Synthetic, Structural, and RNA Binding Studies on 2‐Aminopyridine‐Modified Triplex‐Forming Peptide Nucleic Acids
作者:Venubabu Kotikam、Scott D. Kennedy、James A. MacKay、Eriks Rozners
DOI:10.1002/chem.201806293
日期:2019.3.21
interest in fundamental science and the pharmaceutical industry. The goal of this study was to improve the RNA binding properties of triplex‐forming peptide nucleic acids (PNAs) by further increasing the pKa of 2‐aminopyridine (M). Protonation of M was the key for enabling triplex formation at physiological pH in earlier studies. Substitution on M by an electron‐donating 4‐methoxy substituent resulted in
新的结合RNA的配体的开发引起了基础科学和制药行业的日益增长的兴趣。这项研究的目的是通过进一步增加2-氨基吡啶(M)的p K a来改善三链体形成肽核酸(PNA)的RNA结合特性。M的质子化是在早期研究中能够在生理pH下形成三链体的关键。上的取代中号通过供电子-4-甲氧基取代基导致的三缸PNA-dsRNA的轻微不稳定,出乎预期的稳定化由于更有利的质子化。为了解释这一出乎意料的结果,在M上进行了首次NMR结构研究改良的PNA-dsRNA三链体,结合计算模型,发现M的4-甲氧基与将相邻核碱基连接到PNA主链的羰基氧之间的空间和静电排斥作用不佳。结构研究还提供了氢键相互作用的见解,氢键相互作用可能是PNA的高亲和力和异常的RNA结合偏好的原因。