蛋白
水解靶向嵌合体 (PROTAC) 的设计需要将 E3 连接酶置于靶蛋白附近,通过其泛素化和降解来调节后者的浓度。在这里,我们提出了一种生成 E3 连接酶-PROTAC-靶蛋白三元复合物高精度结构模型的方法。该方法依赖于两项计算创新:在高效的蛋白质-蛋白质对接程序中添加“沉默”卷积项,以消除不具有可接受的接头构象的蛋白质位姿;以及使用相同 E3 连接酶并靶向多个 PROTAC 的聚类模型。相同的蛋白质。结果表明,最大的共有簇总是具有较高的预测准确性,并且模型集合可用于预测与 PROTAC 降解活性相关的三元复合物的解离速率和协同性。该方法通过对已知 PROTAC 结构的应用以及针对 BRAF 突变体 V600E 的 PROTAC 盲测来证明。结果证实,PROTAC 通过稳定 E3 连接酶和靶蛋白之间有利的相互作用来发挥作用,但不一定利用最有利的几何结构来实现蛋白质之间的相互作用。