hydrolysates. Since this assay was selective for deoxyribonucleosides, potential interference from methylated RNA was eliminated. Isotopically labeled analogues, [2H3]N7-MedG and [2H3]O6-MedG, were synthesized and added to the DNA hydrolysates as internal standards. In-line UV absorbance detection was used for the quantitative analysis of the native deoxyribonucleoside dG, and MS−MS was used for the determination of N7-MedG and O6-MedG. The limits of detection for N7-MedG and O6-MedG were determined to be 64 and 43 fmol, respectively. The limits of quantification were 0.13 pmol for N7-MedG and 0.085 pmol for O6-MedG. The stabilities of N7-MedG and O6-MedG were also investigated. Although O6-MedG was stable at room temperature for at least 11 days, the half-life of N7-MedG at room temperature was 2 days. Both adducts were stable at −20 °C. Calf thymus DNA and DNA from the livers of MNU-treated Sprague−Dawley rats were assayed using LC−UV−MS−MS, which was optimized for speed as well as for sensitivity. The levels of N7-MedG and O6-MedG in calf thymus DNA increased with MNU concentration and incubation time. The levels of N7-MedG and O6-MedG in the rat livers 2 h after treatment with a single dose of 50 mg/kg MNU were 95.2 N7-MedG/105 dG and 14.8 O6-MedG/105 dG. This LC−UV−MS−MS assay provides the sensitivity and speed required to evaluate the extent of methylated DNA lesions in animal models of cancer induced by the methylating agent MNU.

  2'-脱氧鸟苷的 N-7 和 O-6 位是 N-甲基-N-亚硝基脲（MNU）甲基化的主要位点，MNU 被用于在动物模型中产生多种实验性癌症。在此，我们报告了一种基于高效液相色谱-紫外-串联质谱（LC-UV-MS-MS）的高灵敏定量检测方法的开发情况，该方法可检测 DNA 水解产物中的 N7-甲基-2'-脱氧鸟苷（N7-MedG）和 O6-甲基-2'-脱氧鸟苷（O6-MedG）。由于这种检测方法对脱氧核苷具有选择性，因此排除了甲基化 RNA 的潜在干扰。合成了同位素标记的类似物 [2H3]N7-MedG 和 [2H3]O6-MedG 并添加到 DNA 水解产物中作为内标。在线紫外吸光度检测用于定量分析原生脱氧核苷 dG，而 MS-MS 则用于测定 N7-MedG 和 O6-MedG。经测定，N7-MedG 和 O6-MedG 的检测限分别为 64 和 43 fmol。N7-MedG 和 O6-MedG 的定量限分别为 0.13 pmol 和 0.085 pmol。此外，还研究了 N7-MedG 和 O6-MedG 的稳定性。虽然 O6-MedG 在室温下稳定至少 11 天，但 N7-MedG 在室温下的半衰期为 2 天。这两种加合物在 -20 °C 下都很稳定。使用 LC-UV-MS-MS 对小牛胸腺 DNA 和经 MNU 处理的 Sprague-Dawley 大鼠肝脏中的 DNA 进行了检测，该方法在速度和灵敏度方面都进行了优化。小牛胸腺 DNA 中 N7-MedG 和 O6-MedG 的含量随着 MNU 浓度和培养时间的增加而增加。单剂量 50 毫克/千克 MNU 处理 2 小时后，大鼠肝脏中的 N7-MedG 和 O6-MedG 含量分别为 95.2 N7-MedG/105 dG 和 14.8 O6-MedG/105 dG。这种 LC-UV-MS-MS 检测方法具有所需的灵敏度和速度，可用于评估甲基化药物 MNU 诱导的癌症动物模型中 DNA 甲基化病变的程度。