作者:Martin Frank、Elena Kuhfeldt、Jonathan Cramer、Carsten Watzl、Horst Prescher
DOI:10.1021/acs.jmedchem.3c01349
日期:2023.10.26
binding to Siglec-7. Synthesis and affinity measurements are complemented by high-quality models of sialoside–Siglec-7 complexes based on molecular dynamics (MD) simulations on the microsecond time scale. We provide details for the predicted binding modes for the new ligands, e.g., that an extension of the carbon backbone leads to a different molecular interaction pattern with the receptor and the nearby
Siglec-7 调节免疫细胞活性,是免疫调节的一个有前途的靶点。在这里,我们报告了与 Siglec-7 结合的新型唾液酸衍生物的发现。基于微秒时间尺度的分子动力学 (MD) 模拟的唾液酸苷-Siglec-7 复合物的高质量模型对合成和亲和力测量进行了补充。我们提供了新配体的预测结合模式的详细信息,例如,与已知的 Siglec-7 配体相比,碳主链的延伸导致与受体和附近水结构不同的分子相互作用模式。此外,我们还发现了 GLYCAM06 和 GAFF2 力场在用于模拟基于唾液酸苷的糖模拟物时的一些缺点。我们的结果为 Siglec-7 抑制剂的合理设计提供了新的机会。此外,我们还提供了如何使用和可视化 MD 模拟来描述和研究唾液酸苷-Siglec 复合物的策略。