(3S,4R)-1-[(叔丁氧基)羰基]-4-{[((9H-芴-9-甲氧基)羰基]氨基}吡咯烷-3-羧酸 | 346610-79-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 芴
• 中文名称: (3S,4R)-1-[(叔丁氧基)羰基]-4-{[((9H-芴-9-甲氧基)羰基]氨基}吡咯烷-3-羧酸
• 英文名称: (3S,4R)-4-((((9H-fluoren-9-yl)methoxy)carbonyl)amino)-1-(tert-butoxycarbonyl)pyrrolidine-3-carboxylic acid
• 英文别名: (3S,4R)-1-[(tert-butoxy)carbonyl]-4-{[(9H-fluoren-9-ylmethoxy)carbonyl]amino}pyrrolidine-3-carboxylic acid；(3S,4R)-4-(9H-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)-1-[(2-methylpropan-2-yl)oxycarbonyl]pyrrolidine-3-carboxylic acid
• CAS: 346610-79-5
• 化学式: C₂₅H₂₈N₂O₆
• 分子量: 452.507
• InChiKey: MDJLYIHNKUJSBA-FPOVZHCZSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.9
• 重原子数：
  33
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.4
• 拓扑面积：
  105
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (3S,4R)-1-[(叔丁氧基)羰基]-4-{[((9H-芴-9-甲氧基)羰基]氨基}吡咯烷-3-羧酸 在 盐酸 作用下， 以 1,4-二氧六环 为溶剂， 生成 (3S,4R)-4-(9H-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)pyrrolidine-3-carboxylic acid
  参考文献：
  名称：

  A preorganized β-amino acid bearing a guanidinium side chain and its use in cell-penetrating peptides

  摘要：

  一种带有侧链鸟氨酸基团的环状β-氨基酸(APC^Gu)已经被开发出来。

  DOI：

  10.1039/c5ob00389j
• 作为产物：
  描述：

  在 氢气 、 碳酸氢钠 作用下， 以 乙醇 、 水 、 丙酮 为溶剂， 20.0 ℃ 、310.27 kPa 条件下， 反应 24.0h， 生成 (3S,4R)-1-[(叔丁氧基)羰基]-4-{[((9H-芴-9-甲氧基)羰基]氨基}吡咯烷-3-羧酸
  参考文献：
  名称：

  一种得到正交保护的反式3-氨基吡咯烷-4-羧酸的对映体的有效途径。

  摘要：

  DOI：

  10.1021/jo001534l

文献信息

• Thermodynamic Scale of β-Amino Acid Residue Propensities for an α-Helix-like Conformation
  作者：Brian F. Fisher、Seong Ho Hong、Samuel H. Gellman

  DOI：10.1021/jacs.8b05162

  日期：2018.8.1

  These measurements depend on formation of a parallel coiled-coil tertiary structure when two peptide segments become linked by thioester formation. One peptide segment contains a "guest" site that accommodates diverse β residues and is distal to the coiled-coil interface. We find that helix propensity is influenced by side chain placement within the β residue [β3 (side chain adjacent to nitrogen) slightly

  硫醇-硫酯交换系统已被用于测量不同 β-氨基酸残基参与α-螺旋状构象的倾向。当两个肽段通过硫酯形成连接时，这些测量取决于平行卷曲螺旋三级结构的形成。一个肽段包含一个“客体”位点，可容纳不同的 β 残基，位于卷曲螺旋界面的远端。我们发现螺旋倾向受 β 残基内侧链位置的影响 [β3（与氮相邻的侧链）相对于 β2（与羰基相邻的侧链）略微有利]。先前公认的由五元环掺入产生的螺旋稳定性被量化。
• Exploration of Diverse Reactive Diad Geometries for Bifunctional Catalysis via Foldamer Backbone Variation
  作者：Zebediah C. Girvin、Samuel H. Gellman

  DOI：10.1021/jacs.8b05869

  日期：2018.10.3

  What is the best spatial arrangement of a pair of reactive groups for bifunctional catalysis of a chemical transformation? The conformational versatility of proteins allows reactive group geometry to be explored and optimized via evolutionary selection, but it has been difficult for chemists to identify synthetic scaffolds that allow broad comparative evaluation among alternative reactive group geometries

  用于化学转化双功能催化的一对反应基团的最佳空间排列是什么？蛋白质的构象多功能性允许通过进化选择来探索和优化反应基团的几何结构，但化学家很难确定合成支架，以便在替代反应基团几何结构之间进行广泛的比较评估。在这里，我们展示了由部分或完全由 β-氨基酸残基组成的低聚物可预测地采用的一系列螺旋，使我们能够探索必须协同工作以催化交叉羟醛反应的一对吡咯烷单元的一系列方向。因此，交叉羟醛反应用作反应性二元组功效的测定。我们选择了一个没有立体化学复杂性的测试反应，以简化我们对反应性的研究。最佳几何形状将产品形成的初始速率提高两个数量级。我们的研究结果提出了一种可能性，即涉及孤立二级结构的基本催化剂可能促进了益生元反应网络的发展。
• Polypeptides containing gamma-amino acids
  申请人：——

  公开号：US20030211999A1

  公开（公告）日：2003-11-13

  Disclosed are polypeptide compounds containing at least one residue comprising a cyclically-constrained &ggr;-amino acid residue. The compounds have the formula 1 where A is a hydrogen, hydroxy, amino- or carboxy-protecting group, Y is a single bond or a prolyl-containing linking group, and X and Y are &ggr;-amino acid residues, provided that one of X or Y is a conformationally-restrained &ggr;-amino acid residue, and “a,” “c,” and “d” are positive integers. The compounds find use as non-enzymatically degradable probes to mimic protein behavior in solution.

  本发明涉及聚肽化合物，其中至少包含一个含有环状约束的&ggr;-氨基酸残基。该化合物的化学式为1，其中A是氢、羟基、氨基或羧基保护基团，Y是单键或含有脯氨酰基的连接基团，X和Y是&ggr;-氨基酸残基，但其中一个是构象受限的&ggr;-氨基酸残基，“a”、“c”和“d”是正整数。该化合物可用作非酶降解的探针，模拟溶液中蛋白质的行为。
• Linker substitution influences succinimide ring hydrolysis equilibrium impacting the stability of attachment to antibody–drug conjugates
  作者：Lu Wang、Adrian D. Hobson、Paulin L. Salomon、Julia Fitzgibbons、Jianwen Xu、Sean McCarthy、Kan Wu、Ying Jia、Axel Hernandez、Xiang Li、Zhou Xu、Zhongyuan Wang、Yajie Yu、Junxian Li、Lin Tao

  DOI：10.1039/d3md00569k

  日期：——

  Maleimide chemistry is widely used in antibody–drug conjugate (ADC) generation to connect drugs to antibodies through a succinimide linker. The resulting ADC is prone to payload loss via a reverse Michael reaction, leading to premature drug release in vivo. Complete succinimide hydrolysis is an effective strategy to overcome the instability of ADC. However, we discovered through previous work that

  马来酰亚胺化学广泛用于抗体-药物偶联物 （ADC） 生成，通过琥珀酰亚胺接头将药物与抗体连接起来。所得 ADC 容易通过反向 Michael 反应发生有效载荷损失，导致药物在体内过早释放。完全琥珀酰亚胺水解是克服 ADC 不稳定性的有效策略。然而，我们通过以前的工作发现，水解的琥珀酰亚胺环在储存过程中和热应力条件下可以在液体制剂中再次闭合。在这项工作中，设计了一组具有水解易发生基团的马来酰亚胺接头。制备相应的 ADC 并经受热应力条件。测量琥珀酰亚胺水解和药物释放的程度，并计算接头的 SEC 、 DAR 、 pI 和 clog P 等 ADC 性质。我们的结果表明，尽管所有这些基团都提高了水解速率，但它们对维持开放构象中的水解琥珀酰亚胺环和液体制剂中 ADC 稳定性的影响不同。
• 3-Aminopyrrolidine-4-carboxylic acid as versatile handle for internal labeling of pyrrolidinyl PNA
  作者：Nisanath Reenabthue、Chalothorn Boonlua、Chotima Vilaivan、Tirayut Vilaivan、Chaturong Suparpprom

  DOI：10.1016/j.bmcl.2011.08.079

  日期：2011.11

  Conformationally restricted pyrrolidinyl PNAs with an alpha/beta-dipeptide backbone consisting of a nucleobase-modified proline and a cyclic five-membered amino acid spacer such as (1S,2S)-2-aminocyclopentanecarboxylic acid (ACPC) (acpcPNA) can form very stable hybrids with DNA with high Watson-Crick base pairing specificity. This work aims to explore the effect of incorporating 3-aminopyrrolidine-4-carboxylic acid (APC), which is isosteric to the ACPC spacer, into the acpcPNA. It is expected that the modification should not negatively affect the DNA binding properties, and that the additional nitrogen atom in the APC should provide a handle for internal modification. Orthogonally-protected (N-3-Fmoc/N-1-Boc and N-3-Fmoc/N-1-Tfa) APC monomers have been successfully synthesized and incorporated into the acpcPNA by Fmoc-solid-phase peptide synthesis. T-m, UV and CD spectroscopy confirmed that the (3R,4S)-APC could substitute the (1S,2S)-ACPC spacer in the acpcPNA with only slightly decreasing the stability of the hybrids formed between the modified acpc/apcPNA and DNA. In contrast, the (3S,4R) enantiomer of APC caused substantial destabilization of the hybrids. Furthermore, a successful on-solid-support internal labeling of the acpc/apcPNA via amide bond formation between pyrene-1-carboxylic acid or 4-(pyrene-1-yl) butyric acid and the pyrrolidine nitrogen atom of the APC spacer has been demonstrated. Fluorescence properties of the pyrene-labeled acpc/apcPNAs are sensitive to their hybridization states and can readily distinguish between complementary and single-mismatched DNA targets. (C) 2011 Elsevier Ltd. All rights reserved.