(4-(azidopropyl)carbamoyl)-2-(6-(dimethylamino)-3-(dimethyliminio)-3H-xanthen-9-yl)benzoate | 1192590-89-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 芴
• 英文名称: (4-(azidopropyl)carbamoyl)-2-(6-(dimethylamino)-3-(dimethyliminio)-3H-xanthen-9-yl)benzoate
• 英文别名: 6-TAMRA-azide；TAMRA azide；TAMRA azide, 6-isomer；4-(3-azidopropylcarbamoyl)-2-[3-(dimethylamino)-6-dimethylazaniumylidenexanthen-9-yl]benzoate
• CAS: 1192590-89-8
• 化学式: C₂₈H₂₈N₆O₄
• 分子量: 512.568
• InChiKey: LCCOWUGYZJZMIT-UHFFFAOYSA-N

物化性质

• 溶解度：
  溶于DMF、DMSO、醇类

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.2
• 重原子数：
  38
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.25
• 拓扑面积：
  99.1
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (4-(azidopropyl)carbamoyl)-2-(6-(dimethylamino)-3-(dimethyliminio)-3H-xanthen-9-yl)benzoate 、 5-chloro-7-hydroxy-7-methyl-3-((2-(2-(prop-2-yn-1-yloxy)ethoxy)ethoxy)methyl)-6H-isochromene-6,8(7H)-dione 在 tetrakis(actonitrile)copper(I) hexafluorophosphate 、 三[(1-苄基-1H-1,2,3-三唑-4-基)甲基]胺 作用下， 以 二甲基亚砜 为溶剂， 反应 16.0h， 以31%的产率得到4-((3-(4-((2-(2-((5-chloro-7-hydroxy-7-methyl-6,8-dioxo-7,8-dihydro-6H-isochromen-3-yl)methoxy)ethoxy)ethoxy)methyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl)propyl)carbamoyl)-2-(6-(dimethylamino)-3-(dimethyliminio)-3H-xanthen-9-yl)benzoate
  参考文献：
  名称：

  氮杂苯作为肽、蛋白质和脂质的无活化伯胺特异性生物偶联试剂

  摘要：

  受 azaphilones 与胺的独特自然反应的启发，开发了一种高效、高度化学选择性和无活化的伯胺生物共轭方案，并在各种应用中得到证明。

  DOI：

  10.1002/anie.202111783
• 作为产物：
  描述：

  6-羧基四甲基罗丹明 、 3-叠氮基丙胺 在 1-羟基苯并三唑 、 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 以56 %的产率得到(4-(azidopropyl)carbamoyl)-2-(6-(dimethylamino)-3-(dimethyliminio)-3H-xanthen-9-yl)benzoate
  参考文献：
  名称：

  Zwitterionic Cell-Permeant and Water-Soluble Rhodamine Dyes for Quantitative Imaging Applications

  摘要：

  本发明提供了新型齐聚物细胞渗透性和水溶性罗丹明染料化合物、包含它们的药物组合物以及它们在定量成像应用中的使用方法，特别是取代的 5,5-二甲基-10-苯基-3,5-二氢二苯并[b,e]硅烷和 9-苯基-3H-氧杂蒽的式 (I) 化合物。

  公开号：

  US20230287217A1

文献信息

• A Suite of Activity-Based Probes To Dissect the KLK Activome in Drug-Resistant Prostate Cancer
  作者：Scott Lovell、Leran Zhang、Thomas Kryza、Anna Neodo、Nathalie Bock、Elena De Vita、Elizabeth D. Williams、Elisabeth Engelsberger、Congyi Xu、Alexander T. Bakker、Maria Maneiro、Reiko J. Tanaka、Charlotte L. Bevan、Judith A. Clements、Edward W. Tate

  DOI：10.1021/jacs.1c03950

  日期：2021.6.16

  in proteolysis and signaling. In prostate cancer (PCa), increased KLK activity promotes tumor growth and metastasis through multiple biochemical pathways, and specific quantification and tracking of changes in the KLK activome could contribute to validation of KLKs as potential drug targets. Herein we report a technology platform based on novel activity-based probes (ABPs) and inhibitors enabling simultaneous

  激肽释放酶相关肽酶 (KLK) 是分泌的丝氨酸蛋白酶家族，它们形成一个网络（KLK 激活组），在蛋白水解和信号传导中起重要作用。在前列腺癌 (PCa) 中，增加的 KLK 活性通过多种生化途径促进肿瘤生长和转移，并且特定量化和跟踪 KLK 激活组的变化可能有助于将 KLK 作为潜在药物靶点的验证。在这里，我们报告了一个基于新型活性探针 (ABP) 和抑制剂的技术平台，能够同时正交分析激素反应性 PCa 细胞系和肿瘤匀浆中的 KLK2、KLK3 和 KLK14 活性。重要的是，我们确定了 KLK 活性和丰度的显着脱钩，并建议 KLK 蛋白水解应被视为一个附加参数，与 PSA 血液测试一起，用于准确的 PCa 诊断和监测。我们使用选择性抑制剂和基于多路荧光活性的蛋白质分析 (ABPP)，剖析 PCa 细胞中的 KLK 激活组，并显示 KLK14 活性增加导致迁移表型。此外，使用生物素化的 ABP，我们发现活性
• 具有阿扎菲酮结构的偶联试剂及其在制备多肽、蛋白质偶联物中的应用
  申请人：南京大学

  公开号：CN113683590A

  公开（公告）日：2021-11-23

  本发明属于有机合成及蛋白质修饰技术领域，特别涉及具有阿扎菲酮结构的偶联试剂及其在制备多肽、蛋白质偶联物中的应用，本发明的具有阿扎菲酮结构的多肽、蛋白质偶联试剂在水溶液中稳定性好，对蛋白质的修饰操作简单方便，结构新颖，与目前已知的修饰试剂结构都不一样，偶联产物的连接稳定性好，为多肽、蛋白质的各种功能化修饰提供了一种新技术和新方式。
• Biosynthetic Functionalization of Nonribosomal Peptides
  作者：David L. Niquille、Ines B. Folger、Sophie Basler、Donald Hilvert

  DOI：10.1021/jacs.1c00925

  日期：2021.2.24

  incorporation of these functionalized substrate analogues at position 4, expanding this strategy to elongation modules. Efficient incorporation of an alkyne handle at position 1 or 4 of tyrocidine A allowed site-selective one-step fluorescent labeling of the corresponding tyrocidine analogues by Cu(I)-catalyzed alkyne–azide cycloaddition. By combining synthetic biology with bioorthogonal chemistry, this

  非核糖体肽 (NRP) 是一类具有治疗意义的次级代谢产物，由模块化合成酶以流水线方式产生。我们之前表明，酪氨酸合成酶的初始 Phe 负载腺苷酸化域中的单个 Trp-to-Ser 突变完全将特异性转向可点击的类似物。在这里我们报告说，这种微创策略能够在途径水平上有效地实现生物活性 NRP 的功能化。在重建的酪氨酸合成酶中，W227S 点突变允许通过起始模块选择性掺入具有炔烃、卤素和苯甲酰基取代基的 Phe 类似物。模块 4 中的相应 W2742S 突变同样允许这些功能化底物类似物在位置 4 处有效掺入，将此策略扩展到延伸模块。在 tyrocidine A 的 1 或 4 位有效掺入炔烃手柄允许通过 Cu(I) 催化的炔烃-叠氮化物环加成对相应的酪氨酸类似物进行位点选择性一步荧光标记。通过将合成生物学与生物正交化学相结合，这种方法在 NRP 分离和分子靶标阐明以及 NRP 疗法的组合优化方面具有巨大的潜力。
• Fluorescent Ligands Targeting the Intracellular Allosteric Binding Site of the Chemokine Receptor CCR2
  作者：Lara Toy、Max E. Huber、Maximilian F. Schmidt、Dorothee Weikert、Matthias Schiedel

  DOI：10.1021/acschembio.2c00263

  日期：2022.8.19

  bioluminescence resonance energy transfer (BRET) assays. Here, we report the structure-based development of fluorescent ligands targeting the intracellular allosteric binding site (IABS) of the CC chemokine receptor 2 (CCR2), a class A GPCR that has been pursued as a drug target in oncology and inflammation. Starting from previously reported intracellular CCR2 antagonists, several tetramethylrhodamine

  荧光标记的配体是研究 G 蛋白偶联受体 (GPCR) 的多功能分子工具，可用于一系列不同的应用，包括生物发光共振能量转移 (BRET) 测定。在这里，我们报告了针对 CC 趋化因子受体 2 (CCR2) 的细胞内变构结合位点 (IABS) 的基于结构的荧光配体开发，CCR2 是一种 A 类 GPCR，已被视为肿瘤学和炎症的药物靶点。从先前报道的细胞内 CCR2 拮抗剂开始，设计、合成了几种四甲基罗丹明 (TAMRA) 标记的 CCR2 配体，并测试了它们作为荧光报告基因的适用性，以探测与 CCR2 的 IABS 的结合。通过这些研究，我们开发了14作为荧光 CCR2 配体，能够以非同位素和高通量方式进行无细胞和细胞 NanoBRET 结合研究。此外，我们表明14可以用作基于片段的筛选方法的工具。因此，我们基于小分子的荧光 CCR2 配体14代表了未来 CCR2 药理学研究的有前途的工具。
• Lacosamide Isothiocyanate-Based Agents: Novel Agents To Target and Identify Lacosamide Receptors
  作者：Ki Duk Park、Pierre Morieux、Christophe Salomé、Steven W. Cotten、Onrapak Reamtong、Claire Eyers、Simon J. Gaskell、James P. Stables、Rihe Liu、Harold Kohn

  DOI：10.1021/jm9012054

  日期：2009.11.12

  (R)-Lacosamide ((R)-2, (R)-N-benzyl 2-acetamido-3-methoxypropionamide) has recently gained regulatory approval for the treatment of partial-onset seizures in adults. Whole animal pharmacological studies have documented that (R)-2 function is unique: A robust strategy is advanced for the discovery of interacting proteins associated with function and toxicity of (R)-2 through the use of (R)-2 analogues, 3, which contain "affinity bait (AB)" and "chemical reporter (CR)" functional groups. In 3, covalent modification of the interacting proteins proceeds at the AB moiety, and detection or isolation of the selectively captured protein occurs through the bioorthogonal CR group upon reaction with all appropriate probe. We report the synthesis, pharmacological evaluation, and interrogation of the mouse soluble brain proteome using 3 where the AB group is an isothiocyanate moiety. One compound, (R)-N-(4-isothiocyanato)benzyl 2-acetamido-3-(prop-2-ynyloxy)propionamide ((R)-9), exhibited excellent Seizure protection in mice, and like (R)-2, anticonvulsant activity principally resided in the (R)-stereoisomer. Several proteins were preferentially labeled by (R)-9 compared with (S)-9, including collapsin response mediator protein 2.