methyl 5-amino-1-[(dimethylamino)sulfonyl]-4-iodo-2-(methylamino)1H-benzimidazol-6-carboxylate | 1199810-56-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 苯并咪唑类
• 英文名称: methyl 5-amino-1-[(dimethylamino)sulfonyl]-4-iodo-2-(methylamino)1H-benzimidazol-6-carboxylate
• 英文别名: Methyl 6-amino-3-(dimethylsulfamoyl)-7-iodo-2-(methylamino)benzimidazole-5-carboxylate
• CAS: 1199810-56-4
• 化学式: C₁₂H₁₆IN₅O₄S
• 分子量: 453.261
• InChiKey: NIZSYMQSMWVDRO-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.3
• 重原子数：
  23
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.33
• 拓扑面积：
  128
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  4-苯基-1-丁炔 、 methyl 5-amino-1-[(dimethylamino)sulfonyl]-4-iodo-2-(methylamino)1H-benzimidazol-6-carboxylate 在 bis-triphenylphosphine-palladium(II) chloride 、 copper(l) iodide 、 二异丙胺 作用下， 反应 2.25h， 以62%的产率得到methyl 5-Amino-1-[(dimethylamino)sulfonyl]-2-(methylamino)-4-(4-phenyl-1-butyn-1-yl)-1H-benzimidazole-6-carboxylate
  参考文献：
  名称：

  高亲和力的tRNA鸟嘌呤转糖基酶替代结构水簇的功能。

  摘要：

  tRNA修饰酶tRNA-鸟嘌呤转糖基酶（TGT）对于弗氏志贺氏菌（细菌性腹泻性志贺菌病的病原体）的致病机制至关重要。在这里，合成了一类新的合理设计的6-氨基咪唑并[4,5 - g ]喹唑啉-8（7 H）-one-（lin报道了基于TGT的苯并鸟嘌呤抑制剂。为了在核糖34的结合位点附近容纳一个小的疏水缝隙开口，在杂环支架的4位引入了2-氨基乙基取代基。为此，使用了由碘化，铃木交叉偶联，硼氢化，Mitsunobu反应和Gabriel合成组成的合成序列，提供了伯胺，该伯胺用作制备一系列衍生物的常用中间体。所得配体显示出非常低的抑制常数，低至K i = 2 n M。通过在位置4的取代基上连接的末端亲脂性基团与由Val45和Leu68形成的疏水缝隙的相互作用，可以显着提高抑制活性。同时，取代基中的仲铵中心取代了水分子簇，使催化残基Asp102和Asp280溶剂化，而不会降低结合亲和力。此外，据报道，合成中间体具有不寻常的3

  DOI：

  10.1002/chem.200901270
• 作为产物：
  描述：

  methyl 5-amino-1-[(dimethylamino)sulfonyl]-2-(methylamino)-1H-benzimidazol-6-carboxylate 在 碘 、 碳酸氢钠 作用下， 以 二氯甲烷 、 水 为溶剂， 反应 72.0h， 以98%的产率得到methyl 5-amino-1-[(dimethylamino)sulfonyl]-4-iodo-2-(methylamino)1H-benzimidazol-6-carboxylate
  参考文献：
  名称：

  高亲和力的tRNA鸟嘌呤转糖基酶替代结构水簇的功能。

  摘要：

  tRNA修饰酶tRNA-鸟嘌呤转糖基酶（TGT）对于弗氏志贺氏菌（细菌性腹泻性志贺菌病的病原体）的致病机制至关重要。在这里，合成了一类新的合理设计的6-氨基咪唑并[4,5 - g ]喹唑啉-8（7 H）-one-（lin报道了基于TGT的苯并鸟嘌呤抑制剂。为了在核糖34的结合位点附近容纳一个小的疏水缝隙开口，在杂环支架的4位引入了2-氨基乙基取代基。为此，使用了由碘化，铃木交叉偶联，硼氢化，Mitsunobu反应和Gabriel合成组成的合成序列，提供了伯胺，该伯胺用作制备一系列衍生物的常用中间体。所得配体显示出非常低的抑制常数，低至K i = 2 n M。通过在位置4的取代基上连接的末端亲脂性基团与由Val45和Leu68形成的疏水缝隙的相互作用，可以显着提高抑制活性。同时，取代基中的仲铵中心取代了水分子簇，使催化残基Asp102和Asp280溶剂化，而不会降低结合亲和力。此外，据报道，合成中间体具有不寻常的3

  DOI：

  10.1002/chem.200901270

文献信息

• Replacement of Water Molecules in a Phosphate Binding Site by Furanoside-Appended<i>lin</i>-Benzoguanine Ligands of tRNA-Guanine Transglycosylase (TGT)
  作者：Luzi J. Barandun、Frederik R. Ehrmann、Daniel Zimmerli、Florian Immekus、Maude Giroud、Claudio Grünenfelder、W. Bernd Schweizer、Bruno Bernet、Michael Betz、Andreas Heine、Gerhard Klebe、François Diederich

  DOI：10.1002/chem.201405764

  日期：2015.1.2

  impact on binding affinity. While the enzyme has tRNA as its natural substrate, X‐ray co‐crystal structures revealed that the furanosyl moieties of the ligands are not accommodated in the tRNA ribose‐34 site, but at the location of the adjacent phosphate group. A remarkable similarity of the position of the oxygen atoms in these two structures suggests furanosides as a potential phosphate isoster.

  tRNA-鸟嘌呤转糖基酶已被确定为食源性痢疾的药物靶标。该酶在基于结构的设计中的主要挑战是极性核糖34口袋的填充。在这里，我们描述了由呋喃糖苷附加的lin组成的一系列新的配体-苯甲鸟嘌呤。它们被设计用来替换保守的水簇，并且在呋喃糖基部分的C（2）和C（3）处的官能团不同，它们是OH或OMe。位于核糖34口袋附近的Asp102和Asp280的不利去溶剂化对结合亲和力有重大影响。尽管该酶具有tRNA作为其天然底物，但X射线共晶体结构显示，配体的呋喃糖基部分并不位于tRNA核糖34位点，而是位于相邻的磷酸基团的位置。这两个结构中氧原子位置的显着相似性表明呋喃糖苷是潜在的磷酸盐等排物。