H2N-(R)^β-NHCbzγ-ImPyPyPy-(R)^β-NHCbzγ-ImPyPyPy-CO2H | 1409939-12-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯和取代衍生物
• 英文名称: H2N-(R)^β-NHCbzγ-ImPyPyPy-(R)^β-NHCbzγ-ImPyPyPy-CO2H
• 英文别名: 4-[[4-[[4-[[4-[[(3R)-4-[[4-[[4-[[4-[[4-[[(3R)-4-amino-3-(phenylmethoxycarbonylamino)butanoyl]amino]-1-methylimidazole-2-carbonyl]amino]-1-methylpyrrole-2-carbonyl]amino]-1-methylpyrrole-2-carbonyl]amino]-1-methylpyrrole-2-carbonyl]amino]-3-(phenylmethoxycarbonylamino)butanoyl]amino]-1-methylimidazole-2-carbonyl]amino]-1-methylpyrrole-2-carbonyl]amino]-1-methylpyrrole-2-carbonyl]amino]-1-methylpyrrole-2-carboxylic acid
• CAS: 1409939-12-3
• 化学式: C₇₀H₇₆N₂₂O₁₅
• 分子量: 1465.51
• InChiKey: USDSYKALFNMDID-NCRNUEESSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -3
• 重原子数：
  107
• 可旋转键数：
  31
• 环数：
  10.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.23
• 拓扑面积：
  467
• 氢给体数：
  13
• 氢受体数：
  18

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  H2N-(R)^β-NHCbzγ-ImPyPyPy-(R)^β-NHCbzγ-ImPyPyPy-CO2H 在 叠氮磷酸二苯酯 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 生成 cyclo-(-ImPyPyPy-(R)^β-NHCbzγ-ImPyPyPy-(R)^β-NHCbzγ-)
  参考文献：
  名称：

  环状 Py-Im 聚酰胺文库的合成

  摘要：

  含有两个 GABA 转角单元的环状 Py-Im 聚酰胺表现出增强的 DNA 结合亲和力，但由于无法合成，对其生物学特性的广泛研究受到阻碍。通过发夹氨基酸低聚物中间体的微波辅助固相合成，然后进行大环化，已经开发出一种简便的环状聚酰胺模块化方法。环状聚酰胺1 – 7 的重点库针对雄激素反应元件 (ARE) 和雌激素反应元件 (ERE) 的合成总产率为 12-17%。Fmoc 保护策略还允许对 GABA 转单元进行选择性修改，这些转单元已被证明可以改善细胞吸收特性。环状聚酰胺文库的 DNA 结合亲和力通过 DNA 热变性测定进行测量，并与相应的发夹聚酰胺进行比较。荧光素标记的环状聚酰胺已在 A549 和 T47D 细胞系中通过共聚焦显微镜合成和成像。测定了化合物1 – 7和9 – 11的 IC 50值，显示出显着不同的细胞毒性水平。

  DOI：

  10.1021/jo302053v
• 作为产物：
  描述：

  在 哌啶 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 生成 H2N-(R)^β-NHCbzγ-ImPyPyPy-(R)^β-NHCbzγ-ImPyPyPy-CO2H
  参考文献：
  名称：

  环状 Py-Im 聚酰胺文库的合成

  摘要：

  含有两个 GABA 转角单元的环状 Py-Im 聚酰胺表现出增强的 DNA 结合亲和力，但由于无法合成，对其生物学特性的广泛研究受到阻碍。通过发夹氨基酸低聚物中间体的微波辅助固相合成，然后进行大环化，已经开发出一种简便的环状聚酰胺模块化方法。环状聚酰胺1 – 7 的重点库针对雄激素反应元件 (ARE) 和雌激素反应元件 (ERE) 的合成总产率为 12-17%。Fmoc 保护策略还允许对 GABA 转单元进行选择性修改，这些转单元已被证明可以改善细胞吸收特性。环状聚酰胺文库的 DNA 结合亲和力通过 DNA 热变性测定进行测量，并与相应的发夹聚酰胺进行比较。荧光素标记的环状聚酰胺已在 A549 和 T47D 细胞系中通过共聚焦显微镜合成和成像。测定了化合物1 – 7和9 – 11的 IC 50值，显示出显着不同的细胞毒性水平。

  DOI：

  10.1021/jo302053v

文献信息

• Control of Forward/Reverse Orientation Preference of Cyclic Pyrrole–Imidazole Polyamides
  作者：Yuki Hirose、Sefan Asamitsu、Toshikazu Bando、Hiroshi Sugiyama

  DOI：10.1021/jacs.9b05516

  日期：2019.8.21

  3'-terminus of DNAs, sometimes causes unintended binding. Here, we synthesized optical or structural isomers of previously reported cyclic PIPs (cPIPs), which differ in the position of the amino groups in the γ-turn units, and we investigated their binding affinities both in the forward- and reverse-binding orientation. We show that cPIPs with (R)-α-amino-γ-turn units prefer the forward orientation

  吡咯-咪唑聚酰胺 (PIP) 与预定的双链 DNA 序列结合并选择性靶向多种 DNA 序列。尽管 PIPs 的 N 端面向 DNA 的 5' 端的正向结合 (5'-3'/NC) 方向被认为是 PIPs 的主要结合方式，但反向结合（5 '-3'/CN) 方向，其中 PIP 的 C 端面向 DNA 的 3' 端，有时会导致意外结合。在这里，我们合成了先前报道的环状 PIP (cPIP) 的光学或结构异构体，它们在 γ 转角单元中氨基的位置不同，我们研究了它们在正向和反向结合方向上的结合亲和力。我们表明，与发夹 PIP 一样，具有 (R)-α-氨基-γ-转角单元的 cPIP 更喜欢正向。更重要的是，我们首次记录了具有 (S)-α-氨基-γ-转角的 cPIP 显着的反向结合偏好。这些结果表明，cPIPs 的方向偏好可以通过氨基在 γ 转角单位上的位置来控制，这可能会显着增加 PIPs 可以靶向的 DNA