5,6-二氢脱氧尿苷 | 5626-99-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 中文名称: 5,6-二氢脱氧尿苷
• 中文别名: 5,6-二氢-2'-脱氧尿苷
• 英文名称: 2'-deoxy-5,6-dihydrouridine
• 英文别名: Tetrahydrodeoxyuridine；5,6-Dihydrodeoxyuridine；1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-1,3-diazinane-2,4-dione
• CAS: 5626-99-3
• 化学式: C₉H₁₄N₂O₅
• 分子量: 230.221
• InChiKey: XMJRLEURHMTTRX-SHYZEUOFSA-N

物化性质

• 熔点：
  >217°C
• 溶解度：
  甲醇（微溶）、水（微溶）

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.5
• 重原子数：
  16
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.78
• 拓扑面积：
  99.1
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  5

安全信息

• 海关编码：
  2934999090
• 储存条件：
  -20°C

制备方法与用途

二氢脱氧尿苷（H2dUrd）是一种嘌呤核苷类似物，具有广泛的抗肿瘤活性，尤其针对惰性淋巴系统恶性肿瘤。其抗癌机制主要通过抑制DNA合成和诱导细胞凋亡来实现。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5,6-二氢脱氧尿苷 在 sodium tetrahydroborate 作用下， 以 水 为溶剂， 反应 2.0h， 以41%的产率得到2-脱氧四氢尿苷
  参考文献：
  名称：

  Synthesis of Deoxytetrahydrouridine

  摘要：

  The alpha-hydroxyamido functionality of 2'-deoxytetrahydrouridine (dTHU) makes this seemingly simple and generally useful compound difficult to obtain. Reported synthetic strategies produce extremely poor yields and multiple products, and full characterization data is not available. Described herein is a two-step approach for synthesizing dTHU in increased yields and purity; stability concerns are also addressed. Catalytic reduction (5% Rh/alumina) of 2'-deoxyuridine. followed by reduction with sodium borohydride as a limiting reagent, produces dTHU and limits formation of side products. Evidence was obtained for formation of a methoxy-substituted analogue during purification. By this strategy, dTHU of >95% purity can be obtained in 40% yield on a 150 mg scale.

  DOI：

  10.1021/jo802599v
• 作为产物：
  描述：

  2-脱氧尿苷 在 Rh/Al₂O₃ 、 氢气 作用下， 以 水 为溶剂， 20.0 ℃ 、3.0 MPa 条件下， 以96%的产率得到5,6-二氢脱氧尿苷
  参考文献：
  名称：

  非水介质中5,6-二氢嘧啶-5-基自由基光化学合成的实验和理论组合方法

  摘要：

  自由基中间体的化学命运与理解辐射的生物学效应和解释DNA损伤的形成有关。选择性地产生推定的反应性中间体的直接方法是基于对光不稳定的前体的照射。但是，迄今为止，仅在水性介质中研究了自由基的形成和反应性，而水性介质并未完全模仿DNA结构及其与蛋白质的复合物所提供的微环境。因此，评估非水介质中核苷基自由基的光生化也很重要。注意这里，通过新的亲脂性的合成聚焦在独立产生在有机溶剂中5,6-二氢嘧啶-5-基的基团叔丁基丁基酮的前体。首先通过使用一种新的源自一氧化氮​​的前荧光自由基阱来确认5，6-二氢-2'-脱氧尿素-5-基和5，6-二氢嘧啶-5-基的形成。纳秒激光闪光光解通过检测长寿命瞬变获得了进一步的证据。最后，通过多配置从头开始CASPT2 // CASSCF方法论证实了实验数据。

  DOI：

  10.1021/acs.joc.6b00314

文献信息

• Reactivity of Damaged Pyrimidines: Formation of a Schiff Base Intermediate at the Glycosidic Bond of Saturated Dihydrouridine
  作者：Yajun Jian、Gengjie Lin、Lidia Chomicz、Lei Li

  DOI：10.1021/ja512435j

  日期：2015.3.11

  favor the rupture of the C1'-O4' bond, resulting in a Schiff base intermediate at the N-glycosidic bond. Such a Schiff base intermediate was trapped and characterized by either Pd-catalyzed hydrogenation or thiol-mediated addition reaction. In contrast, in undamaged 2'-deoxyuridine and thymidine, reactions at elevated temperatures lead to the release of nucleobases most likely via the traditional oxocarbenium

  DNA 糖基化酶催化碱基切除修复 (BER) 途径的第一步。这些酶用于去糖基化的化学反应在很大程度上被认为是氧代碳鎓离子的化学反应，例如直接断裂 C1'-N1 键产生氧代碳鎓离子中间体。在这里，我们提出的机制研究揭示了两个嘧啶损伤中的 2'-脱氧核糖异构化和随后的去糖基化过程：5,6-二氢-2'-脱氧尿苷 (dHdU) 和 5,6-二氢胸苷 (dHT)，通过电离辐射损伤形成2'-脱氧胞苷和胸苷，分别在缺氧条件下。这两个病变的酸或热处理导致产生两对分别含有吡喃糖和呋喃糖的C1'差向异构体，表明这两个病变都有利于C1'-O4'的断裂 键，在 N-糖苷键处产生席夫碱中间体。这种席夫碱中间体被捕获并通过 Pd 催化的氢化或硫醇介导的加成反应进行表征。相比之下，在未受损的 2'-脱氧尿苷和胸苷中，高温下的反应很可能通过传统的氧碳鎓离子途径导致核碱基的释放。DFT 计算进一步支持了实验结果，表明如果保
• DNA Damage Induced via 5,6-Dihydrothymid-5-yl in Single-Stranded Oligonucleotides
  作者：Marc M. Greenberg、Mark R. Barvian、Gary P. Cook、Brian K. Goodman、Tracy J. Matray、Christopher Tronche、Hariharan Venkatesan

  DOI：10.1021/ja9533510

  日期：1997.2.1

  5,6-Dihydrothymid-5-yl (4) is generated via Norrish type I cleavage of isopropyl ketone 7. Ketone 7 was site specifically incorporated into chemically synthesized polythymidylates and an oligonucleotide containing all four native deoxyribonucleotides. No damage is induced in oligonucleotides containing 7 upon photolysis under anaerobic conditions. In the presence of O2, strand breaks and alkaline labile

  5,6-二氢胸苷-5-基 (4) 是通过 Norrish I 型异丙基酮 7 裂解产生的。酮 7 位点特异性地掺入化学合成的聚胸苷酸和包含所有四种天然脱氧核糖核苷酸的寡核苷酸中。含 7 的寡核苷酸在厌氧条件下光解时不会引起损伤。在 O2 存在下，在 7 的原始位点和与 7 的 5'-磷酸相邻的核苷酸处形成链断裂和碱不稳定损伤。 动力学同位素效应实验表明，在与 5 相邻的胸苷处直接断链'-磷酸盐 4 来自 C1' 氢原子提取。观察到的 KIE (~3.9) 归因于衍生自 4 的过氧自由基 35 从 C1' 夺取氢原子。酶促端基分析和游离碱释放的测量与涉及 C1' 氢原子提取的过程一致。在 t-BuOH (1.05 M) 和 NaN3 (10 mM) 存在下进行的裂解实验表明...
• β-Selective synthesis of 2′-deoxy-5,6-dihydro-4-thiouridine, a precursor of the unstable nucleoside product of ionising radiation damage 2′-deoxy-5,6-dihydrocytidine
  作者：Frédéric Peyrane、Pascale Clivio

  DOI：10.1039/b502302e

  日期：——

  4-Thio oxathiaphosphepane nucleosides - undergo a rearrangement in pyridine that leads selectively to the beta anomer of the 2'-deoxy-5,6-dihydro-4-thiouridine derivative . This diastereoselective reaction proceeds through a multistep mechanism initiated by the addition of pyridine at the C1'position of - and concomitant opening of the oxathiaphosphepane. This was confirmed by the trapping of the corresponding

  4-硫氧杂磷杂环戊烷核苷-在吡啶中发生重排，选择性地导致2'-deoxy-5,6-dihydro-4-thiouridine衍生物的β端基异构体。这种非对映选择性反应是通过多步机理进行的，该机理由在-的C1′位上加入吡啶并伴随着草并磷杂环戊烷的打开而引发。通过在密切相关的DMAP系列中捕获相应的中间体，可以证实这一点。相比之下，吡啶中的LR硫杂反应可导致一类新的含有氧杂磷杂环戊烷部分的修饰核苷。还报道了用NH 3 -MeOH定量转化为相应的5，6-二氢胞嘧啶衍生物。
• Direct Strand Scission from a Nucleobase Radical in RNA
  作者：Aaron C. Jacobs、Marino J. E. Resendiz、Marc M. Greenberg

  DOI：10.1021/ja100281x

  日期：2010.3.24

  formal C5 hydrogen atom addition product of uridine in RNA, we provide the first chemical characterization of the pathway for direct strand scission from an RNA nucleobase radical. The process is more efficient under anaerobic conditions. The preference for strand scission in double-stranded RNA over single-stranded RNA suggests that this chemistry may be useful for analyzing the secondary structure of

  RNA 氧化在疾病的病因学中很重要，也是研究这种生物聚合物的结构和折叠动力学的工具。核碱基自由基是暴露于可扩散物质（如羟基自由基）的 RNA 中产生的反应性中间体的主要家族。核碱基自由基被认为通过从它们自己的和相邻的核糖环中提取氢原子来产生直接的链断裂。通过在 RNA 中独立生成尿苷的形式 C5 氢原子加成产物，我们提供了从 RNA 核碱基自由基直接断链途径的第一个化学表征。该过程在厌氧条件下更有效。
• [EN] MODIFIED NUCLEOSIDES<br/>[FR] NUCLÉOSIDES MODIFIÉS
  申请人：UNIV KONSTANZ

  公开号：WO2017097973A1

  公开（公告）日：2017-06-15

  The present invention relates to modified nucleosides which are linked to cargo molecules and which can be incorporated by DNA or RNA polymerases in strand synthesis. The present invention also relates to use of such modified nucleosides as substrates for DNA or RNA polymerases. The present invention also relates to the use of such modified nucleosides in diagnosis and prognosis of diseases or disorders associated with a target sequence. The present invention also relates to methods for producing such modified nucleosides, kits comprising such nucleosides, and in vitro methods for diagnosing or predicting diseases or disorders associated with a target sequence. The present invention also relates to modified nucleosides for use in diagnosing, predicting or treating diseases or disorders associated with a target sequence.

  本发明涉及与载荷分子连接的修饰核苷，可以由DNA或RNA聚合酶在链合成中合并。本发明还涉及将这种修饰核苷用作DNA或RNA聚合酶的底物的用途。本发明还涉及将这种修饰核苷用于诊断和预测与靶序列相关的疾病或紊乱的用途。本发明还涉及生产这种修饰核苷的方法，包括这种核苷的试剂盒，以及用于诊断或预测与靶序列相关的疾病或紊乱的体外方法。本发明还涉及用于诊断、预测或治疗与靶序列相关的疾病或紊乱的修饰核苷。