series of small size diamidines with thiophene and modified N -alkylbenzimidazole σ-hole module represent specific binding to single G·C base pair (bp) DNA sequence. The variation of N -alkyl or aromatic rings were sensitive to microstructure of DNA minor groove. Thirteen new compounds were synthesized to test their binding affinity and selectivity. The dicyanobenzimidazoles needed to synthesize the
一系列新型小尺寸二脒与
噻吩和修饰的 N-烷基
苯并咪唑 σ 孔模块代表与单个 G·C 碱基对 (bp) DNA 序列的特异性结合。N-烷基或芳香环的变化对DNA小沟的微观结构敏感。合成了十三种新化合物来测试它们的结合亲和力和选择性。合成目标二脒所需的二
氰基
苯并咪唑是通过不同醛与不同3-
氨基-4-(烷基-或苯基-
氨基)
苯甲腈的缩合/环化反应制备的。最终的二脒使用双三甲基甲
硅烷基
氨基
锂(LiN[Si(CH 3 ) 3 ] 2 )或Pinner方法合成。通过
生物传感器-
SPR、荧光光谱、DNA热熔解、ESI-MS光谱、圆二色性和分子动力学等多种
生物物理方法研究,与相似序列AAA
TTT和AAAGC
TTT相比,新合成的化合物对AAAG
TTT表现出很强的结合力和选择性。荧光光谱测定的结合亲和力结果与
生物传感器-
SPR获得的结果一致。这些小尺寸单 G·C bp 高度特异性结合物扩展了未来
生物应用的化合物数据库。