3',6'-双(二甲基氨基)-3-氧代-螺[异苯并呋喃-1(3H),9'-[9H]氧杂蒽]-6-羧酸 2,5-二氧代-1-吡咯烷基酯 | 1027512-41-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 苯并吡喃
• 中文名称: 3',6'-双(二甲基氨基)-3-氧代-螺[异苯并呋喃-1(3H),9'-[9H]氧杂蒽]-6-羧酸 2,5-二氧代-1-吡咯烷基酯
• 中文别名: 3',6'-双(二甲基氨基)-3-氧代-螺[异苯并呋喃-1(3H),9'-[9H]氧杂蒽]-6-羧酸2,5-二氧代-1-吡咯烷基酯
• 英文名称: 6-carboxytetramethylrhodamine N-succinimidyl ester
• 英文别名: 6-TAMRA SE；2-(6-Tetramethylrhodamine)carboxylic Acid N-Hydroxysuccinimide Ester；(2,5-dioxopyrrolidin-1-yl) 3',6'-bis(dimethylamino)-1-oxospiro[2-benzofuran-3,9'-xanthene]-5-carboxylate
• CAS: 1027512-41-9
• 化学式: C₂₉H₂₅N₃O₇
• 分子量: 527.533
• InChiKey: LVKNGXYHCROLAQ-UHFFFAOYSA-N

物化性质

• 溶解度：
  可溶于乙腈（少许）、DMSO（少许）

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.3
• 重原子数：
  39
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.24
• 拓扑面积：
  106
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3',6'-双(二甲基氨基)-3-氧代-螺[异苯并呋喃-1(3H),9'-[9H]氧杂蒽]-6-羧酸 2,5-二氧代-1-吡咯烷基酯 、 氮杂二苯并环辛炔胺 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 12.0h， 生成 C₄₃H₃₆N₄O₅
  参考文献：
  名称：

  Fluorophore Targeting to Cellular Proteins via Enzyme-Mediated Azide Ligation and Strain-Promoted Cycloaddition

  摘要：

  Methods for targeting of small molecules to cellular proteins can allow imaging with fluorophores that are smaller, brighter, and more photostable than fluorescent proteins. Previously, we reported targeting of the blue fluorophore coumarin to cellular proteins fused to a 13-amino acid recognition sequence (LAP), catalyzed by a mutant of the Escherichia coli enzyme lipoic acid ligase (LplA). Here, we extend LplA-based labeling to green- and red-emitting fluorophores by employing a two-step targeting scheme. First, we found that the W37I mutant of LplA catalyzes site-specific ligation of 10-azidodecanoic acid to LAP in cells, in nearly quantitative yield after 30 min. Second, we evaluated a panel of five different cyclooctyne structures and found that fluorophore conjugates to aza-dibenzocyclooctyne (ADIBO) gave the highest and most specific derivatization of azide-conjugated LAP in cells. However, for targeting of hydrophobic fluorophores such as ATTO 647N, the hydrophobicity of ADIBO was detrimental, and superior targeting was achieved by conjugation to the less hydrophobic monofluorinated cyclooctyne (MOFO). Our optimized two-step enzymatic/chemical labeling scheme was used to tag and image a variety of LAP fusion proteins in multiple mammalian cell lines with diverse fluorophores including fluorescein, rhodamine, Alexa Fluor 568, ATTO 647N, and ATTO 655.

  DOI：

  10.1021/ja208090p
• 作为产物：
  描述：

  O-(N-succinimidyl)-N,N,N',N'-tetramethyluronium tetrafluoroborate 、 3',6'-双(二甲基氨基)-3-氧代螺[异苯并呋喃-1(3H),9'-[9H]呫吨]-6-羧酸 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 2.0h， 生成 3',6'-双(二甲基氨基)-3-氧代-螺[异苯并呋喃-1(3H),9'-[9H]氧杂蒽]-6-羧酸 2,5-二氧代-1-吡咯烷基酯
  参考文献：
  名称：

  用于异染色质高效染色的罗丹明-Hoechst 位置异构体†

  摘要：

  Hoechst 荧光染料缀合物是活细胞成像中常用的 DNA 染色剂，但其结构和性能之间的关系仍然难以捉摸。这项对羧罗丹明-Hoechst 33258 缀合物的研究表明，染料附着点的微小变化会对最终探针的特性产生巨大影响。所有测试的含 6'-羧基染料的探针均表现出与 DNA 的双模式结合，并在高 DNA 浓度下形成二聚体复合物。含有 5'-羧基染料的探针表现出与 DNA 的单模式结合，从而增加了亮度并降低了细胞毒性。新开发的探针的核染色亮度提高了 10 倍，可以在活细胞和固定细胞中获取质量出色的受激发射损耗 (STED) 纳米图像。因此，我们能够估计活细胞和完整鸡红细胞核孔区域异染色质禁区直径约 155 nm，并定位活 U-2 OS 细胞中相对于异染色质的端粒。采用双色 STED 的高效探针可以实现完整有核红细胞中 DNA 和微管蛋白结构的可视化——在该系统中，高血红蛋白吸光度极大地阻碍了成像。

  DOI：

  10.1039/c8sc05082a

文献信息

• [EN] THERMALLY-CLEAVABLE PROTECTING AND LINKER GROUPS<br/>[FR] GROUPES PROTECTEURS ET DE LIAISON THERMIQUEMENT CLIVABLES
  申请人：EVONETIX LTD

  公开号：WO2018189546A1

  公开（公告）日：2018-10-18

  The present invention relates to chemical linkers and protecting groups, compounds and compositions containing the chemical linkers or protecting groups, and intermediates and processes that can be used to prepare them. The chemical linkers and protecting groups are based on pyrrolidine and piperidine activating groups, which undergo intramolecular cyclisation upon heating with release of carbon dioxide, thereby releasing the organic compound from a substrate. In particular, those chemical linkers and protecting groups are useful in the solid phase synthesis of oligonucleotides according to the following representative schemes.

  本发明涉及化学连接剂和保护基团，含有化学连接剂或保护基团的化合物和组合物，以及可用于制备它们的中间体和过程。这些化学连接剂和保护基团基于吡咯烷和哌哆啶活化基团，加热后发生分子内环化，并释放二氧化碳，从而释放有机化合物从底物中。特别是，这些化学连接剂和保护基团在寡核苷酸的固相合成中具有用途，具体方案如下。
• Bioorthogonal Probes for the Study of MDM2-p53 Inhibitors in Cells and Development of High-Content Screening Assays for Drug Discovery
  作者：Pier Luca D'Alessandro、Nicole Buschmann、Markus Kaufmann、Pascal Furet、Frederic Baysang、Reto Brunner、Andreas Marzinzik、Thomas Vorherr、Therese-Marie Stachyra、Johannes Ottl、Dimitrios E. Lizos、Amanda Cobos-Correa

  DOI：10.1002/anie.201608568

  日期：2016.12.23

  To study the behavior of MDM2‐p53 inhibitors in a disease‐relevant cellular model, we have developed and validated a set of bioorthogonal probes that can be fluorescently labeled in cells and used in high‐content screening assays. By using automated image analysis with single‐cell resolution, we could visualize the intracellular target binding of compounds by co‐localization and quantify target upregulation

  为了研究MDM2-p53抑制剂在疾病相关细胞模型中的行为，我们开发并验证了一组生物正交探针，这些探针可以在细胞中进行荧光标记并用于高含量筛选试验。通过使用具有单细胞分辨率的自动化图像分析，我们可以通过共定位可视化化合物的细胞内靶标结合并量化骨肉瘤模型中MDM2-p53抑制后的靶标上调。此外，我们开发了一种高通量检测方法，可通过竞争对非标记MDM2-p53抑制剂的目标占有率进行定量，并鉴定出新的化学物质。这种方法可以扩展到潜在客户发现应用程序的其他目标。
• [EN] FUNCTIONALIZED NANOLUC INHIBITORS<br/>[FR] INHIBITEURS DE NANOLUC FONCTIONNALISÉS
  申请人：PROMEGA CORP

  公开号：WO2018125992A1

  公开（公告）日：2018-07-05

  Compounds that may inhibit Oplophorus-derived luciferases are disclosed as well as compositions and kits comprising the compounds, and methods of using the compounds.

  抑制Oplophorus来源的荧光酶的化合物已被披露，以及包含这些化合物的组合物和试剂盒，以及使用这些化合物的方法。
• Protein labeling with cyanobenzothiazole conjugates
  申请人：Anderson Jessica

  公开号：US09459249B2

  公开（公告）日：2016-10-04

  The invention provides compounds and methods for site-specifically labeling proteins with cyanobenzothiazole derivatives of formula I. For example, the invention provides methods for labeling the N-terminus of a protein that terminates with a cysteine residue. The invention also provides methods for isolating an N-terminally labeled protein and methods for detecting an N-terminally labeled protein.

  本发明提供了化合物和方法，用于使用公式I的青蓝苯并噻唑衍生物对蛋白质进行位点特异性标记。例如，本发明提供了用于标记以半胱氨酸残基终止的蛋白质的N-末端的方法。本发明还提供了用于分离N末端标记的蛋白质和检测N末端标记的蛋白质的方法。
• Bioorthogonal click and release: A general, rapid, chemically revertible bioconjugation strategy employing enamine N-oxides
  作者：Dahye Kang、Sanghyeon Lee、Justin Kim

  DOI：10.1016/j.chempr.2022.05.018

  日期：2022.8

  reduce the enamine N-oxide to induce dissociation and compound release. This reaction can be paired with the corresponding bioorthogonal hydroamination reaction to afford an integrated system of bioorthogonal click and release via an enamine N-oxide linchpin with a minimal footprint. The tandem associative and dissociative reactions are useful for the transient attachment of proteins and small molecules

  描述了一种化学可逆生物共轭策略，其特征是采用烯胺N-氧化物的新型生物正交解离反应。反应快速、完全、定向、无痕，底物范围广泛。从蛋白质上裂解荧光团的反应速率约为 82 M -1 s -1，并且该反应对常见的水性缓冲液和 4 至 10 之间的 pH 值相对不敏感。具有二齿和三齿配体的二硼试剂也能有效降低烯胺N-氧化物诱导解离和化合物释放。该反应可以与相应的生物正交加氢胺化反应配对，以提供生物正交点击和通过烯胺N-氧化物关键以最小足迹释放的集成系统。串联缔合和解离反应可用于蛋白质和小分子的瞬时附着，并获得离散的、可分离的中间体。我们通过使用化学可裂解的抗体-药物缀合物证明了这种可逆转化对细胞的有效性。