N-(9-((2R,6S)-6-(hydroxymethyl)-4-tritylmorpholin-2-yl)-6-oxo-6,9-dihydro-1H-purin-2-yl)isobutyramide | 956139-24-5

• 物质功能分类: 医药中间体
• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: N-(9-((2R,6S)-6-(hydroxymethyl)-4-tritylmorpholin-2-yl)-6-oxo-6,9-dihydro-1H-purin-2-yl)isobutyramide
• 英文别名: N-[9-[(2R,6S)-6-(hydroxymethyl)-4-tritylmorpholin-2-yl]-6-oxo-1H-purin-2-yl]-2-methylpropanamide
• CAS: 956139-24-5
• 化学式: C₃₃H₃₄N₆O₄
• 分子量: 578.671
• InChiKey: LNQQABQFAZWVNX-RRPNLBNLSA-N

物化性质

• 密度：
  1.33±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.9
• 重原子数：
  43
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.27
• 拓扑面积：
  121
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-(9-((2R,6S)-6-(hydroxymethyl)-4-tritylmorpholin-2-yl)-6-oxo-6,9-dihydro-1H-purin-2-yl)isobutyramide 在 disodium hydrogenphosphate 、 溴 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 6.0h， 以82%的产率得到C₃₃H₃₃BrN₆O₄
  参考文献：
  名称：

  通过钯催化的交叉偶联反应合成核碱基功能化的吗啉代修饰的核苷单体

  摘要：

  Morpholino 修饰的核苷类似物在发育生物学中具有广泛的应用。为了实现吗啉代核苷的核碱基功能化形式，首次描述了 5-取代胞苷、8-取代腺苷和 8-取代鸟苷吗啉代核苷单体的合成。该合成基于使用 5-碘胞苷、8-溴腺苷和 8-溴鸟苷吗啉代核苷作为关键起始原料。这些碘或溴衍生物也是首次合成。然后使用钯介导的交叉偶联反应（Sonogashira、Suzuki 和 Heck）与卤素衍生物一起完成取代。对 C、A 和 G 的不同反应条件进行标准化以实现转化。该策略的设计方式使得有用的 N-三苯甲基保护基团保留在最后。用于 Sonogashira、Suzuki 和 Heck 反应的催化剂组合分别是 Pd(PPh3)2Cl2·CuI、Pd(dppf)Cl2·CH2Cl2 和 Pd(OAc)2。5-碘胞苷单体和丙烯酸甲酯之间的 Heck 偶联效果很好，而使用丙烯腈，发现胞苷的环外胺形成氮杂-迈克尔加合

  DOI：

  10.1002/ejoc.201201384
• 作为产物：
  描述：

  5'-O-(tert-butyldiphenylsilyl)guanosine 在 sodium periodate 、 ammonium biborate tetrahydrate 、 四丁基氟化铵 、 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 11.0h， 生成 N-(9-((2R,6S)-6-(hydroxymethyl)-4-tritylmorpholin-2-yl)-6-oxo-6,9-dihydro-1H-purin-2-yl)isobutyramide
  参考文献：
  名称：

  由未保护的核糖核苷合成柔性保护的吗啉代单体的改进方案。

  摘要：

  已经开发了一种廉价且大大改进的方案，使用氧化乙二醇裂解和还原胺化策略从未保护的核糖核苷以高总收率合成受保护的吗啉代单体。与先前的方法不同，本策略允许在稍后的阶段安装环外胺保护剂，从而避免使用昂贵的或市售的环外胺保护的核糖核苷作为起始原料。为了证明本发明方法在选择保护基上的灵活性，已在环外胺位置用几个具有不同解嵌段性质的此类基团保护了单体。

  DOI：

  10.1080/15257770.2012.724491

文献信息

• MORPHOLINO-BASED ANTISENSE AGENT
  申请人：Sinha Surajit

  公开号：US20120296087A1

  公开（公告）日：2012-11-22

  Morpholino-based oligomers suitable as antisense agent comprising modifications of phosphorodiamidate backbone or modification with 5-substituted pyrimidines of morpholino compound that is soluble in culture medium and sufficient for cell penetration thereby eliminating the need for injecting into the cells. Monomers comprising the said oligomers and its method of manufacture, method of manufacture of the said oligomers and its dye, flurophore, drug, biomolecule conjugate wherein the said oligomers find different end use but not limited to regulation of gene expression, tissue culture with improved transfection efficiency and related studies on cellular transfection.

  基于Morpholino的寡聚体适用作为反义物质，包括对磷酸二胺酰基骨架的修饰或对Morpholino化合物进行5-取代嘧啶的修饰，该化合物在培养基中溶解并足以渗透细胞，从而消除了注射到细胞中的需要。包括上述寡聚体的单体及其制造方法，上述寡聚体及其染料、荧光素、药物、生物分子共轭物的制造方法，其中上述寡聚体具有不同的最终用途，但不限于调控基因表达，具有改善转染效率的组织培养以及有关细胞转染的相关研究。
• Design, Synthesis and Molecular Modeling Study of Conjugates of ADP and Morpholino Nucleosides as A Novel Class of Inhibitors of PARP-1, PARP-2 and PARP-3
  作者：Yuliya V. Sherstyuk、Nikita V. Ivanisenko、Alexandra L. Zakharenko、Maria V. Sukhanova、Roman Y. Peshkov、Ilia V. Eltsov、Mikhail M. Kutuzov、Tatiana A. Kurgina、Ekaterina A. Belousova、Vladimir A. Ivanisenko、Olga I. Lavrik、Vladimir N. Silnikov、Tatyana V. Abramova

  DOI：10.3390/ijms21010214

  日期：——

  as well as on the linkage between ADP and morpholino nucleoside. The 5-iodination of uracil and the introduction of the P–N bond in NAD+-mimetics have shown to increase inhibition properties. Structural modeling suggested that the P–N bond can stabilize the pyrophosphate group in active conformation due to the formation of an intramolecular hydrogen bond. The most active NAD+ analog against PARP-1 contained

  我们报告了腺苷二磷酸（ADP）和吗啉代核苷作为聚（ADP-核糖）聚合酶-1、2和3的潜在选择性抑制剂的共轭物的设计，合成和分子建模研究。16种含天然杂环碱基的二核苷焦磷酸盐烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NAD +）分子以5卤代嘧啶为主要成分，并模仿这些酶的主要底物，已高收率地合成。吗啉代核苷已通过磷酸酯或磷酰胺键连接到ADP的β-磷酸酯上。筛选这些衍生物对PARP-1和PARP-2的自聚聚（ADP-核糖基）的抑制特性表明，其作用取决于核碱基的类型以及ADP和吗啉代核苷之间的键合。已证明在NAD +模拟物中尿嘧啶的5碘化和P–N键的引入增加了抑制作用。结构模型表明，由于分子内氢键的形成，PN键可以使焦磷酸酯基团稳定在活性构象中。针对PARP-1的活性最高的NAD +类似物包含5-碘尿嘧啶2′-氨基甲基吗啉代核苷，IC50为126±6μM，而在PARP-2的情况下，它是腺嘌呤2′-氨基甲基吗啉代核苷（
• TAU-TARGETING OLIGONUCLEOTIDE GAPMERS
  申请人：Eisai R&D Management Co., Ltd.

  公开号：US20220195437A1

  公开（公告）日：2022-06-23

  Antisense oligonucleotides are provided. These antisense oligonucleotides are useful in the preparation of gapmers for inhibition of Tau mRNA transcription. Inhibition of Tau mRNA transcription may result in decrease of amounts of Tau protein in a subject, allowing treatment of diseases and disorders related to expression of Tau, including Alzheimer's disease and primary tauopathies.

  提供了反义寡核苷酸。这些反义寡核苷酸在制备gapmers以抑制Tau mRNA转录方面非常有用。抑制Tau mRNA转录可能导致受试者Tau蛋白质量的降低，从而治疗与Tau表达有关的疾病和疾病，包括阿尔茨海默病和原发性Tau病。
• Synthesis and Biophysical Properties of Triazole-Incorporated PMOs (TzPMOs): A Convergent, Click Ligation Approach
  作者：Arpan Banerjee、Arnab Das、Atanu Ghosh、Abhishek Gupta、Surajit Sinha

  DOI：10.1021/acs.joc.3c02242

  日期：2024.3.1

  The synthesis of phosphorodiamidate morpholino oligonucleotides (PMOs) incorporating single or double triazole rings in the backbone has been achieved via Cu(I)-catalyzed azide-alkyne cycloaddition (CuAAC). The synthetic approach implemented is fundamentally convergent, involving the ligation of a 5′-azide PMO fragment to a 3′-alkyne fragment both in solution and on solid support. To access the 3′-alkyne

  通过 Cu(I) 催化的叠氮化物-炔环加成 (CuAAC) 合成了主链中包含单或双三唑环的磷酸二酰胺吗啉代寡核苷酸 (PMO)。所实施的合成方法基本上是收敛的，涉及在溶液中和固体支持物上将 5'-叠氮 PMO 片段与 3'-炔片段连接。为了获得 3'-炔 PMO 片段，我们合成了所有四种核碱基的 3'- N-炔丙基氯代氨基磷酸酯吗啉代单体。与常规类似物相比，所得的三唑掺入的 PMO (TzPMO) 对互补脱氧核糖核酸 (DNA)/核糖核酸 (RNA) 链表现出相当或改进的结合亲和力。最后，设计了一个全长 TzPMO 来靶向 Nanog 基因，与常规版本相比，表现出几乎相同的杂交特性。圆二色性研究揭示了 TzPMO 形成的双链体具有 B 型螺旋构象。
• Lithium bromide–DBU mediated synthesis of chlorophosphoramidate-activated morpholino nucleoside subunits
  作者：Sankha Pattanayak、Surajit Sinha

  DOI：10.1016/j.tetlet.2012.09.126

  日期：2012.12

  An efficient and rapid protocol for the synthesis of chlorophosphoramidate-activated morpholino sub-units has been developed. A unique combination of lithium bromide-DBU has been found to activate the 7'-hydroxyl toward the reaction. All the four morpholino units of adenosine, guanosine, cytosine, and thymine responded smoothly to the developed protocol. (C) 2012 Elsevier Ltd. All rights reserved.