1-(3-deoxy-3-fluoro-2,4,6-tri-O-acetyl-β-D-glucopyranosyl)-N⁴-benzoylcytosine | 924279-85-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 1-(3-deoxy-3-fluoro-2,4,6-tri-O-acetyl-β-D-glucopyranosyl)-N⁴-benzoylcytosine
• 英文别名: 1-(2,4,6-tri-O-acetyl-3-deoxy-3-fluoro-β-D-glucopyranosyl)-N⁴-benzoyl cytosine；[(2R,3R,4S,5S,6R)-3,5-diacetyloxy-6-(4-benzamido-2-oxopyrimidin-1-yl)-4-fluorooxan-2-yl]methyl acetate
• CAS: 924279-85-6
• 化学式: C₂₃H₂₄FN₃O₉
• 分子量: 505.457
• InChiKey: HBEYMLSXGYDVSH-NEHCWNBQSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.5
• 重原子数：
  36
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.39
• 拓扑面积：
  150
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-(3-deoxy-3-fluoro-2,4,6-tri-O-acetyl-β-D-glucopyranosyl)-N⁴-benzoylcytosine 在 吡啶 、 sodium hydroxide 、 对甲苯磺酸 作用下， 以 乙醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 1.5h， 生成 1-(3-deoxy-3-fluoro-4,6-O-isopropylidene-β-D-glucopyranosyl)-N⁴-benzoyl cytosine
  参考文献：
  名称：

  Fluoro-ketopyranosyl nucleosides: Synthesis and biological evaluation of 3-fluoro-2-keto-β-d-glucopyranosyl derivatives of N4-benzoyl cytosine

  摘要：

  1,2:5,6-Di-O-isopropylidene-ot-D-glucofuranose on mild oxidation, reduction, fluorination, and deisopropylidenation followed by acetylation gave peracetylated 3-deoxy-3-fluoro-D-glueopyranose. This was coupled with silylated N-4-benzoyl cytosine. The nucleoside was deacetylated and after several subsequent protection and deprotection steps afforded the desired 3-fluoro-2-keto-beta-D-glucopyranosyl derivatives. These novel synthesized compounds were evaluated for antiviral and cytotoxic activities against rotavirus, vesicular stomatitis virus, and the human colon adenocarcinoma cell line Caco-2, and have a promising potential in combating the rotaviral infections and in the treatment of colon cancer. As compared to AZT, a nucleoside analogue of reverse transcriptase inhibitor, the novel synthesized 1-(3,4-dideoxy-3-tluoro-beta-D-glycero-hex-3-enopyranosyl-2-ulose)-N-4-benzoyl cytosine showed to be more effective at lower concentrations in inhibition of rotavirus infection as well as in the same range of antitumor activity. (c) 2006 Elsevier Ltd. All rights reserved.

  DOI：

  10.1016/j.bmc.2006.10.033
• 作为产物：
  描述：

  3-deoxy-3-fluoro-1,2,4,6-tetra-O-acetyl-D-glucopyranose 、 N4-苯甲酰基胞嘧啶 在 六甲基二硅氮烷 、 糖精 、 三氟甲磺酸三甲基硅酯 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 5.5h， 以68%的产率得到1-(3-deoxy-3-fluoro-2,4,6-tri-O-acetyl-β-D-glucopyranosyl)-N⁴-benzoylcytosine
  参考文献：
  名称：

  不饱和氟-酮基吡喃糖基核苷：N（4）-苯甲酰基胞嘧啶和N（6）-苯甲酰基腺嘌呤的3-氟-4-酮-β-d-吡喃葡萄糖基衍生物的合成和生物学评估。

  摘要：

  受保护的β-核苷1-（2,4,6-三-O-乙酰基3-脱氧-3-氟-β-d-吡喃葡萄糖基）-N（4）-苯甲酰基胞嘧啶（2a）和9-（2通过过乙酰化的3-脱氧-3-偶联反应合成了（4,6-三-O-乙酰基-3-脱氧-3-氟-β-d-吡喃葡萄糖基）-N（6）-苯甲酰基腺嘌呤（2b）。氟-d-吡喃葡萄糖（1）分别被甲硅烷基化的N（4）-苯甲酰基胞嘧啶和N（6）-苯甲酰基腺嘌呤所取代。核苷被脱乙酰，随后的几个保护和脱保护步骤分别提供了胞嘧啶7a和腺嘌呤7b的部分乙酰化的核苷。最后，在7a和7b的4′-位上的游离羟基的直接氧化，和β-乙酰氧基的同时消除反应，得到所需的不饱和3-氟-4-酮-β-d-吡喃葡萄糖基衍生物。对这些新合成的化合物的潜在抗肿瘤和抗病毒活性进行了评估。与5FU相比，新合成的衍生物显示出更有效的抗肿瘤生长抑制剂，并且对轮状病毒表现出直接的抗病毒作用。

  DOI：

  10.1016/j.ejmech.2007.04.001

文献信息

• Synthesis of 3-fluoro-6-S-(2-S-pyridyl) nucleosides as potential lead cytostatic agents
  作者：Evangelia Tsoukala、Niki Tzioumaki、Stella Manta、Alexandra Riga、Jan Balzarini、Dimitri Komiotis

  DOI：10.1016/j.bioorg.2010.08.001

  日期：2010.12

  were prepared via two facile synthetic routes. Their precursors, 3-fluoro-6-thio-glucopyranosyl nucleosides 5a-e, were obtained by the sequence of deacetylation of 3-deoxy-3-fluoro-β-d-glucopyranosyl nucleosides 2a-e, selective tosylation of the primary OH of 3 and finally treatment with potassium thioacetate. The desired thiolpyridine protected analogs 7a-c,f,g were obtained by the sequence of deacetylation

  3-脱氧-3-氟-6-小号- （2-小号吡啶基）-6-硫代β - d吡喃葡萄糖基的核苷类似物7制备通过2条容易合成路线。它们的前体，3-氟-6-硫代-吡喃葡萄糖基核苷5a - e，是通过 3-脱氧-3-氟-β - d-吡喃葡萄糖基核苷2a - e的脱乙酰化序列，选择性甲苯磺酰化的初级 OH 获得的。3最后用硫代乙酸钾处理。所需的硫醇吡啶保护的类似物7a - c，˚F，克由脱乙酰的序列获得5A - Ç随后thiopyridinylation和/或与新合成的全乙酰-6-相应杂环碱缩合小号- （2-小号吡啶基）糖前体13，其中获得通过从糖基供体12的新合成路线。化合物6和7均不显示抗病毒活性，但5-氟尿嘧啶衍生物7c，尤其是尿嘧啶衍生物7b 被赋予了对多种鼠类和人肿瘤细胞培养物的有趣且选择性的细胞抑制作用。
• Radical <i>S</i>-Adenosyl Methionine Enzyme BlsE Catalyzes a Radical-Mediated 1,2-Diol Dehydration during the Biosynthesis of Blasticidin S
  作者：Yu-Hsuan Lee、Xueli Hou、Ridao Chen、Jianqiang Feng、Xiao Liu、Mark W. Ruszczycky、Jin-Ming Gao、Binju Wang、Jiahai Zhou、Hung-wen Liu

  DOI：10.1021/jacs.1c12010

  日期：2022.3.16

  instead a lyase that catalyzes the dehydration of cytosylglucuronic acid (CGA) to form cytosyl-4′-keto-3′-deoxy-d-glucuronic acid, which can rapidly decarboxylate nonenzymatically in vitro. Analysis of substrate isotopologs, fluorinated analogues, as well as computational models based on X-ray crystal structures of the BlsE·SAM (2.09 Å) and BlsE·SAM·CGA (2.62 Å) complexes suggests that BlsE catalysis

  由于自由基S-腺苷甲硫氨酸 (SAM) 酶 BlsE的参与，杀稻瘟菌素 S 的生物合成引起了人们的关注。最初将 BlsE 指定为自由基介导的氧化还原中性脱羧酶是不寻常的，因为该反应似乎没有生物合成目的，需要通过随后的羧化步骤来逆转。此外，除了 BlsE 之外，迄今为止报道的所有其他自由基 SAM 脱羧酶本质上都是氧化的。然而，对 BlsE 反应的仔细分析表明，BlsE 不是脱羧酶，而是一种裂解酶，它催化 cytosylglucuronic acid (CGA) 脱水形成 cytosyl-4'-keto-3'-deoxy- d -glucuronic acid，其可以在体外快速非酶脱羧. 对底物同位素、氟化类似物以及基于 BlsE·SAM (2.09 Å) 和 BlsE·SAM·CGA (2.62 Å) 配合物的 X 射线晶体结构的计算模型的分析表明，BlsE 催化可能通过直接消除来自 CGA
• Kinetic and in silico analysis of the slow-binding inhibition of human poly(A)-specific ribonuclease (PARN) by novel nucleoside analogues
  作者：Nikolaos Balatsos、Dimitrios Vlachakis、Vassiliki Chatzigeorgiou、Stella Manta、Dimitri Komiotis、Metaxia Vlassi、Constantinos Stathopoulos

  DOI：10.1016/j.biochi.2011.10.011

  日期：2012.1

  efficiently degrades poly(A) tails and regulates, in part, mRNA turnover rates. We have previously reported that adenosine- and cytosine-based glucopyranosyl nucleoside analogues with adequate tumour-inhibitory effect could effectively inhibit PARN. In the present study we dissect the mechanism of a more drastic inhibition of PARN by novel glucopyranosyl analogues bearing uracil, 5-fluorouracil or thymine as

  聚（A）特异性核糖核酸酶（PARN）是一种3'-外切核糖核酸酶，可有效降解聚（A）尾巴并部分调节mRNA周转率。我们以前曾报道过，基于腺苷和胞嘧啶的吡喃葡萄糖基核苷类似物具有足够的肿瘤抑制作用，可以有效抑制PARN。在本研究中，我们剖析了以尿嘧啶，5-氟尿嘧啶或胸腺嘧啶为基础部分的新型吡喃葡萄糖基类似物对PARN的更强烈抑制的机制。动力学分析表明，其中三种化合物是PARN的竞争性抑制剂，在低μM浓度下具有K（i）值，与我们以前的研究相比，显着更低（11至33倍）。对最有效的抑制剂，基于尿嘧啶的核苷类似物（命名为U1）进行的详细动力学分析显示，其结合缓慢。随后的分子对接实验表明，所有抑制PARN的化合物都可以通过特异性相互作用有效地结合到酶的活性位点。本研究剖析了这种新颖的基于尿嘧啶的化合物的抑制机理，该化合物通过在PARN的活性位点通过缓慢结合和缓慢释放模式来延长其抑制作用，从而有助于更有