5-[2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3',5'-O-(di-tert-butylsilylene)-β-D-ribofuranosyl]-2-amino-1,3-pyrimidine | 1192344-96-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: 5-[2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3',5'-O-(di-tert-butylsilylene)-β-D-ribofuranosyl]-2-amino-1,3-pyrimidine
• 英文别名: 5-[(4aR,6S,7S,7aR)-2,2-ditert-butyl-7-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-4a,6,7,7a-tetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxasilin-6-yl]pyrimidin-2-amine
• CAS: 1192344-96-9
• 化学式: C₂₃H₄₃N₃O₄Si₂
• 分子量: 481.783
• InChiKey: FOUNKBPMAWMZLX-HCXYKTFWSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.35
• 重原子数：
  32
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.83
• 拓扑面积：
  88.7
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-[2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3',5'-O-(di-tert-butylsilylene)-β-D-ribofuranosyl]-2-amino-1,3-pyrimidine 、 N,N-二甲基甲酰胺二甲基缩醛 以 甲醇 为溶剂， 以93%的产率得到5-[2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3',5'-O-(di-tert-butylsilylene)-β-D-ribofuranosyl]-2-N-(dimethylformamidino)-1,3-pyrimidine
  参考文献：
  名称：

  吡啶，嘧啶和吡啶酮C-核苷亚磷酰胺的合成以探测RNA中的胞嘧啶功能

  摘要：

  在HDV核酶的结构中，胞嘧啶核碱基位于准备直接参与催化的活性位点。定义核碱基的功能作用需要以策略方式干扰功能基团的核苷类似物。在本文中，我们已经开发出了用于合成五种C-核苷亚磷酰胺衍生物的有效方法，这些方法结合使用时，可提供策略来探测胞嘧啶酮基和亚氨基氮的潜在功能。以11个步骤合成了亚磷酰胺15a和15b，从2-氨基-5-溴嘧啶（1a）和2-氨基-5-溴吡啶（1b）开始），总产量分别为10.8％和6.6％。从中间体11b以七个步骤制备亚磷酰胺21，总产率为33.7％。亚磷酰胺23和25分别由2,4-二氨基-5-（β- d-核呋喃糖基）-1,3-嘧啶（22）和假异胞苷（24）制备，总收率为15.9％（六步）和37.9％（四个步骤）。通过固相合成将这些亚磷酰胺掺入寡核苷酸中。

  DOI：

  10.1021/jo9016919
• 作为产物：
  描述：

  5-[2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3',5'-O-(di-tert-butylsilylene)-β-D-ribofuranosyl]-2-dibenzylamino-1,3-pyrimidine 在 ammonium cerium (IV) nitrate 、 sodium hydroxide 作用下， 以 水 、 乙腈 为溶剂， 反应 24.0h， 以69%的产率得到5-[2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3',5'-O-(di-tert-butylsilylene)-β-D-ribofuranosyl]-2-amino-1,3-pyrimidine
  参考文献：
  名称：

  吡啶，嘧啶和吡啶酮C-核苷亚磷酰胺的合成以探测RNA中的胞嘧啶功能

  摘要：

  在HDV核酶的结构中，胞嘧啶核碱基位于准备直接参与催化的活性位点。定义核碱基的功能作用需要以策略方式干扰功能基团的核苷类似物。在本文中，我们已经开发出了用于合成五种C-核苷亚磷酰胺衍生物的有效方法，这些方法结合使用时，可提供策略来探测胞嘧啶酮基和亚氨基氮的潜在功能。以11个步骤合成了亚磷酰胺15a和15b，从2-氨基-5-溴嘧啶（1a）和2-氨基-5-溴吡啶（1b）开始），总产量分别为10.8％和6.6％。从中间体11b以七个步骤制备亚磷酰胺21，总产率为33.7％。亚磷酰胺23和25分别由2,4-二氨基-5-（β- d-核呋喃糖基）-1,3-嘧啶（22）和假异胞苷（24）制备，总收率为15.9％（六步）和37.9％（四个步骤）。通过固相合成将这些亚磷酰胺掺入寡核苷酸中。

  DOI：

  10.1021/jo9016919

文献信息

• Synthesis of Pyridine, Pyrimidine and Pyridinone <i>C</i>-Nucleoside Phosphoramidites for Probing Cytosine Function in RNA
  作者：Jun Lu、Nan-Sheng Li、Selene C. Koo、Joseph A. Piccirilli

  DOI：10.1021/jo9016919

  日期：2009.11.6

  structures of the HDV ribozyme a cytosine nucleobase resides at the active site poised to participate directly in catalysis. Defining the functional role of the nucleobase requires nucleoside analogues that perturb the functional groups in a strategic manner. Herein, we have developed efficient methods for the synthesis of five C-nucleoside phosphoramidite derivatives that, when used in combination, provide

  在HDV核酶的结构中，胞嘧啶核碱基位于准备直接参与催化的活性位点。定义核碱基的功能作用需要以策略方式干扰功能基团的核苷类似物。在本文中，我们已经开发出了用于合成五种C-核苷亚磷酰胺衍生物的有效方法，这些方法结合使用时，可提供策略来探测胞嘧啶酮基和亚氨基氮的潜在功能。以11个步骤合成了亚磷酰胺15a和15b，从2-氨基-5-溴嘧啶（1a）和2-氨基-5-溴吡啶（1b）开始），总产量分别为10.8％和6.6％。从中间体11b以七个步骤制备亚磷酰胺21，总产率为33.7％。亚磷酰胺23和25分别由2,4-二氨基-5-（β- d-核呋喃糖基）-1,3-嘧啶（22）和假异胞苷（24）制备，总收率为15.9％（六步）和37.9％（四个步骤）。通过固相合成将这些亚磷酰胺掺入寡核苷酸中。