1-(2-deoxy-β-D-erythro-pentofuranosyl)-5-{3-[di(prop-2-ynyl)amino]prop-1-ynyl}cytosine | 1431298-65-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 1-(2-deoxy-β-D-erythro-pentofuranosyl)-5-{3-[di(prop-2-ynyl)amino]prop-1-ynyl}cytosine
• CAS: 1431298-65-5
• 化学式: C₁₈H₂₀N₄O₄
• 分子量: 356.381
• InChiKey: PVNANRYKRWGRGT-ARFHVFGLSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.61
• 重原子数：
  26.0
• 可旋转键数：
  5.0
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.44
• 拓扑面积：
  113.84
• 氢给体数：
  3.0
• 氢受体数：
  8.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-(2-deoxy-β-D-erythro-pentofuranosyl)-5-{3-[di(prop-2-ynyl)amino]prop-1-ynyl}cytosine 在 吡啶 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 28.5h， 生成 N⁴-acetyl-1-[2-deoxy-5-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-β-D-erythro-pentofuranosyl]-5-{3-[di(prop-2-ynyl)amino]prop-1-ynyl}-cytosine 3'-(2-cyanoethyl)-N,N'-diisopropyl phosphoramidite
  参考文献：
  名称：

  yr和双-DNA核碱基缀合物：线性和树突状胞嘧啶和7-脱氮鸟嘌呤点击加合物的准分子和单体荧光

  摘要：

  使用pyr叠氮化物在铜（I）催化的点击反应中，由5-炔基-2'-脱氧胞苷制备分支和非分支的核苷pyr点击偶联物。Click化学也被应用于寡核苷酸以产生具有线性或树枝状侧链的pyr标记的缀合物。虽然带有两个近端pyr的树状核苷显示出很强的准分子荧光，但是含有连接到支链上的两个pyr残基的单链寡核苷酸却仅表现出弱的准分子发射或没有准分子发射。相反，当近端炔基化核苷功能化时，观察到单链寡核苷酸的准分子荧光。在两个带有both残基的核碱基上修饰的“ dC-dG”碱基对也检测到强准分子荧光，因此荧光染料在互补链中。一般来说，fluorescence荧光被7-脱氮鸟嘌呤碱强烈淬灭（电荷转移），而胞嘧啶连接的emission的发射不受影响。by相互作用也得到了证明DNA双链体的T m增加和分子动力学模拟。

  DOI：

  10.1016/j.tet.2013.03.054
• 作为产物：
  描述：

  三炔丙基胺 、 5-碘-2'-脱氧胞苷 在 copper(l) iodide 、 四(三苯基膦)钯 、 三乙胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 12.0h， 以65%的产率得到1-(2-deoxy-β-D-erythro-pentofuranosyl)-5-{3-[di(prop-2-ynyl)amino]prop-1-ynyl}cytosine
  参考文献：
  名称：

  yr和双-DNA核碱基缀合物：线性和树突状胞嘧啶和7-脱氮鸟嘌呤点击加合物的准分子和单体荧光

  摘要：

  使用pyr叠氮化物在铜（I）催化的点击反应中，由5-炔基-2'-脱氧胞苷制备分支和非分支的核苷pyr点击偶联物。Click化学也被应用于寡核苷酸以产生具有线性或树枝状侧链的pyr标记的缀合物。虽然带有两个近端pyr的树状核苷显示出很强的准分子荧光，但是含有连接到支链上的两个pyr残基的单链寡核苷酸却仅表现出弱的准分子发射或没有准分子发射。相反，当近端炔基化核苷功能化时，观察到单链寡核苷酸的准分子荧光。在两个带有both残基的核碱基上修饰的“ dC-dG”碱基对也检测到强准分子荧光，因此荧光染料在互补链中。一般来说，fluorescence荧光被7-脱氮鸟嘌呤碱强烈淬灭（电荷转移），而胞嘧啶连接的emission的发射不受影响。by相互作用也得到了证明DNA双链体的T m增加和分子动力学模拟。

  DOI：

  10.1016/j.tet.2013.03.054