[(R)-chloro({hydroxy[(1S)-2-(morpholin-4-yl)-2-oxo-1-phenylethoxy]phosphoryl})methyl]phosphonic acid | 1375082-86-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯和取代衍生物
• 英文名称: [(R)-chloro({hydroxy[(1S)-2-(morpholin-4-yl)-2-oxo-1-phenylethoxy]phosphoryl})methyl]phosphonic acid
• 英文别名: [(R)-chloro-[hydroxy-[(1S)-2-morpholin-4-yl-2-oxo-1-phenylethoxy]phosphoryl]methyl]phosphonic acid
• CAS: 1375082-86-2
• 化学式: C₁₃H₁₈ClNO₈P₂
• 分子量: 413.688
• InChiKey: QZQKIZXHRRDMDW-WCQYABFASA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.49
• 重原子数：
  25.0
• 可旋转键数：
  6.0
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.46
• 拓扑面积：
  133.6
• 氢给体数：
  3.0
• 氢受体数：
  5.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  [(R)-chloro({hydroxy[(1S)-2-(morpholin-4-yl)-2-oxo-1-phenylethoxy]phosphoryl})methyl]phosphonic acid 、 O^5'-(hydroxy-morpholin-4-yl-phosphinoyl)-thymidine 以 二甲基亚砜 为溶剂， 生成 5′-O-[({[(S)-chloro{hydroxy[(1S)-2-(morpholin-4-yl)-2-oxo-1-phenylethoxy]phosphoryl}methyl](hydroxy)phosphoryl}oxy)(hydroxy)phosphoryl]-2′-deoxythymidine
  参考文献：
  名称：

  完善β，γ-CXY-dNTP立体化学探针工具包：合成dCTP非对映异构体以及具有绝对构型的31 P和19 F NMR相关性

  摘要：

  β，γ-氧被一个CXY基团模拟的核苷5'-三磷酸（dNTP）类似物（β，γ-CXY-dNTPs）提供了有关DNA聚合酶催化和保真度的信息。CXY立体化学的定义对于阐明精确的结合模式非常重要。我们之前曾报道过通过P，C-二吗啉酰胺CHCl（6a，6b）和CHF（7a，7b）双膦酸酯制备的（R）-和（S）-β，γ-CHX-dGTP非对映异构体（X = F，Cl）（BPs）配备（R）-扁桃酸作为手性助剂，并使用H 2 / Pd进行最终脱保护。该方法还提供了β，γ-CHCl-dTTP（11a，11b），β，γ-CHF（12a，12b）和β，γ-CHCl（13a，13b）dATP非对映异构体，但还原脱保护步骤与dCTP或β，γ-CHBr中的溴取代基不相容-dNTP类似物。为了完成该工具包的组装，我们描述了一种替代合成策略，其特征在于乙基苄胺或苯基甘氨酸衍生的手性BP合成子并入了对光不稳定的保护基团。

  DOI：

  10.1021/acs.joc.0c01204
• 作为产物：
  描述：

  在 盐酸 作用下， 以 水 为溶剂， 反应 1.0h， 以99%的产率得到[(R)-chloro({hydroxy[(1S)-2-(morpholin-4-yl)-2-oxo-1-phenylethoxy]phosphoryl})methyl]phosphonic acid
  参考文献：
  名称：

  β,γ-CHF- 和 β,γ-CHCl-dGTP 非对映异构体：DNA 聚合酶新型立体化学探针的合成、离散 31P NMR 特征和绝对构型

  摘要：

  脱氧核苷 5'-三磷酸类似物（其中 β,γ-桥氧已被 CXY 基团取代）是研究 DNA 聚合酶催化和碱基选择机制的有用化学探针。此类探针的局限性在于，当桥接碳取代不等价（X≠Y）时，常规合成方法会产生非对映异构体的混合物。我们在这里报告了这个长期存在的问题的通用解决方案，其中包括四个 β,γ-CXY dNTP 非对映体示例：(S)- 和 (R)-β,γ-CHCl-dGTP (12a-1/12a-2) 和(S)-和(R)-β,γ-CHF-dGTP (12b-1/12b-2)。其制备的核心是将前手性母体双膦酸转化为其 (R)-扁桃酸单酯的 P,C-二吗啉酰胺衍生物 7，从而获得各个非对映异构体 7a-1、7a-2、7b-1、和7b-2通过制备型HPLC。然后选择性酸性水解 PN 键，得到“门户”非对映异构体，该非对映异构体很容易与吗啉激活的 dGMP 偶联。通过 H(2) (Pd/C) 去除手性辅助物，得到四种单独的非对映核苷酸

  DOI：

  10.1021/ja300218x