在蛋白质组学中,经常对蛋白
水解肽进行
化学修饰,以改善MS分析,肽鉴定和/或实现蛋白质/肽定量。已知这种
化学修饰可以改变碰撞诱导的解离MS / MS中的肽片段化。在这里,我们使用相对较新的激活方法电子转移解离(ETD)研究了这种
化学修饰的肽在MS / MS中的断裂行为。我们使用
蛋白酶Lys-N和胰
蛋白酶生成了蛋白
水解肽,并将未标记肽的片段化行为与其
化学修饰的同源物进行了比较。我们研究了几种常用的修饰反应的作用,即
胍基化,二甲基化,
咪唑啉化和烟酰化(I
CPL)。在这些
胍基化和
咪唑啉化中,特异性地靶向肽中赖
氨酸残基的ε-
氨基,而二甲基化和烟酰胺基化修饰赖
氨酸残基的N-末端和ε-
氨基。双电荷的Lys-N肽的二甲基化,
胍基化,尤其是
咪唑啉化导致肽序列覆盖率显着增加,从而导致使用ETD进行更可靠的肽鉴定。这可以通过增加碱性和在这些肽的N末端产生正电荷来合理化。另一方面,肽的烟酰化作用严重抑制了骨架断裂