((2S,6R)-6-(2-异丁酰氨基-6-氧代-1,6-二氢-9H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基吗啉-2-基)甲基二甲基磷酰胺 | 956139-25-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 中文名称: ((2S,6R)-6-(2-异丁酰氨基-6-氧代-1,6-二氢-9H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基吗啉-2-基)甲基二甲基磷酰胺
• 英文名称: ((2S,6R)-6-(2-isobutyramido-6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)-4-tritylmorpholin-2-yl)methyl dimethylphosphoramidochloridate
• 英文别名: [(2S,6R)-6-{N2-Isobutyryl-guanin-9-yl}-4-tritylmorpholin-2-yl]methyl Dimethylphosphoramide Chloridate；N-[9-[(2R,6S)-6-[[chloro(dimethylamino)phosphoryl]oxymethyl]-4-tritylmorpholin-2-yl]-6-oxo-1H-purin-2-yl]-2-methylpropanamide
• CAS: 956139-25-6
• 化学式: C₃₅H₃₉ClN₇O₅P
• 分子量: 704.165
• InChiKey: JEXKEVAZWLLEBW-OXJZQVEGSA-N

物化性质

• 密度：
  1.37±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.8
• 重原子数：
  49
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.31
• 拓扑面积：
  130
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  ((2S,6R)-6-(2-异丁酰氨基-6-氧代-1,6-二氢-9H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基吗啉-2-基)甲基二甲基磷酰胺 、 在 N-乙基马来酰亚胺 、 5-(乙硫基)-1H-四唑 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 以55 %的产率得到
  参考文献：
  名称：

  磷酸二胺哌啶低聚物的合成及生物物理性质

  摘要：

  我们报告了用尿嘧啶、胞嘧啶、鸟嘌呤和腺嘌呤功能化的哌啶核苷氨基磷酸酯的合成及其与低聚物的结合。高效液相色谱分析表明，二氨基磷酸酯哌啶低聚物 (PPO) 比具有相同四聚体序列的二氨基磷酸酯吗啉代低聚物 (PMO) 更具亲脂性。含有哌啶子残基的 PMO 与 DNA 和 RNA 形成双链体，并且 PPO 比 PMO 在内体溶解 pH 下具有更高的稳定性和更高的疏水性。

  DOI：

  10.1021/acs.orglett.2c04067
• 作为产物：
  描述：

  N-(9-((2R,6S)-6-(hydroxymethyl)-4-tritylmorpholin-2-yl)-6-oxo-6,9-dihydro-1H-purin-2-yl)isobutyramide 、 N,N-二甲基磷氨基二氯化物 在 1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯 、 lithium bromide 作用下， 以 二氯甲烷 、 乙腈 为溶剂， 反应 0.58h， 以2.70 g的产率得到((2S,6R)-6-(2-异丁酰氨基-6-氧代-1,6-二氢-9H-嘌呤-9-基)-4-三苯甲基吗啉-2-基)甲基二甲基磷酰胺
  参考文献：
  名称：

  TAU-TARGETING OLIGONUCLEOTIDE GAPMERS

  摘要：

  提供了反义寡核苷酸。这些反义寡核苷酸在制备gapmers以抑制Tau mRNA转录方面非常有用。抑制Tau mRNA转录可能导致受试者Tau蛋白质量的降低，从而治疗与Tau表达有关的疾病和疾病，包括阿尔茨海默病和原发性Tau病。

  公开号：

  US20220195437A1

文献信息

• Synthesis of Phosphorodiamidate Morpholino Oligonucleotides Using Trityl and Fmoc Chemistry in an Automated Oligo Synthesizer
  作者：Jayanta Kundu、Atanu Ghosh、Ujjwal Ghosh、Arnab Das、Dhriti Nagar、Sankha Pattanayak、Aurnab Ghose、Surajit Sinha

  DOI：10.1021/acs.joc.2c00265

  日期：2022.8.5

  Phosphorodiamidate morpholino oligonucleotides (PMOs) constitute 3 out of the 11 FDA-approved oligonucleotide-based drugs in the last 6 years. PMOs can effectively silence disease-causing genes and modify splicing. However, PMO synthesis has remained challenging for a variety of reasons: inefficient deprotection and coupling methods and instability of monomers. Here, we report the development of a

  在过去 6 年中，在 FDA 批准的 11 种基于寡核苷酸的药物中，磷二酰胺吗啉代寡核苷酸 (PMO) 占 3 种。PMO 可以有效地沉默致病基因并修改剪接。然而，由于多种原因，PMO 合成仍然具有挑战性：低效的脱保护和偶联方法以及单体的不稳定性。在这里，我们报告了使用三苯甲基或 FMOc 保护的氯代氨基磷酸酯单体合成 PMO 的树脂载体、解封和偶联试剂的合适组合的开发。在固体支持物上使用这两种方法合成的 PMO 已在斑马鱼模型中验证了基因沉默。该协议已成功转移到自动 DNA 合成器中，以制作多个 PMO 序列，首次展示了常规 PMO 在商业 DNA 合成器中的适应性。此外，具有超过 20 聚体序列的 PMO，包括 FDA 批准的 Eteplirsen（30 聚体），总产率超过 20%，优于以前的报告。杂交研究表明，相对于 DNA/DNA 双链体 (>6 °C)，PMO 对互补 DNA 的结合亲和力更高。此外，将
• Lithium bromide–DBU mediated synthesis of chlorophosphoramidate-activated morpholino nucleoside subunits
  作者：Sankha Pattanayak、Surajit Sinha

  DOI：10.1016/j.tetlet.2012.09.126

  日期：2012.12

  An efficient and rapid protocol for the synthesis of chlorophosphoramidate-activated morpholino sub-units has been developed. A unique combination of lithium bromide-DBU has been found to activate the 7'-hydroxyl toward the reaction. All the four morpholino units of adenosine, guanosine, cytosine, and thymine responded smoothly to the developed protocol. (C) 2012 Elsevier Ltd. All rights reserved.
• [EN] CHIRAL REAGENTS FOR PREPARATION OF HOMOGENEOUS OLIGOMERS<br/>[FR] RÉACTIFS CHIRAUX POUR LA PRÉPARATION D'OLIGOMÈRES HOMOGÈNES
  申请人：EISAI R&D MAN CO LTD

  公开号：WO2017024264A8

  公开（公告）日：2018-04-12
• [EN] POLY-MORPHOLINO OLIGONUCLEOTIDE GAPMERS<br/>[FR] GAPMÈRES DE POLY-MORPHOLINO OLIGONUCLÉOTIDES
  申请人：[en]EISAI R&D MANAGEMENT CO., LTD.

  公开号：WO2022125987A1

  公开（公告）日：2022-06-16

  Gapmers or pharmaceutically acceptable salt of the gapmers and methods of making the gapmers are provided. The gapmers include a gap region that contains deoxyribonucleosides linked to each other by phosphorothioate bonds, a 5' wing region positioned at the 5' end of the gap region that contains morpholino monomers linked to each other by phosphorodiamidate bonds, and a 3' wing region positioned at the 3' end of the gap region that contains morpholino monomers linked to each other by phosphorodiamidate bonds. Antisense oligonucleotides are also provided. These antisense oligonucleotides are useful in the preparation of gapmers for inhibition of Tau mRNA transcription.