3'-O-(N-acetone-oxime)-thymidine | 132471-86-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 3'-O-(N-acetone-oxime)-thymidine
• 英文别名: 1-[(2R,4S,5R)-5-(hydroxymethyl)-4-(propan-2-ylideneamino)oxyoxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 132471-86-4
• 化学式: C₁₃H₁₉N₃O₅
• 分子量: 297.311
• InChiKey: YNVPSMMZVXATCO-HBNTYKKESA-N

物化性质

• 密度：
  1.43±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.3
• 重原子数：
  21
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.62
• 拓扑面积：
  101
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3'-O-(N-acetone-oxime)-thymidine 在 氨 、 1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯 作用下， 以 甲醇 、 乙腈 为溶剂， 生成
  参考文献：
  名称：

  Nucleoside Triphosphates with Stable Aminoxy Groups

  摘要：

  本发明声明了一种水性组合物，其包含具有三磷酸酯的2'-脱氧核苷衍生物，其具有3'-OH基团的3'-ONH2基团；其中所述组合物含有少于0.5摩尔百分比的污染三磷酸酯，其具有3'-OH基团，并且提供这种组合物的过程。此外，该组合物还必须含有微量的羟胺。

  公开号：

  US20180265537A1
• 作为产物：
  描述：

  3'-O-amino-thymidine 、 丙酮 以 水 为溶剂， 反应 3.0h， 生成 3'-O-(N-acetone-oxime)-thymidine
  参考文献：
  名称：

  [EN] REAGENTS FOR REVERSIBLY TERMINATING PRIMER EXTENSION
  [FR] RÉACTIFS UTILISÉS POUR L'INTERRUPTION RÉVERSIBLE D'EXTENSION D'AMORCE

  摘要：

  这项发明涉及核酸化学领域，更具体地涉及包括改性2'-脱氧核苷酸三磷酸和寡核苷酸的物质组合的领域，当这些物质附加到引物的3'-末端时形成，其中这些改性包括连接到它们的3'-羟基的NH2基团和以可切割的方式通过连接器固定到核碱基上的荧光物种的标签。这种组合物及其相关的过程使得并改善了使用循环可逆终止策略进行寡核苷酸测序，正如美国专利6,664,079中所概述的那样。具体而言，该发明涉及的是包含可检测标签的核糖和2'-脱氧核糖核苷酸的5'-三磷酸和可能由它们衍生的寡核苷酸的物质组合。该发明还涉及DNA聚合酶、RNA聚合酶或逆转录酶通过将这些三磷酸添加到引物而合成所述寡核苷酸的过程。

  公开号：

  WO2010110775A1

文献信息

• Antiviral agent and novel nucleoside
  申请人：TANABE SEIYAKU CO., LTD.

  公开号：EP0381335A1

  公开（公告）日：1990-08-08

  There are disclosed an antiviral agent which comprises a nucleoside of the formula: wherein B is a thymin-1-yl group, a cytosin-1-yl group, an adenin-9-yl group or a guanin-9-yl group; and R¹ is amino group when B being a thymin-1-yl group, a cytosin-1-yl group, an adenin-9-yl group or a guanin-9-yl group, -NHCHO when B being a thymin-­1-yl group or an adenin-9-yl group, -N=CH₂ when B being a thymin-1-yl group, or -N=C(CH₃)₂ when B being a thymin-1-yl group or an adenin-9-yl group, or a pharmaceutically acceptable salt thereof as an active therapeutic substance, and a pharmaceutical composition which comprises the nucleoside as mentioned above and a pharmaceutically.acceptable carrier, and a novel nucleo­side used therefor.

  本发明揭示了一种抗病毒剂，该剂包括以下式子中的核苷：其中B是胸腺嘧啶-1-基基团、胞嘧啶-1-基基团、腺嘌呤-9-基基团或鸟嘌呤-9-基基团；而R¹是氨基基团，当B为胸腺嘧啶-1-基基团、胞嘧啶-1-基基团、腺嘌呤-9-基基团或鸟嘌呤-9-基基团时；是-NHCHO，当B为胸腺嘧啶-1-基基团或腺嘌呤-9-基基团时；是-N=CH₂，当B为胸腺嘧啶-1-基基团时；或是-N=C(CH₃)₂，当B为胸腺嘧啶-1-基基团或腺嘌呤-9-基基团时。该核苷及其药物组成物是一种有效的治疗活性物质，可以与药学上可接受的载体一起使用。同时本发明还揭示了一种新的核苷。
• [EN] REAGENTS FOR REVERSIBLY TERMINATING PRIMER EXTENSION<br/>[FR] RÉACTIFS UTILISÉS POUR L'INTERRUPTION RÉVERSIBLE D'EXTENSION D'AMORCE
  申请人：BENNER STEVEN ALBERT

  公开号：WO2010110775A1

  公开（公告）日：2010-09-30

  This invention relates to the field of nucleic acid chemistry, more specifically to the field of compositions of matter that comprise triphosphates of modified 2'-deoxynucleosides and oligonucleotides that are formed when these are appended to the 3'-end of a primer, wherein said modifications comprise NH2 moiety attached to their 3'-hydroxyl group and a fluorescent species in a form of a tag affixed to the nucleobase via a linker that can be cleaved. Such compositions and their associated processes enable and improve the sequencing of oligonucleotides using a strategy of cyclic reversible termination, as outlined in US Patent 6,664,079. Most specifically, the invention concerns compositions of matter that are 5'-triphosphates of ribo- and 2'- deoxyribonucleosides carrying detectable tags and oligonucleotides that might be derived from them. The invention also concerns processes wherein a DNA polymerase, RNA polymerase, or reverse transcriptase synthesizes said oligonucleotides via addition of said triphosphates to a primer.

  这项发明涉及核酸化学领域，更具体地涉及包括改性2'-脱氧核苷酸三磷酸和寡核苷酸的物质组合的领域，当这些物质附加到引物的3'-末端时形成，其中这些改性包括连接到它们的3'-羟基的NH2基团和以可切割的方式通过连接器固定到核碱基上的荧光物种的标签。这种组合物及其相关的过程使得并改善了使用循环可逆终止策略进行寡核苷酸测序，正如美国专利6,664,079中所概述的那样。具体而言，该发明涉及的是包含可检测标签的核糖和2'-脱氧核糖核苷酸的5'-三磷酸和可能由它们衍生的寡核苷酸的物质组合。该发明还涉及DNA聚合酶、RNA聚合酶或逆转录酶通过将这些三磷酸添加到引物而合成所述寡核苷酸的过程。
• Nucleoside Triphosphates with Stable Aminoxy Groups
  申请人：Benner Steven A.

  公开号：US20180265537A1

  公开（公告）日：2018-09-20

  This invention claims aqueous compositions that comprise triphosphates of 2′-deoxynucleoside derivatives that have, instead of a 3′-OH moiety, a 3′-ONH 2 moiety; wherein said compositions contain less than 0.5 mole percent contaminating triphosphate having a 3′-OH moiety, as well as processes for providing such compositions. The compositions further must contain insubstantial amounts of hydroxylamine.

  本发明声明了一种水性组合物，其包含具有三磷酸酯的2'-脱氧核苷衍生物，其具有3'-OH基团的3'-ONH2基团；其中所述组合物含有少于0.5摩尔百分比的污染三磷酸酯，其具有3'-OH基团，并且提供这种组合物的过程。此外，该组合物还必须含有微量的羟胺。