N-(2,4-bis(benzyloxy)-6-(((4R,4'R,5S)-2,2,2',2'-tetramethyl-4,4'-bi(1,3-dioxolan)-5-yl)methoxy)pyrimidin-5-yl)methacrylamide | 1389328-92-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氮化合物
• 英文名称: N-(2,4-bis(benzyloxy)-6-(((4R,4'R,5S)-2,2,2',2'-tetramethyl-4,4'-bi(1,3-dioxolan)-5-yl)methoxy)pyrimidin-5-yl)methacrylamide
• 英文别名: N-[4-[[(4S,5S)-5-[(4R)-2,2-dimethyl-1,3-dioxolan-4-yl]-2,2-dimethyl-1,3-dioxolan-4-yl]methoxy]-2,6-bis(phenylmethoxy)pyrimidin-5-yl]-2-methylprop-2-enamide
• CAS: 1389328-92-0
• 化学式: C₃₃H₃₉N₃O₈
• 分子量: 605.688
• InChiKey: MGWOGWPLOKPYJX-WEWMWRJBSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.8
• 重原子数：
  44
• 可旋转键数：
  12
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.42
• 拓扑面积：
  120
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-(2,4-bis(benzyloxy)-6-(((4R,4'R,5S)-2,2,2',2'-tetramethyl-4,4'-bi(1,3-dioxolan)-5-yl)methoxy)pyrimidin-5-yl)methacrylamide 在 盐酸 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 反应 12.0h， 以69%的产率得到N-(2,4-bis(benzyloxy)-6-{[(2S,3R,4R)-2,3,4,5-tetrahydroxypentyl]oxy}pyrimidin-5-yl)methacrylamide
  参考文献：
  名称：

  Lumazine 合酶和核黄素合酶的 O-核苷、S-核苷和 N-核苷探针

  摘要：

  Lumazine 合酶催化核黄素生物合成的倒数第二步，而核黄素合酶催化最后一步。O-核苷、S-核苷和N已经合成了假设的 lumazine 生物合成中间体的核苷类似物，以获得这两种酶的结构和机制探针，以及作为抗生素具有潜在价值的抑制剂。设计了在其他容易还原的官能团存在下通过在 Lindlar 催化剂上受控氢解来选择性裂解苄基保护基团的方法。脱保护反应在其他反应性官能团（包括硝基、烯烃和卤素）的存在下进行。目标化合物作为从各种微生物获得的 lumazine 合酶和核黄素合酶的抑制剂进行了测试。一般来说，S-核苷和N-核苷比相应的O-核苷更有效核苷作为 lumazine 合酶和核黄素合酶抑制剂，而C-核苷的效力最低。进行了一系列分子动力学模拟，然后使用泊松-玻尔兹曼/表面积 (MM-PBSA) 方法进行自由能计算，以使配体与 lumazine 合酶结合的结果合理化，结果提供了对配体结合以及稳定酶催化反应中的中间体的分子力。

  DOI：

  10.1021/jo3010364
• 作为产物：
  描述：

  ((4S,4’R,5S)-2,2,2’,2’-tetramethyl-[4,4’-bi(1,3-dioxolan)]-5-yl)methanol 在 sodium dithionite 、 三乙胺 、 lithium hexamethyldisilazane 作用下， 以 四氢呋喃 、 1,4-二氧六环 、 甲醇 为溶剂， 反应 20.5h， 生成 N-(2,4-bis(benzyloxy)-6-(((4R,4'R,5S)-2,2,2',2'-tetramethyl-4,4'-bi(1,3-dioxolan)-5-yl)methoxy)pyrimidin-5-yl)methacrylamide
  参考文献：
  名称：

  Lumazine 合酶和核黄素合酶的 O-核苷、S-核苷和 N-核苷探针

  摘要：

  Lumazine 合酶催化核黄素生物合成的倒数第二步，而核黄素合酶催化最后一步。O-核苷、S-核苷和N已经合成了假设的 lumazine 生物合成中间体的核苷类似物，以获得这两种酶的结构和机制探针，以及作为抗生素具有潜在价值的抑制剂。设计了在其他容易还原的官能团存在下通过在 Lindlar 催化剂上受控氢解来选择性裂解苄基保护基团的方法。脱保护反应在其他反应性官能团（包括硝基、烯烃和卤素）的存在下进行。目标化合物作为从各种微生物获得的 lumazine 合酶和核黄素合酶的抑制剂进行了测试。一般来说，S-核苷和N-核苷比相应的O-核苷更有效核苷作为 lumazine 合酶和核黄素合酶抑制剂，而C-核苷的效力最低。进行了一系列分子动力学模拟，然后使用泊松-玻尔兹曼/表面积 (MM-PBSA) 方法进行自由能计算，以使配体与 lumazine 合酶结合的结果合理化，结果提供了对配体结合以及稳定酶催化反应中的中间体的分子力。

  DOI：

  10.1021/jo3010364