2′-deoxycytidine 5′-phosphoromorpholidate | 56119-39-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 2′-deoxycytidine 5′-phosphoromorpholidate
• 英文别名: O^5'-(hydroxy-morpholin-4-yl-phosphinoyl)-2'-deoxy-cytidine；dpC^An-(5'-N)-Morpholin
• CAS: 56119-39-2
• 化学式: C₁₃H₂₁N₄O₇P
• 分子量: 376.306
• InChiKey: QENANVIQJAWYCF-HOSYDEDBSA-N

物化性质

• 沸点：
  638.4±65.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.80±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.08
• 重原子数：
  25.0
• 可旋转键数：
  5.0
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.69
• 拓扑面积：
  149.37
• 氢给体数：
  3.0
• 氢受体数：
  9.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2′-deoxycytidine 5′-phosphoromorpholidate 以 水 、 二甲基亚砜 为溶剂， 反应 48.0h， 生成 [(R)-{[({[(2R,5R)-5-(4-amino-2-oxo-1,2-dihydropyrimidin-1-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl)oxy](hydroxy)phosphoryl}(chloro)methyl]phosphonic acid triethylammonium salt
  参考文献：
  名称：

  完善β，γ-CXY-dNTP立体化学探针工具包：合成dCTP非对映异构体以及具有绝对构型的31 P和19 F NMR相关性

  摘要：

  β，γ-氧被一个CXY基团模拟的核苷5'-三磷酸（dNTP）类似物（β，γ-CXY-dNTPs）提供了有关DNA聚合酶催化和保真度的信息。CXY立体化学的定义对于阐明精确的结合模式非常重要。我们之前曾报道过通过P，C-二吗啉酰胺CHCl（6a，6b）和CHF（7a，7b）双膦酸酯制备的（R）-和（S）-β，γ-CHX-dGTP非对映异构体（X = F，Cl）（BPs）配备（R）-扁桃酸作为手性助剂，并使用H 2 / Pd进行最终脱保护。该方法还提供了β，γ-CHCl-dTTP（11a，11b），β，γ-CHF（12a，12b）和β，γ-CHCl（13a，13b）dATP非对映异构体，但还原脱保护步骤与dCTP或β，γ-CHBr中的溴取代基不相容-dNTP类似物。为了完成该工具包的组装，我们描述了一种替代合成策略，其特征在于乙基苄胺或苯基甘氨酸衍生的手性BP合成子并入了对光不稳定的保护基团。

  DOI：

  10.1021/acs.joc.0c01204
• 作为产物：
  描述：

  吗啉 、 2'-脱氧胞苷-5'-单磷酸 在 N,N'-二环己基碳二亚胺 作用下， 以 水 、 叔丁醇 为溶剂， 生成 2′-deoxycytidine 5′-phosphoromorpholidate
  参考文献：
  名称：

  DNA 聚合酶 β 催化中的过渡态：碱基对构型改变的限速化学

  摘要：

  对具有焦磷酸盐模拟 β,γ-pCXYp 离去基团和可变 X 和 Y 取代的 dNTP 类似物的动力学研究揭示了 DNA 聚合酶 β 的化学过渡态能量的显着差异，这取决于碱基配对构型的所有方面，包括传入的 dNTP 是嘌呤或嘧啶，并且碱基配对是正确的（T•A 和 G•C）还是错误的（T•G 和 G•T）。催化速率常数 (log( k pol )) 与 p K a4 的Brønsted 图离去基团表现出线性自由能关系 (LFER)，负斜率范围为 -0.6 至 -2.0，与化学速率决定过渡态一致，其中活性位点在化学过程中根据基数调整电荷稳定需求配对配置。Brønsted 斜率和截距显着不同，并提供了第一个直接证据表明酶-引物-模板复合物对 dNTP 碱基的识别触发了活性位点催化区域的构象变化，从而显着改变了决定速率的化学步骤.

  DOI：

  10.1021/bi500101z