5-(2-cyanoethyl)hydroxymethyl-2'-deoxyuridine | 188411-04-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 5-(2-cyanoethyl)hydroxymethyl-2'-deoxyuridine
• 英文别名: 5-(2-cyanoethyl)oxymethyl-2'-deoxyuridine
• CAS: 188411-04-3
• 化学式: C₁₃H₁₇N₃O₆
• 分子量: 311.294
• InChiKey: XGCJXMXBMWYEIS-HBNTYKKESA-N

物化性质

• 熔点：
  >75 °C (decomp)
• 密度：
  1.433±0.06 g/cm3(Temp: 20 °C; Press: 760 Torr)(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.39
• 重原子数：
  22.0
• 可旋转键数：
  6.0
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.62
• 拓扑面积：
  137.57
• 氢给体数：
  3.0
• 氢受体数：
  8.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-(2-cyanoethyl)hydroxymethyl-2'-deoxyuridine 在 吡啶 、 四氮唑 、 4-二甲氨基吡啶 、 1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯 、 三乙胺 、 N,N-二异丙基乙胺 、 ((3H-[1,2,3]triazolo[4,5-b]pyridin-3-yl)oxy)tri(pyrrolidin-1-yl)phosphonium hexafluorophosphate(V) 、 三氟乙酸 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 、 水 、 乙腈 为溶剂， 反应 16.6h， 生成 benzyl(1-((2R,4S,5R)-5-((((benzyloxy)(piperidin-1-yl)phosphoryl)oxy)methyl)-4-(((benzyloxy)carbonyl)oxy)tetrahydrofuran-2-yl)-5-((2-cyanoethoxy)methyl)-2-oxo-1,2-dihydropyrimidin-4-yl)carbamate
  参考文献：
  名称：

  一种实用合成 5-Hydroxymethyl-2'-deoxycytidine (5hmdC) 亚磷酰胺和三磷酸盐的改进方法

  摘要：

  5-Hydroxymethyl-2'-deoxycytidine (5hmdC) 亚磷酰胺和三磷酸盐是用于表观遗传学研究的含 5hmdC 的 DNA 合成的重要组成部分。然而，合成这些化合物的有效和实用的方法仍然有限。目前的研究提供了一种经过深入改进的合成方法，能够以 5 g 的规模制备市售的氰乙基保护的 5hmdC 亚磷酰胺，总产率为 39%。在轻松高效获得氰乙基保护-5hmdU和5hmdC中间体的基础上，还开发了两条5hmdC三磷酸的高效合成路线。

  DOI：

  10.3390/molecules27030749
• 作为产物：
  描述：

  5-bromomethyl-3',5'-bis(O-tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxyuridine 在 三氟乙酸 作用下， 以 水 为溶剂， 反应 8.0h， 生成 5-(2-cyanoethyl)hydroxymethyl-2'-deoxyuridine
  参考文献：
  名称：

  一种实用合成 5-Hydroxymethyl-2'-deoxycytidine (5hmdC) 亚磷酰胺和三磷酸盐的改进方法

  摘要：

  5-Hydroxymethyl-2'-deoxycytidine (5hmdC) 亚磷酰胺和三磷酸盐是用于表观遗传学研究的含 5hmdC 的 DNA 合成的重要组成部分。然而，合成这些化合物的有效和实用的方法仍然有限。目前的研究提供了一种经过深入改进的合成方法，能够以 5 g 的规模制备市售的氰乙基保护的 5hmdC 亚磷酰胺，总产率为 39%。在轻松高效获得氰乙基保护-5hmdU和5hmdC中间体的基础上，还开发了两条5hmdC三磷酸的高效合成路线。

  DOI：

  10.3390/molecules27030749

文献信息

• Improved synthesis of 5-hydroxymethyl-2′-deoxycytidine phosphoramidite using a 2′-deoxyuridine to 2′-deoxycytidine conversion without temporary protecting groups
  作者：Anders S. Hansen、Armin Thalhammer、Afaf H. El-Sagheer、Tom Brown、Christopher J. Schofield

  DOI：10.1016/j.bmcl.2010.12.098

  日期：2011.2

  incorporation into oligonucleotides. To minimize manipulations we employed a temporary protecting group-free 2′-deoxyuridine to 2′-deoxycytidine conversion procedure that utilizes phase transfer catalysis. The desired 5-HOMedC phosphoramidite is obtained in six steps and 24% overall yield from 2′-deoxyuridine.

  5-羟甲基胞嘧啶最近被定性为人类 DNA 中的“第六个碱基”。为了能够对这种 DNA 修饰进行研究，我们报告了一种合成 5-羟甲基-2'-脱氧胞苷 ( 5-HOMe dC) 亚磷酰胺的改进方法，用于位点特异性掺入寡核苷酸中。为了最大限度地减少操作，我们采用了一种利用相转移催化的临时无保护基团 2'-脱氧尿苷到 2'-脱氧胞苷的转化过程。所需的5-HOMe dC 亚磷酰胺通过 6 个步骤从 2'-脱氧尿苷中获得，总产率为 24%。
• An efficient PyAOP-based C4-amination method for direct access of oxidized 5MedC derivatives
  作者：Xiu-An Zheng、Hua-Shan Huang、Rui Kong、Wei-Jie Chen、Shan-Shan Gong、Qi Sun

  DOI：10.1016/j.tet.2018.10.046

  日期：2018.12

  onium coupling reagents result in the formation of distinctive activation intermediates and PyAOP is much more potent than BOP in both activation and aminolysis steps. Direct amination without the need of ribose protection, ultrafast activation, tolerance to aqueous N-nucleophiles, and excellent yields for diverse oxidized 5MedC derivatives are the advantages of this PyAOP-based C4-amination method.

  在过去的十年中，合成的氧化的5-Me dC核苷及其衍生物已成为表观遗传学研究的重要工具。常规和新近报道的BOP方法对这些特定的氧化的5-Me dU底物的C 4胺化的低效率，促使我们系统地研究基于鎓盐的偶联剂的性质如何影响嘧啶核苷的C 4胺化和使我们得出以下发现：不同的鎓偶联剂导致形成独特的活化中间体，并且在活化和氨解步骤中PyAOP比BOP的效力要强得多。直接胺化，无需核糖保护，超快活化，耐水性这种基于PyAOP的C 4胺化方法的优点是，N-亲核试剂以及各种氧​​化的5Me dC衍生物的优异收率。
• 5-Hydroxymethylcytosine and 5-formylcytosine containing deoxyoligonucleotides: Facile syntheses and melting temperature studies
  作者：Shuguang Xuan、Qiong Wu、Liang Cui、Dawei Zhang、Fangwei Shao

  DOI：10.1016/j.bmcl.2015.01.070

  日期：2015.3

  An oxidation-based synthetic approach was developed for facile preparation of 5-formyl-2′-deoxycytidine and 5-hydroxymethyl-2′-deoxycytidine phosphoramidites. Upon introducing organic solvent components and copper catalysts, C5-methyl groups of 5-methyl-2′-deoxycytidine and thymidine were readily oxidized to formyl and hydroxyl functionality, respectively. Standard solid phase DNA synthesis and conventional

  为了方便地制备5-甲酰基-2'-脱氧胞苷和5-羟甲基-2'-脱氧胞苷亚磷酰胺，开发了一种基于氧化的合成方法。引入有机溶剂组分和铜催化剂后，5-甲基-2'-脱氧胞苷和胸苷的C5-甲基分别容易被氧化成甲酰基和羟基官能团。标准的固相DNA合成和常规的脱保护方法适用于合成含5-甲酰基或5-羟甲基胞嘧啶的DNA寡核苷酸，用于研究表观遗传修饰对DNA热动力学稳定性的影响。
• Hydroxylation of methylated CpG dinucleotides reverses stabilisation of DNA duplexes by cytosine 5-methylation
  作者：Armin Thalhammer、Anders S. Hansen、Afaf H. El-Sagheer、Tom Brown、Christopher J. Schofield

  DOI：10.1039/c0cc05671e

  日期：——

  Cytosine-5-methylation stabilises DNA duplexes and is associated with transcriptional repression; 5-methylcytosine undergoes hydroxylation to 5-hydroxymethylcytosine, a modification of unknown biological function. Spectroscopic and calorimetric analyses show that 5-hydroxymethylcytosine introduction reverses the stabilising effect of 5-methylcytosine, suggesting that in some contexts, 5-methylcytosine hydroxylation may, along with other factors, contribute to the alleviation of transcriptional repression.

  胞嘧啶-5-甲基化可稳定 DNA 双链，并与转录抑制有关；5-甲基胞嘧啶会发生羟基化反应，生成 5-羟甲基胞嘧啶，这种修饰的生物功能尚不清楚。光谱和热量分析表明，5-羟甲基胞嘧啶的引入会逆转 5-甲基胞嘧啶的稳定作用，这表明在某些情况下，5-甲基胞嘧啶羟基化可能与其他因素一起有助于减轻转录抑制作用。
• Fast Access to 5-Hydroxymethyl Derivatives of 2′-Deoxyuridine Promoted by Acidic Amberlyst 15 Resin
  作者：D. Guianvarc’h、G. Doisneau、D. Liu、O. Monfret、Y. Bourdreux、D. Urban

  DOI：10.1055/a-1961-7251

  日期：2023.1

  5-hydroxymethylated derivatives of pyrimidine nucleosides are an important class of biologically relevant compounds. In addition, such derivatives and related compounds can be functionalized for various applications. To enable fast, economical and efficient access to 5-hydroxymethylated derivatives of 2’-deoxyuridine, we report a method of O-5 chemoselective transformation of unprotected 5-hydroxy

  嘧啶核苷的 5-羟甲基化衍生物是一类重要的生物学相关化合物。此外，这些衍生物和相关化合物可以被功能化以用于各种应用。为了能够快速、经济和有效地获得 2'-脱氧尿苷的 5-羟甲基化衍生物，我们报告了一种 O-5 化学选择性转化未受保护的 5-羟甲基-2'-脱氧尿苷 (5hmdU) 的方法，该方法依赖于在存在的情况下的选择性醚化酒精在室温下由酸性 Amberlyst 15 树脂促进。与先前描述的严酷条件相比，这些温和条件构成了显着改善。适用于各种伯醇或仲醇，反应底物范围广，合成了5hmdU的24 C-5修饰衍生物，分离收率高。