结合在 DNA 双链体小沟中的特定杂环阳离子作为细胞和核染色剂以及作为可有效进入人体细胞的治疗剂取得了重大成功。扩大小沟化合物的 DNA 序列识别能力也可以扩大其治疗靶点,并在许多领域产生影响,例如转录因子
生物活性的调节。使用 N-甲基
苯并咪唑 (N-MeBI)
噻吩已成功设计出混合序列结合化合物,这些
噻吩经过预先组织以适合 DNA 小沟的形状以及与投射的 G·C 碱基对的 -NH 上的氢键进入小凹槽。初始化合物在 AT 环境中与单个 G·C 碱基对强烈结合,特异性比率为 50 (KD AT-GC/KD AT) 或更低,这对于
生物学用途来说有点低。我们认为,化合物形状的修饰可用于探测 DNA 目标混合碱基对序列中的局部 DNA 微观结构,并有可能提高化合物的结合选择性。通过增加
苯并咪唑 N-取代基的大小(例如,使用 N-异丁基代替 N-Me)以及通过在化合物芳香核上的特定位置引入取代来改变