bis-TBDMS ether of 5,6-dihydrothymidine | 187979-92-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪烷类
• 英文名称: bis-TBDMS ether of 5,6-dihydrothymidine
• 英文别名: 3′,5′-bis-O-[(tert-butyl)dimethylsilyl]-5,6-dihydrothymidine；1-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]oxolan-2-yl]-5-methyl-1,3-diazinane-2,4-dione
• CAS: 187979-92-6
• 化学式: C₂₂H₄₄N₂O₅Si₂
• 分子量: 472.773
• InChiKey: VWZCCLWQHGNXNI-ASQKFFOYSA-N

物化性质

• 密度：
  1.04±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.7
• 重原子数：
  31
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.91
• 拓扑面积：
  77.1
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  bis-TBDMS ether of 5,6-dihydrothymidine 在 N,N-二甲基丙烯基脲 、 氟化铵 、 仲丁基锂 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 反应 35.0h， 生成 1-((2R,4S,5R)-4-Hydroxy-5-hydroxymethyl-tetrahydro-furan-2-yl)-5-methyl-5-phenylselanyl-dihydro-pyrimidine-2,4-dione
  参考文献：
  名称：

  从核苷过氧自由基中释放超氧化物，一把双刃剑？

  摘要：

  5,6-Dihydrothymidin-5-yl (1) 和 2'-deoxyuridin-1'-yl (3) 在有氧条件下在溶液中独立产生。超氧化物 (O2•-) 从衍生自 1 和 3 的相应过氧自由基中的释放通过分光光度法测定。竞争研究使人们能够估计从 3 衍生的过氧自由基 (4) 中消除 O2•- 的速率常数为 ~1 s-1。该过程与谷胱甘肽在 DNA 中捕获 4 的预期速率具有竞争力。相对速率研究表明，在有氧条件下形成 1 所产生的 O2•- 与 Bu3SnH 捕获过氧自由基有效地竞争。从 1 (2) 的过氧自由基中消除超氧化物将受损的核苷恢复到其未改变的形式，这意味着该反应性中间体具有可用的天然解毒途径。然而，自由扩散的超氧化物可以进一步反应生成其他能够破坏核酸的活性物质...

  DOI：

  10.1021/ja973200s
• 作为产物：
  描述：

  beta-胸苷 在 咪唑 、 Rh/Al₂O₃ 、 氢气 作用下， 以 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 20.0 ℃ 、3.0 MPa 条件下， 生成 bis-TBDMS ether of 5,6-dihydrothymidine
  参考文献：
  名称：

  非水介质中5,6-二氢嘧啶-5-基自由基光化学合成的实验和理论组合方法

  摘要：

  自由基中间体的化学命运与理解辐射的生物学效应和解释DNA损伤的形成有关。选择性地产生推定的反应性中间体的直接方法是基于对光不稳定的前体的照射。但是，迄今为止，仅在水性介质中研究了自由基的形成和反应性，而水性介质并未完全模仿DNA结构及其与蛋白质的复合物所提供的微环境。因此，评估非水介质中核苷基自由基的光生化也很重要。注意这里，通过新的亲脂性的合成聚焦在独立产生在有机溶剂中5,6-二氢嘧啶-5-基的基团叔丁基丁基酮的前体。首先通过使用一种新的源自一氧化氮​​的前荧光自由基阱来确认5，6-二氢-2'-脱氧尿素-5-基和5，6-二氢嘧啶-5-基的形成。纳秒激光闪光光解通过检测长寿命瞬变获得了进一步的证据。最后，通过多配置从头开始CASPT2 // CASSCF方法论证实了实验数据。

  DOI：

  10.1021/acs.joc.6b00314

文献信息

• Oxygen-Dependent DNA Damage Amplification Involving 5,6-Dihydrothymidin-5-yl in a Structurally Minimal System
  作者：Keri A. Tallman、Marc M. Greenberg

  DOI：10.1021/ja010180s

  日期：2001.6.1

  independently synthesized product (24). Internucleotidyl hydrogen atom abstraction is effected selectively by the 5S-diastereomer of the peroxyl radical. The formation of dinucleotide 17 provides further support for the novel O(2)-dependent DNA damage amplification mechanism involving 1 reported previously (Greenberg, M. M.; et al. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 1828).

  5,6-Dihydrothymidin-5-yl (1) 是在来自苯基硒化物前体 (4) 的二核苷酸中独立产生的。在自由基链传播条件下，氢原子捐赠和自由基对反应产生的产物是在没有 O(2) 的情况下观察到的主要产物。捕获过程的立体选择性取决于氢原子供体的结构。没有检测到核苷酸间氢原子被 1 提取的证据。在有氧条件下观察到由来自 1 (3) 的过氧自由基从相邻 2'-脱氧尿苷的 C1' 位置夺取氢原子的串联损伤 (17)。该产品的结构通过独立合成及其转化为第二个独立合成的产品 (24) 来确认。通过过氧自由基的 5S-非对映异构体选择性地夺取核苷酸间氢原子。二核苷酸 17 的形成为新的 O(2) 依赖性 DNA 损伤扩增机制提供了进一步的支持，该机制涉及先前报道的 1 (Greenberg, MM; et al. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 1828)。
• DNA Damage Induced via 5,6-Dihydrothymid-5-yl in Single-Stranded Oligonucleotides
  作者：Marc M. Greenberg、Mark R. Barvian、Gary P. Cook、Brian K. Goodman、Tracy J. Matray、Christopher Tronche、Hariharan Venkatesan

  DOI：10.1021/ja9533510

  日期：1997.2.1

  5,6-Dihydrothymid-5-yl (4) is generated via Norrish type I cleavage of isopropyl ketone 7. Ketone 7 was site specifically incorporated into chemically synthesized polythymidylates and an oligonucleotide containing all four native deoxyribonucleotides. No damage is induced in oligonucleotides containing 7 upon photolysis under anaerobic conditions. In the presence of O2, strand breaks and alkaline labile

  5,6-二氢胸苷-5-基 (4) 是通过 Norrish I 型异丙基酮 7 裂解产生的。酮 7 位点特异性地掺入化学合成的聚胸苷酸和包含所有四种天然脱氧核糖核苷酸的寡核苷酸中。含 7 的寡核苷酸在厌氧条件下光解时不会引起损伤。在 O2 存在下，在 7 的原始位点和与 7 的 5'-磷酸相邻的核苷酸处形成链断裂和碱不稳定损伤。 动力学同位素效应实验表明，在与 5 相邻的胸苷处直接断链'-磷酸盐 4 来自 C1' 氢原子提取。观察到的 KIE (~3.9) 归因于衍生自 4 的过氧自由基 35 从 C1' 夺取氢原子。酶促端基分析和游离碱释放的测量与涉及 C1' 氢原子提取的过程一致。在 t-BuOH (1.05 M) 和 NaN3 (10 mM) 存在下进行的裂解实验表明...
• Photochemical Control of DNA Structure through Radical Disproportionation
  作者：Joanna Maria N. San Pedro、Marc M. Greenberg

  DOI：10.1002/cbic.201300369

  日期：2013.9.2

  Photochemical masking of thymidine: A dihydropyrimidine that disrupts DNA structure was converted to thymidine upon photolysis through a radical pair mechanism. This rapid chemical transformation provides a useful tool for photochemically controlled DNA structure and function.

  胸苷的光化学掩蔽：破坏 DNA 结构的二氢嘧啶在光解时通过自由基对机制转化为胸苷。这种快速的化学转化为光化学控制的 DNA 结构和功能提供了有用的工具。
• Independent Generation of 5,6-Dihydrothymid-5-yl and Investigation of Its Ability To Effect Nucleic Acid Strand Scission via Hydrogen Atom Abstraction
  作者：Mark R. Barvian、Marc M. Greenberg

  DOI：10.1021/jo00112a003

  日期：1995.4
• Synthesis and Deprotection of Oligonucleotides under Aprotic Conditions
  作者：Tongqian Chen、Jiasheng Fu、Marc M. Greenberg

  DOI：10.1021/ol006604p

  日期：2000.11.1

  [GRAPHICS]Oligonucleotides containing an alkali labile nucleotide are synthesized and deprotected using a synthetic method that eliminates the use of Bronsted acid and base. The development of a new family of exocyclic amine protecting groups is an integral component of this approach.