2-cyanoethyl 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidin-3'-yl 3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)thymidin-5'-yl phosphite | 214152-30-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 2-cyanoethyl 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidin-3'-yl 3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)thymidin-5'-yl phosphite
• 英文别名: [(2R,3S,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl] [(2R,3S,5R)-3-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl 2-cyanoethyl phosphite
• CAS: 214152-30-4
• 化学式: C₅₀H₆₂N₅O₁₃PSi
• 分子量: 1000.13
• InChiKey: BUOCQLOXPXXARR-AJUBLFSOSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  7.25
• 重原子数：
  70
• 可旋转键数：
  21
• 环数：
  7.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.46
• 拓扑面积：
  206
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  14

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-cyanoethyl 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidin-3'-yl 3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)thymidin-5'-yl phosphite 在 吡啶 、 二氯乙酸 、 dimethyl sulfide borane 、 氟化氢吡啶 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 56.58h， 生成 2-cyanoethyl thymidin-3'-yl thymidin-5'-yl phosphite
  参考文献：
  名称：

  无环亚磷酸三酯中构型转化障碍的测量

  摘要：

  摘要报道了以亚磷酸二胸苷三酯的形式合成了三种无环手性亚磷酸酯。这些非对映异构纯的P-立体异构亚磷酸酯在150°C下以可测量的速率发生差向异构。当脱氧核糖部分上的醇被保护为酰基时，分解作用降到最低，并且通过计算机拟合，可以提取差向异构化的速率常数。这些允许首次计算亚磷酸三酯中构型转化的障碍，从而给出ΔG†（150°C）= 33.0±0.2 kcal mol-1，与膦的转化障碍相当。

  DOI：

  10.1016/j.ica.2010.11.022
• 作为产物：
  描述：

  5’-(4,4’-二甲氧基三苯基)-3’-脱氧胸苷 2’-(2-氰乙基-N,N-二异丙基)亚磷酰胺 以 氘代乙腈 为溶剂， 生成 2-cyanoethyl 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidin-3'-yl 3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)thymidin-5'-yl phosphite
  参考文献：
  名称：

  羧酸作为通过核苷亚磷酰胺和核苷缩合形成核苷酸间键的促进剂：酸度与促进剂活性之间的关系

  摘要：

  研究了作为核苷亚磷酰胺和核苷缩合的促进剂的羧酸的活性与酸度之间的关系。研究表明，在乙腈中的p K值小于18的酸能够促进缩合反应，而在p K值不在此范围内的酸不能用作促进剂。在用作助催化剂的羧酸中，具有较高酸度的羧酸通常显示出更高的活性。尤其是，ap K a值小于ca的酸。16（通过电位法测量），例如三氯乙酸（p K a = 10.6），三氟乙酸（p K a = 12.7），二氯乙酸（p Ka = 13.2或15.8）和2,4-二硝基苯甲酸（p K a = 16.1），显示出比常规使用的1 H-四唑更高的活性水平。这些羧酸通常用作通过亚磷酰胺方法液相和固相合成寡核苷酸的极好的促进剂。

  DOI：

  10.1016/j.tet.2004.12.017

文献信息

• Acid/Azole Complexes as Highly Effective Promoters in the Synthesis of DNA and RNA Oligomers via the Phosphoramidite Method
  作者：Yoshihiro Hayakawa、Rie Kawai、Akiyoshi Hirata、Jun-ichiro Sugimoto、Masanori Kataoka、Akira Sakakura、Masaaki Hirose、Ryoji Noyori

  DOI：10.1021/ja010078v

  日期：2001.8.1

  of deoxyribonucleoside 3'-(allyl N,N-diisopropylphosphoramidite)s or 3'-(2-cyanoethyl N,N-diisopropylphosphoramidite)s employed in the preparation of deoxyribonucleotides, and 3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)ribonucleoside 2'-(N,N-diisopropylphosphoramidite)s or 2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)ribonucleoside 3'-(N,N-diisopropylphosphoramidite)s used for the formation of 2'-5' and 3'-5' internucleotide linkages

  研究了唑衍生物的各种酸式盐作为促进核苷亚磷酰胺和核苷缩合的促进剂的用途。在这些盐中，N-(苯基)咪唑鎓三氟甲磺酸盐、N-(对乙酰苯基)咪唑鎓三氟甲磺酸盐、N-(甲基)苯并咪唑鎓三氟甲磺酸盐、苯并咪唑鎓三氟甲磺酸盐和N-(苯基)咪唑鎓高氯酸盐在液相中显示出极高的反应性. 这些试剂用作脱氧核糖核苷 3'-（烯丙基 N,N-二异丙基亚磷酰胺）或 3'-（2-氰乙基 N,N-二异丙基亚磷酰胺）的强力活化剂，用于制备脱氧核糖核苷酸，和 3'-O-（叔-丁基二甲基甲硅烷基)核糖核苷 2'-(N,N-二异丙基亚磷酰胺)s 或 2'-O-(叔丁基二甲基甲硅烷基)核糖核苷 3'-(N,N-二异丙基亚磷酰胺)s 用于形成 2'-5' 和 3'-5' 核糖核苷之间的核苷酸间连接，分别。唑鎓盐允许核苷亚磷酰胺和不含 5'-O 的核苷顺利和高产率缩合，其中在乙腈中的粉末分子筛 3A 存在下使用等摩尔量的反应物和促进
• Mechanochemical Synthesis of Short DNA Fragments
  作者：James D. Thorpe、Daniel O'Reilly、Tomislav Friščić、Masad J. Damha

  DOI：10.1002/chem.202001193

  日期：2020.7.22

  We demonstrate the first mechanochemical synthesis of DNA fragments by ball milling, enabling the synthesis of oligomers of controllable sequence and length using multi‐step, one‐pot reactions, without bulk solvent or the need to isolate intermediates. Mechanochemistry allowed for coupling of phosphoramidite monomers to the 5′‐hydroxyl group of nucleosides, iodine/water oxidation of the resulting phosphite

  我们展示了通过球磨进行的DNA片段的第一个机械化学合成，它可以使用多步单罐反应合成可控制序列和长度的寡聚体，而无需大量溶剂或无需分离中间体。机械化学作用使亚磷酰胺单体与核苷的5'-羟基偶联，碘/水氧化所得的亚磷酸三酯键，并就地去除了5'-二甲氧基三苯甲基（DMTr）保护基，收率高（可达60在三个步骤中的百分比）以单罐方式产生DNA二聚体。铣削条件下的H-膦酸酯化学成分可实现H的偶联和保护-膦酸酯键连接以及原位去除5'-DMTr保护基，可实现单锅法且收率高（三步产率高达65％，或每步约87％）。使用元素硫（S8）或硫转移试剂可以实现核苷酸间键的硫化，从而以良好的收率产生目标DNA硫代磷酸酯二聚体（分两步收率高达80％）。这项工作为创建用于DNA和RNA治疗剂的无溶剂合成方法打开了大门。
• Ethyl(methyl)dioxirane as an Efficient Reagent for the Oxidation of Nucleoside Phosphites into Phosphates under Nonbasic Anhydrous Conditions
  作者：Masanori Kataoka、Akira Hattori、Shinya Okino、Mamoru Hyodo、Mitsue Asano、Rie Kawai、Yoshihiro Hayakawa

  DOI：10.1021/ol000364w

  日期：2001.3.1

  [GRAPHICS]A convenient method for the oxidation of nucleoside phosphites into phosphates under nonbasic and nonaqueous conditions using commercially available ethyl(methyl)dioxirane has been developed. This oxidation is effective with both N-protected and N-unprotected strategies.
• Sulfurization of Dinucleoside Phosphite Triesters with Chiral Disulfides
  作者：Joshua A. Mukhlall、William H. Hersh

  DOI：10.1080/15257770.2011.597366

  日期：2011.9

  Sixteen chiral analogues of phenylacetyl disulfide (PADS) and 5-methyl-3H-1,2,4-dithiazol-3-one (MEDITH) were used to sulfurize five dithymidine phosphite triesters, each incorporating a beta-cyanoethoxy or siloxy group. Each mixture of S-p:R-p, phosphite triester diastereomers was combined with approximately one fourth of an equivalent of each of the sulfurizing reagents, and the R-ps:S-ps diastereomer ratios of the resulting phosphite sulfides or phosphorothioates were determined by reverse-phase HPLC. Diastereoselectivities and corresponding diastereomeric excess (de) values were calculated by correcting for the starting triester diastereomer ratios. The highest de values for R-ps and S-ps phosphorothioates were 14.7% and 7.9%, respectively, both using MEDITH analogues.
• Well-Defined DNA Nanoparticles Templated by Self-Assembled M₁₂L₂₄ Molecular Spheres and Binding of Complementary Oligonucleotides
  作者：Takashi Kikuchi、Sota Sato、Makoto Fujita

  DOI：10.1021/ja108334g

  日期：2010.11.17

  Perfectly monodisperse DNA nanoparticles were prepared via the self-assembly of 12 Pd(II) ions and 24 bidentate ligands functionalized with oligonucleotides of varying length (n = 1-3). The DNA nanoparticles formed hydrogen bonds with cDNA strands and an insoluble aggregate formed only with matching trimeric nucleotide strands (tri-A).