3'-amino-4'-(methylamino)-[1, 1’-biphenyl]-4-carbonitrile | 1305348-57-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯和取代衍生物
• 英文名称: 3'-amino-4'-(methylamino)-[1, 1’-biphenyl]-4-carbonitrile
• 英文别名: 4-(3-amino-4-methylaminophenyl)-benzonitrile
• CAS: 1305348-57-5
• 化学式: C₁₄H₁₃N₃
• 分子量: 223.277
• InChiKey: YAPAWAOFQUDHDZ-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.85
• 重原子数：
  17.0
• 可旋转键数：
  2.0
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.07
• 拓扑面积：
  61.84
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  3.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3'-amino-4'-(methylamino)-[1, 1’-biphenyl]-4-carbonitrile 在 盐酸 、 sodium metabisulfite 作用下， 以 乙醇 、 水 、 二甲基亚砜 为溶剂， 生成
  参考文献：
  名称：

  扩展σ孔基序以用于DNA小沟槽的序列特异性识别。

  摘要：

  当前大多数针对疾病（例如癌症）的药物可以与蛋白质中的一个或多个位点结合并抑制其活性。但是，可药用蛋白质的数量存在众所周知的限制，目前的药物与可以选择性靶向DNA或RNA的化合物互补将极大地提高细胞探针的可用性和治疗进展。我们专注于序列特异性DNA小沟结合物的设计，例如，该结合物靶向与疾病有关的转录因子的启动子位点。我们已经开始使用AT特定的小沟结合剂，这种结合剂已知会进入人体细胞并进入临床试验。为了拓宽这些化合物的序列特异性识别，已鉴定出几个具有强烈和特异性识别G·C碱基对的H键受体的模块。铅模块是基于噻吩-N-烷基-苯并咪唑σ孔的系统，该系统具有末端苯基that，对小沟中的G·C碱基对具有出色的亲和力和选择性。现在，工作重点集中在优化此模块上。在这项工作中，我们正在评估对化合物芳族体系的修饰，以提高GC的选择性和亲和力。铅化合物保留了噻吩-N-烷基-BI模块，但在末端苯基-上具有与to基

  DOI：

  10.1021/acs.biochem.0c00090
• 作为产物：
  描述：

  4-溴-N-甲基-2-硝基苯胺 在 四(三苯基膦)钯 、 potassium carbonate 、 tin(ll) chloride 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 乙醇 、 水 为溶剂， 生成 3'-amino-4'-(methylamino)-[1, 1’-biphenyl]-4-carbonitrile
  参考文献：
  名称：

  扩展σ孔基序以用于DNA小沟槽的序列特异性识别。

  摘要：

  当前大多数针对疾病（例如癌症）的药物可以与蛋白质中的一个或多个位点结合并抑制其活性。但是，可药用蛋白质的数量存在众所周知的限制，目前的药物与可以选择性靶向DNA或RNA的化合物互补将极大地提高细胞探针的可用性和治疗进展。我们专注于序列特异性DNA小沟结合物的设计，例如，该结合物靶向与疾病有关的转录因子的启动子位点。我们已经开始使用AT特定的小沟结合剂，这种结合剂已知会进入人体细胞并进入临床试验。为了拓宽这些化合物的序列特异性识别，已鉴定出几个具有强烈和特异性识别G·C碱基对的H键受体的模块。铅模块是基于噻吩-N-烷基-苯并咪唑σ孔的系统，该系统具有末端苯基that，对小沟中的G·C碱基对具有出色的亲和力和选择性。现在，工作重点集中在优化此模块上。在这项工作中，我们正在评估对化合物芳族体系的修饰，以提高GC的选择性和亲和力。铅化合物保留了噻吩-N-烷基-BI模块，但在末端苯基-上具有与to基

  DOI：

  10.1021/acs.biochem.0c00090

文献信息

• The Thiophene “Sigma-Hole” as a Concept for Preorganized, Specific Recognition of G⋅C Base Pairs in the DNA Minor Groove
  作者：Pu Guo、Ananya Paul、Arvind Kumar、Abdelbasset A. Farahat、Dhiraj Kumar、Siming Wang、David W. Boykin、W. David Wilson

  DOI：10.1002/chem.201603422

  日期：2016.10.17

  targeting DNA is under‐represented in the design of small molecules. A barrier to progress in this area is the lack of a variety of modules that recognize G⋅C base pairs (bp) in DNA sequences. To overcome this barrier, an entirely new design concept for modules that can bind to mixed G⋅C and A⋅T sequences of DNA is reported herein. Because of their successes in biological applications, minor‐groove‐binding

  尽管其在细胞功能中的重要性，但在小分子设计中靶向DNA的代表性不足。在这一领域取得进展的障碍是缺乏识别DNA序列中G · C碱基对（bp）的各种模块。为了克服这一障碍，本文报道了一种模块的全新设计概念，该模块可以与DNA的G · C和A · T混合序列结合。由于它们在生物应用方面的成功，因此选择了小沟结合杂环阳离子作为设计平台。与A⋅T序列的结合需要氢键供体，而对G-NH 2的识别则需要一个受体。我们在此报告的概念使用预先组织的N-甲基苯并咪唑（N- MeBI）噻吩模块，用于与混合bp DNA序列选择性结合。N - MeBI的噻吩sigma空穴（正电势）和电子给体氮之间的相互作用预先组织了从G-NH 2接受氢键的构象。化合物-DNA相互作用与生物物理学方法的有力阵列进行了评价，结果表明，Ñ -MeBI -噻吩单体化合物能强烈和选择性地识别单个ģ ⋅C bp序列。如设计概念所预测，用其他部分
• Compound Shape Effects in Minor Groove Binding Affinity and Specificity for Mixed Sequence DNA
  作者：Pu Guo、Abdelbasset A. Farahat、Ananya Paul、Narinder K. Harika、David W. Boykin、W. David Wilson

  DOI：10.1021/jacs.8b08152

  日期：2018.11.7

  of the DNA minor groove and H-bond to the -NH of G·C base pairs that project into the minor groove. Initial compounds bind strongly to a single G·C base pair in an AT context with a specificity ratio of 50 ( KD AT-GC/ KD AT) or less and this is somewhat low for biological use. We felt that modifications of compound shape could be used to probe local DNA microstructure in target mixed base pair sequences

  结合在 DNA 双链体小沟中的特定杂环阳离子作为细胞和核染色剂以及作为可有效进入人体细胞的治疗剂取得了重大成功。扩大小沟化合物的 DNA 序列识别能力也可以扩大其治疗靶点，并在许多领域产生影响，例如转录因子生物活性的调节。使用 N-甲基苯并咪唑 (N-MeBI) 噻吩已成功设计出混合序列结合化合物，这些噻吩经过预先组织以适合 DNA 小沟的形状以及与投射的 G·C 碱基对的 -NH 上的氢键进入小凹槽。初始化合物在 AT 环境中与单个 G·C 碱基对强烈结合，特异性比率为 50 (KD AT-GC/KD AT) 或更低，这对于生物学用途来说有点低。我们认为，化合物形状的修饰可用于探测 DNA 目标混合碱基对序列中的局部 DNA 微观结构，并有可能提高化合物的结合选择性。通过增加苯并咪唑 N-取代基的大小（例如，使用 N-异丁基代替 N-Me）以及通过在化合物芳香核上的特定位置引入取代来改变
• Exploration of larger central ring linkers in furamidine analogues: Synthesis and evaluation of their DNA binding, antiparasitic and fluorescence properties
  作者：Abdelbasset A. Farahat、Ekaterina Paliakov、Arvind Kumar、Alaa-Eldin M. Barghash、Fatma E. Goda、Hassan M. Eisa、Tanja Wenzler、Reto Brun、Yang Liu、W. David Wilson、David W. Boykin

  DOI：10.1016/j.bmc.2011.02.045

  日期：2011.4

  The effects of replacing the central furan ring of furamidine with indole and benzimidazole on their DNA binding affinity, antiparasitic activity and fluorescence are reported. The bis-cyanophenylindoles required to make the corresponding amidines were prepared by sequential Stille and/or Suzuki coupling reactions. The bis-cyanophenylbenzimidazoles were obtained by coupling 4-cyanobenzaldehydes with the appropriate cyano substituted phenylenediamine. The bis-nitriles were converted to the diamidines by reaction with LiN[Si(CH3)(3)](2) or by Pinner methodology. Specifically, we have prepared new series of 2,6- and 2,5-diaryl indoles (6a, b, 12 and 17a-d) and the related benzimidazoles (24, 30 and 35). The new compounds bind in the DNA minor groove in DNA AT base pair sequences and eight of the ten new analogues exhibit Delta T-m values comparable to or higher than that of furamidine. Six of ten of the new compounds exhibit lower IC50 values against Trypanosoma brucei rhodesiense (T. b. r.) and eight of ten exhibit lower IC50 values against Plasmodium falciparum (P. f.) than furamidine. Four of the ten show greater efficacy than furamidine in the rigorous T. b. r. STIB900 mouse model for African trypanosomiasis. Generally, the fluorescence properties of the new analogues are similar to that of DAPI. (C) 2011 Elsevier Ltd. All rights reserved.