2'-TFA-NH-2'-脱氧尿苷 | 51989-21-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 中文名称: 2'-TFA-NH-2'-脱氧尿苷
• 英文名称: (2R,3R,4S,5R)-N-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)tetrahydrofuran-3-yl)-2,2,2-trifluoroacetamide
• 英文别名: 2'-N-(trifluoroacetamido)-2'-deoxyuridine；2'-(2,2,2-trifluoro-acetylamino)-2'-deoxy-uridine；2'-Trifluoracetamido-2'-deoxyuridin；2'-TFA-NH-dU；N-[(2R,3R,4S,5R)-2-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl]-2,2,2-trifluoroacetamide
• CAS: 51989-21-0
• 化学式: C₁₁H₁₂F₃N₃O₆
• 分子量: 339.228
• InChiKey: LXCNOCVKVXQYCX-XVFCMESISA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.9
• 重原子数：
  23
• 可旋转键数：
  3
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.55
• 拓扑面积：
  128
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2'-TFA-NH-2'-脱氧尿苷 在 吡啶 、 氨 作用下， 以 1,4-二氧六环 为溶剂， 生成 5'-O-dimethoxytrityl-2'-amino-2'-deoxyuridine
  参考文献：
  名称：

  带有带有反应性残基的接头的用于寡核苷酸合成的单体：II。基于尿苷和胞嘧啶并在2'位含有甲氧基草酰胺基团的连接体合成亚磷酰胺

  摘要：

  开发了一种方便的 2'-氨基-2'-脱氧尿苷的制备合成方法。从 2'-氨基-2'-脱氧尿苷和 2'-氨基-2'-脱氧胞苷开始，获得了在 2' 位带有带有甲氧基草酰胺基团的接头的亚磷酰胺寡核苷酸合成单体。

  DOI：

  10.1023/b:rubi.0000030130.99454.ae
• 作为产物：
  描述：

  5'-O-dimethoxytrityl-2'-amino-2'-deoxyuridine 在 三氯乙酸 作用下， 以 甲醇 、 乙腈 为溶剂， 反应 1.25h， 生成 2'-TFA-NH-2'-脱氧尿苷
  参考文献：
  名称：

  改进了2'-氨基-2'-脱氧鸟苷及其亚磷酰胺的合成。

  摘要：

  2'-氨基-2'-脱氧核苷和包含它们的寡核苷酸已被证明对一系列生化应用非常有效。鸟苷类似物及其亚磷酰胺衍生物先前已经通过转糖基化从2'-氨基-2'-脱氧尿苷中获得，但是总体效率和便利性有限。使用已知反应类型的简单修饰，我们已经开发了有用的方案，与以前报道的相比，具有更大的便利性，更少的步骤和更高的产率来获得2'-氨基-2'-脱氧鸟苷及其两个亚磷酰胺衍生物。这些亚磷酰胺为将2'-氨基-2'-脱氧鸟苷掺入寡核苷酸中提供了有效的合成子。

  DOI：

  10.1016/j.bmc.2005.08.050

文献信息

• Structure−Activity Relationships of Uridine 5‘-Diphosphate Analogues at the Human P2Y₆ Receptor
  作者：Pedro Besada、Dae Hong Shin、Stefano Costanzi、Hyojin Ko、Christophe Mathé、Julien Gagneron、Gilles Gosselin、Savitri Maddileti、T. Kendall Harden、Kenneth A. Jacobson

  DOI：10.1021/jm060485n

  日期：2006.9.1

  been studied. Uridine 5'-diphosphate (UDP) analogues bearing substitutions of the ribose moiety, the uracil ring, and the diphosphate group were synthesized and assayed for activity at the human P2Y6 receptor. The uracil ring was modified at the 4 position, with the synthesis of 4-substituted-thiouridine 5'-diphosphate analogues, as well as at positions 2, 3, and 5. The effect of modifications at the

  研究了尿嘧啶核苷酸激活的 P2Y6 受体的结构-活性关系和分子模型。合成了带有核糖部分、尿嘧啶环和二磷酸基团取代的尿苷 5'-二磷酸 (UDP) 类似物，并测定了其对人 P2Y6 受体的活性。尿嘧啶环在 4 位上进行修饰，合成 4-取代的硫尿苷 5'-二磷酸类似物，以及在 2、3 和 5 位进行修饰。研究了磷酸链水平修饰的影响通过制备环状3',5'-二磷酸类似物、3'-二磷酸类似物和几种二核苷酸二磷酸。 5-Iodo-UDP 32 (EC50 = 0.15 microM) 与 UDP 等价，而 2'-羟基（氨基、叠氮基）的取代会大大降低效力。与 UDP 相比，2- 和 4- 硫代类似物分别为 20 和 21 也相对有效。然而，大多数其他修改大大降低了效力。分子模型表明，5'-UDP 和类似物的 β-磷酸对于与受体的三个保守阳离子残基中的两个建立静电相互作用至关重要。在4-硫醚衍生物中，4-乙硫基类似物23显示出0
• Structure−Activity Relationship of Uridine 5‘<b>-</b>Diphosphoglucose Analogues as Agonists of the Human P2Y₁₄ Receptor
  作者：Hyojin Ko、Ingrid Fricks、Andrei A. Ivanov、T. Kendall Harden、Kenneth A. Jacobson

  DOI：10.1021/jm061222w

  日期：2007.5.1

  moieties abolished activity; this is among the least permissive P2Y receptors. However, a 2-thiouracil modification in 15 (EC50 49 +/- 2 nM) enhanced the potency of UDPG (but not UDP-glucuronic acid) by 7-fold. 4-Thio analogue 13 was equipotent to UDPG, but S-alkylation was detrimental. Compound 15 was docked in a rhodposin-based receptor homology model, which correctly predicted potent agonism of UDP-fructose

  UDP葡萄糖（UDPG）及其衍生物是Gi蛋白偶联的P2Y14受体的天然激动剂，它存在于免疫系统中。我们合成并表征了在碱基，核糖和葡萄糖部分修饰的UDPG的药理学新类似物，作为结合建模设计新配体的基础。通过工程化的Galpha-q / i蛋白将在COS-7细胞中表达的重组人P2Y14受体与磷脂酶C偶联。尿嘧啶或核糖部分的大多数修饰废除了活性。这是最不被允许的P2Y受体之一。然而，在15（EC50 49 +/- 2 nM）中的2-硫尿嘧啶修饰将UDPG（而不是UDP-葡萄糖醛酸）的效力提高了7倍。4-硫代类似物13与UDPG等价，但是S-烷基化是有害的。化合物15停靠在基于罗丹蛋白的受体同源性模型中，该模型正确预测了UDP-果糖，UDP-甘露糖和UDP-肌醇的有效激动作用。UDPG的己糖部分与多个H键和带电荷的残基相互作用，并为激动剂修饰提供了肥沃的区域。
• Biocatalytic synthesis of aminodeoxy purine N9-beta-D-nucleosides containing 3-amino-3-deoxy-beta-D-ribofuranose, 3-amino-2,3-dideoxy-beta-D-ribofuranose, and 2-amino-2-deoxy-beta-D-ribofuranose as sugar moieties
  申请人：Barai N. Vladimir

  公开号：US20070065922A1

  公开（公告）日：2007-03-22

  Purine N 9 -β-D-nucleosides containing 3-amino-3-deoxy-β-D-ribofaranose, 3-amino-2,3-dideoxy-β-D-ribofuranose, and 2-amino-2-deoxy-β-D-ribofuranose as sugar moieties are synthesized by biocatalytic transglycosylation of purine bases and the respective 3′-amino-3′-deoxyuridine, 3′-amino-3′-deoxythymidine and 2′-amino-2′-deoxyuridine as donors of the carbohydrate moiety, and the cells of Escherichia coli as a biocatalyst or glutaraldehyde (GA) treated cells of Escherichia coli as a biocatalyst or a mixture of thymidine (uridine) phosphorylase and purine nucleoside phosphorylase.

  含有3-氨基-3-脱氧-β-D-核糖呋喃糖，3-氨基-2,3-二脱氧-β-D-核糖呋喃糖和2-氨基-2-脱氧-β-D-核糖呋喃糖作为糖基团的嘌呤N9-β-D-核苷酸，通过生物催化转基因嘌呤碱基和相应的3'-氨基-3'-脱氧尿苷、3'-氨基-3'-脱氧胸苷和2'-氨基-2'-脱氧尿苷作为碳水化合物基团供体，以大肠杆菌细胞作为生物催化剂或经戊二醛处理的大肠杆菌细胞作为生物催化剂或胸苷（尿苷）磷酸化酶和嘌呤核苷酸磷酸化酶的混合物进行合成。
• Nucleic acid mediated electron transfer
  申请人：CALIFORNIA INSTITUTE OF TECHNOLOGY

  公开号：EP1172446A2

  公开（公告）日：2002-01-16

  The present invention provides for the selective covalent modification of nucleic acids with redox active moieties such as transition metal complexes. Electron donor and electron acceptor moieties are covalently bound to the ribose-phosphate backbone of a nucleic acid at predetermined positions. The resulting complexes represent a series of new derivatives that are bimolecular templates capable of transferring electrons over very large distances at extremely fast rates. These complexes possess unique structural features which enable the use of an entirely new class of bioconductors and photoactive probes.

  本发明提供了用氧化还原活性分子（如过渡金属复合物）对核酸进行选择性共价修饰的方法。电子供体和电子受体分子在预定位置与核酸的核糖-磷酸骨架共价结合。由此产生的复合物代表了一系列新的衍生物，它们是双分子模板，能够以极快的速度将电子转移到非常远的距离。这些复合物具有独特的结构特征，可用于全新的生物导体和光活性探针。
• Nucleic acid ligands and improved methods for producing the same
  申请人：GILEAD SCIENCES, INC.

  公开号：EP1793006A2

  公开（公告）日：2007-06-06

  The present invention describes methods for the identification and production of nucleic acid ligands to a target molecule based on the SELEX process. The methods may be performed with modified nucleic acids, blended nucleic acids and with separate steps of contacting of the candidate mixture of nucleic acids with target and with nontarget molecules. Included in the invention are methods for the identification and preparation of nucleic acid ligands to thrombin, vascular endothelial growth factor, human neutrophil elastase, caffeine and theophylline and nucleic acid ligands to thrombin identified by the SELEX method.

  本发明描述了基于 SELEX 过程鉴定和生产靶分子核酸配体的方法。这些方法可以用修饰核酸、混合核酸以及候选核酸混合物分别与靶分子和非靶分子接触的步骤来进行。本发明包括凝血酶、血管内皮生长因子、人中性粒细胞弹性蛋白酶、咖啡因和茶碱的核酸配体以及通过 SELEX 方法鉴定的凝血酶核酸配体的鉴定和制备方法。