N-[2-[[2-[2-[(2-amino-2-oxoethyl)-[2-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)acetyl]amino]ethylamino]-2-oxoethyl]-[2-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)acetyl]amino]ethyl]-1-methyl-9H-pyrido[3,4-b]indole-3-carboxamide;2,2,2-trifluoroacetic acid | 1092101-06-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 生物碱及其衍生物 - 哈马拉生物碱
• 英文名称: N-[2-[[2-[2-[(2-amino-2-oxoethyl)-[2-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)acetyl]amino]ethylamino]-2-oxoethyl]-[2-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)acetyl]amino]ethyl]-1-methyl-9H-pyrido[3,4-b]indole-3-carboxamide;2,2,2-trifluoroacetic acid
• CAS: 1092101-06-8
• 化学式: C₂HF₃O₂*C₃₃H₃₅N₁₁O₉
• 分子量: 843.733
• InChiKey: WFSSMBFLZFSZAD-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -2.25
• 重原子数：
  60
• 可旋转键数：
  15
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.29
• 拓扑面积：
  307
• 氢给体数：
  7
• 氢受体数：
  15

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  2-(N-(2-((((9H-芴-9-基)甲氧基)羰基)氨基)乙基)-2-(2,4-二氧代-3,4-二氢嘧啶-1(2H)-基)乙酰胺)乙酸 、 1-甲基-9h-beta-咔啉-3-羧酸 、 三氟乙酸 在 1-羟基苯并三唑 、 N,N'-二环己基碳二亚胺 、 哌啶 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 0.5h， 生成 N-[2-[[2-[2-[(2-amino-2-oxoethyl)-[2-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)acetyl]amino]ethylamino]-2-oxoethyl]-[2-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)acetyl]amino]ethyl]-1-methyl-9H-pyrido[3,4-b]indole-3-carboxamide;2,2,2-trifluoroacetic acid
  参考文献：
  名称：

  Solid-phase synthesis and evaluation of TAR RNA targeted β-carboline–nucleoside conjugates

  摘要：

  我们合成了四种δ-咔啉核苷共轭物。亲和毛细管电泳分析了这些δ-咔啉核苷共轭物 4â11、13 和 15 与 TAR RNA 的结合亲和力。与 TAR RNA 的结合亲和力数据显示，轭合物 9 和 13 的结合力强于母体化合物 MC3。计算机建模表明，δ-咔啉核苷共轭物 13 能与 TAR RNA 的 UCU 三核苷酸隆起区吻合。

  DOI：

  10.1039/b809598a

文献信息

• Solid-phase synthesis and evaluation of TAR RNA targeted β-carboline–nucleoside conjugates
  作者：Peng Zhao、Hong-Wei Jin、Zhen-Jun Yang、Liang-Ren Zhang、Li-He Zhang

  DOI：10.1039/b809598a

  日期：——

  Four types of β-carboline–nucleoside conjugates were synthesized. The binding affinities of these β-carboline–nucleoside conjugates 4–11, 13 and 15 to TAR RNA were evaluated by affinity capillary electrophoresis. The data of binding affinities to TAR RNA show that conjugates 9 and 13 are stronger binders than the parent compound MC3. Computer modeling indicates that the β-carboline–nucleoside conjugate 13 can fit to the UCU three-nucleotide bulge region of TAR RNA.

  我们合成了四种δ-咔啉核苷共轭物。亲和毛细管电泳分析了这些δ-咔啉核苷共轭物 4â11、13 和 15 与 TAR RNA 的结合亲和力。与 TAR RNA 的结合亲和力数据显示，轭合物 9 和 13 的结合力强于母体化合物 MC3。计算机建模表明，δ-咔啉核苷共轭物 13 能与 TAR RNA 的 UCU 三核苷酸隆起区吻合。