[(2R,3S,5R)-2-(hydroxymethyl)-5-[2-oxo-5-(phenylsulfanylmethyl)-4-(1,2,4-triazol-1-yl)pyrimidin-1-yl]oxolan-3-yl] acetate | 622402-65-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: [(2R,3S,5R)-2-(hydroxymethyl)-5-[2-oxo-5-(phenylsulfanylmethyl)-4-(1,2,4-triazol-1-yl)pyrimidin-1-yl]oxolan-3-yl] acetate
• CAS: 622402-65-7
• 化学式: C₂₀H₂₁N₅O₅S
• 分子量: 443.483
• InChiKey: VVFMUUZAHFVYSP-RCCFBDPRSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.1
• 重原子数：
  31
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.35
• 拓扑面积：
  144
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-dimethoxytrityl-N2-isobutyryl-2'-deoxyguanosine-3'-O-(2-cyanoethyl)-N,N-diisopropylphosphoramidite 、 [(2R,3S,5R)-2-(hydroxymethyl)-5-[2-oxo-5-(phenylsulfanylmethyl)-4-(1,2,4-triazol-1-yl)pyrimidin-1-yl]oxolan-3-yl] acetate 在 四氮唑 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 0.42h， 生成
  参考文献：
  名称：

  5-(2'-脱氧胞嘧啶)甲基自由基的独立生成和5-甲基胞嘧啶和鸟嘌呤之间新型交联损伤的形成

  摘要：

  活性氧 (ROS) 会损伤 DNA。尽管已经在结构上表征了许多由 ROS 诱导的单核碱基损伤，但只有少数链内交联损伤被鉴定和表征，并且所有这些损伤都涉及相邻的胸腺嘧啶和鸟嘌呤或腺嘌呤。在哺乳动物细胞中，CpG 位点的胞嘧啶被甲基化。基于 5-甲基胞嘧啶和胸腺嘧啶对羟基自由基的相似反应性以及 B-DNA 中相邻胸腺嘧啶鸟嘌呤 (TG) 和 5-甲基胞嘧啶鸟嘌呤 (mCG) 的相似取向，我们预测交联病变，在 TG 中鉴定出并在 T 的 5-甲基碳原子和 G 的 C8 碳原子之间形成共价键，也应在 mCG 位点形成。在这里，我们首次报道了 5-(2'-deoxycytidinyl)methyl 自由基的独立产生，我们的结果表明，这种自由基可以在双核苷单磷酸 d(mCG) 和 d(GmC) 中引起预测的新型链内交联损伤。此外，我们表明交联病变也可以在 d(mCG) 中从厌氧条件下的伽马辐射中形成。

  DOI：

  10.1021/ja034866r
• 作为产物：
  描述：

  2-脱氧尿苷 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 TEA 、 溶剂黄146 、 三氯氧磷 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 7.83h， 生成 [(2R,3S,5R)-2-(hydroxymethyl)-5-[2-oxo-5-(phenylsulfanylmethyl)-4-(1,2,4-triazol-1-yl)pyrimidin-1-yl]oxolan-3-yl] acetate
  参考文献：
  名称：

  5-(2'-脱氧胞嘧啶)甲基自由基的独立生成和5-甲基胞嘧啶和鸟嘌呤之间新型交联损伤的形成

  摘要：

  活性氧 (ROS) 会损伤 DNA。尽管已经在结构上表征了许多由 ROS 诱导的单核碱基损伤，但只有少数链内交联损伤被鉴定和表征，并且所有这些损伤都涉及相邻的胸腺嘧啶和鸟嘌呤或腺嘌呤。在哺乳动物细胞中，CpG 位点的胞嘧啶被甲基化。基于 5-甲基胞嘧啶和胸腺嘧啶对羟基自由基的相似反应性以及 B-DNA 中相邻胸腺嘧啶鸟嘌呤 (TG) 和 5-甲基胞嘧啶鸟嘌呤 (mCG) 的相似取向，我们预测交联病变，在 TG 中鉴定出并在 T 的 5-甲基碳原子和 G 的 C8 碳原子之间形成共价键，也应在 mCG 位点形成。在这里，我们首次报道了 5-(2'-deoxycytidinyl)methyl 自由基的独立产生，我们的结果表明，这种自由基可以在双核苷单磷酸 d(mCG) 和 d(GmC) 中引起预测的新型链内交联损伤。此外，我们表明交联病变也可以在 d(mCG) 中从厌氧条件下的伽马辐射中形成。

  DOI：

  10.1021/ja034866r