In silico Optimization of a Fragment-Based Hit Yields Biologically Active, High-Efficiency Inhibitors for Glutamate Racemase
作者:Katie L. Whalen、Anthony C. Chau、M. Ashley Spies
DOI:10.1002/cmdc.201300271
日期:2013.8.8
A novel lead compound for inhibition of the antibacterial drug target, glutamate racemase (GR), was optimized for both ligand efficiency and lipophilic efficiency. A previously developed hybrid molecular dynamics–docking and scoring scheme, FERM‐SMD, was used to predict relative potencies of potential derivatives prior to chemical synthesis. This scheme was successful in distinguishing between high‐
一种用于抑制抗菌药物靶标谷氨酸消旋酶 (GR) 的新型先导化合物针对配体效率和亲脂效率进行了优化。先前开发的混合分子动力学对接和评分方案,FERM-SMD,用于在化学合成之前预测潜在衍生物的相对效力。该方案成功地以最少的实验结构信息区分了高亲和力和低亲和力的粘合剂,节省了过程中的时间和资源。对来自模式生物枯草芽孢杆菌的GR 的体外效力增加了大约四倍。与母体支架相比,铅衍生物的抗菌效力提高了 2 到 4 倍。此外,对枯草芽孢杆菌的特异性优于大肠杆菌和金黄色葡萄球菌取决于添加到父支架上的取代基。最后,使用细菌细胞壁裂解试验深入了解了这些化合物在体内达到目标酶的能力。这项研究的结果是GR的具有以下特征的一个新颖的小分子抑制剂:ķ我= 2.5μ中号,LE = 0.45千卡摩尔-1 原子-1,利普= 6.0,MIC 50 = 260微克毫升-1针对枯草芽孢杆菌,EC 50,对枯草芽孢杆菌的裂解=520