作者:Simone Egetenmeyer、Clemens Richert
DOI:10.1002/chem.201101828
日期:2011.10.10
duplex, such as A:A. A probe with the cap also showed increased selectivity in the detection of two closely related microRNAs, let7c and let7a, with a ΔTm value of 9.2 °C. Melting curves also yielded thermodynamic data that shed light on the uniformity of molecular recognition in the sequence space of DNA:DNA and DNA:RNA duplexes. Hybridization probes with fidelity‐enhancing caps should find applications
由于其磨损,摆动和重折叠均与规范碱基配对竞争,因此在其序列的任何碱基(包括末端)上以高保真度检测短RNA链可能具有挑战性。我们进行了搜索,以增加具有RNA靶链的双链体末端的碱基配对保真度的寡聚脱氧核苷酸的5'取代基。从总共70个以上的帽中(在堆叠部分和连接子上有所不同),我们确定了L-脯氨醇,甘氨酸和草酸的残基的磷酸二酯连接序列,称为ogOA,被认为是一个5'帽,可以稳定任何四个规范碱基对,ΔT m八位体的最高温度为+13.1°C。同时,上限增加了对12种可能的终端不匹配中的任何一个的歧视,包括比其在对照双工中的完美匹配对应物(例如A:A)更稳定的不匹配。带帽的探针在检测两个紧密相关的微小RNA let7c和let7a时也显示出更高的选择性,其ΔT m值为9.2°C。熔解曲线还产生了热力学数据,阐明了DNA:DNA和DNA:RNA双链体的序列空间中分子识别的均匀性。具有保真度增强帽的杂交探