N⁴-benzoyl-2'-O-methyl-5-methylcytidine | 158966-50-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: N⁴-benzoyl-2'-O-methyl-5-methylcytidine
• 英文别名: N-Benzoyl-5-methyl-2'-O-methylcytidine；N-[1-[(2R,3R,4R,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)-3-methoxyoxolan-2-yl]-5-methyl-2-oxopyrimidin-4-yl]benzamide
• CAS: 158966-50-8
• 化学式: C₁₈H₂₁N₃O₆
• 分子量: 375.381
• InChiKey: ZETRQTRYIDJFPT-VMUDFCTBSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.2
• 重原子数：
  27
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.39
• 拓扑面积：
  121
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  6

安全信息

• 储存条件：
  室温

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N⁴-benzoyl-2'-O-methyl-5-methylcytidine 在 咪唑 、 偶氮二甲酸二异丙酯 、 三苯基膦 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 19.17h， 生成
  参考文献：
  名称：

  [EN] S-ANTIGEN TRANSPORT INHIBITING OLIGONUCLEOTIDE POLYMERS AND METHODS
  [FR] POLYMÈRES OLIGONUCLÉOTIDIQUES INHIBANT LE TRANSPORT DE L'ANTIGÈNE S ET MÉTHODES

  摘要：

  各种实施方式提供了STOPS™聚合物，这些聚合物是S-抗原转运抑制寡核苷酸聚合物，提供了制备它们的方法以及使用它们治疗疾病和症状的方法。在某些实施方式中，STOPS™修饰的寡核苷酸包括至少部分磷硫酸酯化的交替A和C单元序列，具有如本文所述的修饰。通过HBsAg分泌测定确定的STOPS™修饰的寡核苷酸对乙型肝炎的序列无关抗病毒活性，其EC50小于100 nM。

  公开号：

  WO2021119325A1
• 作为产物：
  描述：

  O,O-二(三甲基甲硅烷基)胸苷 在 吡啶 、 甲醇 、 三氟甲磺酸三甲基硅酯 、 sodium hydride 、 三氯氧磷 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 25.5h， 生成 N⁴-benzoyl-2'-O-methyl-5-methylcytidine
  参考文献：
  名称：

  2'- O-甲基嘧啶核糖核苷的一般制备合成†

  摘要：

  会聚和一般方法合成2'- ö -Methylpyrimidine核糖核苷4A-E，6,7上的多克规模，描述了具有改进的过程开始用于制备更大量的2- ö甲基- 1,3,5-三-O-苯甲酰基-α-D-核糖。在室温下在Vorbrüggen条件下使糖与所需的甲硅烷基化的嘧啶反应。粗产物包含少于10％的α端基异构体，并且期望的β端基异构体通过结晶分离。然后通过标准方法将保护的核苷脱保护并分离。

  DOI：

  10.1002/jhet.5570310412

文献信息

• Oligonucleotides comprising a modified or non-natural nucleobase
  申请人：Manoharan Muthiah

  公开号：US20060035254A1

  公开（公告）日：2006-02-16

  One aspect of the present invention relates to a double-stranded oligonucleotide comprising at least one non-natural nucleobase. In certain embodiments, the non-natural nucleobase is difluorotolyl, nitroindolyl, nitropyrrolyl, or nitroimidazolyl. In a preferred embodiment, the non-natural nucleobase is difluorotolyl. In certain embodiments, only one of the two oligonucleotide strands comprising the double-stranded oligonucleotide contains a non-natural nucleobase. In certain embodiments, both of the oligonucleotide strands comprising the double-stranded oligonucleotide independently contain a non-natural nucleobase. In certain embodiments, the oligonucleotide strands comprise at least one modified sugar moiety. Another aspect of the present invention relates to a single-stranded oligonucleotide comprising at least one non-natural nucleobase. In a preferred embodiment, the non-natural nucleobase is difluorotolyl. In certain embodiments, the ribose sugar moiety that occurs naturally in nucleosides is replaced with a hexose sugar, polycyclic heteroalkyl ring, or cyclohexenyl group. In certain embodiments, at least one phosphate linkage in the oligonucleotide has been replaced with a phosphorothioate linkage.

  本发明的一个方面涉及含有至少一个非自然碱基的双链寡核苷酸。在某些实施例中，非自然碱基可以是二氟基甲苯基、硝基吲哚基、硝基吡咯基或硝基咪唑基。在一个首选实施例中，非自然碱基是二氟基甲苯基。在某些实施例中，双链寡核苷酸中的两个寡核苷酸链中只有一个含有非自然碱基。在某些实施例中，双链寡核苷酸中的两个寡核苷酸链都独立地含有非自然碱基。在某些实施例中，寡核苷酸链包含至少一个修饰的糖基。本发明的另一个方面涉及含有至少一个非自然碱基的单链寡核苷酸。在一个首选实施例中，非自然碱基是二氟基甲苯基。在某些实施例中，取代了核苷中天然存在的核糖糖基的是己糖糖基、多环杂烷基环或环己烯基团。在某些实施例中，寡核苷酸中的至少一个磷酸酯键被磷酸硫酯键取代。
• OLIGONUCLEOTIDES COMPRISING A MODIFIED OR NON-NATURAL NUCLEOBASE
  申请人：MANOHARAN Muthiah

  公开号：US20090281298A1

  公开（公告）日：2009-11-12

  One aspect of the present invention relates to a double-stranded oligonucleotide comprising at least one non-natural nucleobase. In certain embodiments, the non-natural nucleobase is difluorotolyl, nitroindolyl, nitropyrrolyl, or nitroimidazolyl. In a preferred embodiment, the non-natural nucleobase is difluorotolyl. In certain embodiments, only one of the two oligonucleotide strands comprising the double-stranded oligonucleotide contains a non-natural nucleobase. In certain embodiments, both of the oligonucleotide strands comprising the double-stranded oligonucleotide independently contain a non-natural nucleobase. In certain embodiments, the oligonucleotide strands comprise at least one modified sugar moiety. Another aspect of the present invention relates to a single-stranded oligonucleotide comprising at least one non-natural nucleobase. In a preferred embodiment, the non-natural nucleobase is difluorotolyl. In certain embodiments, the ribose sugar moiety that occurs naturally in nucleosides is replaced with a hexose sugar, polycyclic heteroalkyl ring, or cyclohexenyl group. In certain embodiments, at least one phosphate linkage in the oligonucleotide has been replaced with a phosphorothioate linkage.

  本发明的一个方面涉及至少包含一种非天然核碱基的双链寡核苷酸。在某些实施例中，非天然核碱基是二氟基甲苯基、硝基吲哚基、硝基吡咯基或硝基咪唑基。在一个首选实施例中，非天然核碱基是二氟基甲苯基。在某些实施例中，仅有双链寡核苷酸中的两个寡核苷酸链中的一个包含非天然核碱基。在某些实施例中，包含双链寡核苷酸的两个寡核苷酸链独立地包含非天然核碱基。在某些实施例中，寡核苷酸链包括至少一个修饰的糖基团。本发明的另一个方面涉及至少包含一种非天然核碱基的单链寡核苷酸。在一个首选实施例中，非天然核碱基是二氟基甲苯基。在某些实施例中，核苷中天然存在的核苷糖被替换为六碳糖、多环杂基烷基环或环己烯基团。在某些实施例中，寡核苷酸中的至少一个磷酸酯连接被替换为磷酸硫酯连接。
• Methods for preparing oligonucleotides having chiral phosphorothioate linkages
  申请人：ISIS Pharmaceuticals, Inc.

  公开号：US20030069410A1

  公开（公告）日：2003-04-10

  Methods are provided for preparing internucleotide phosphorothioate linkages that are enhanced in the Sp or Rp enantiomer comprising coupling a synthon with a 2′-substituted nucleoside in the presence of coupling agent that is selected to enhance either the Rp or Sp

  提供了制备在 Sp 或 Rp 对映体中增强的核苷酸硫代磷酸酯间连接的方法，该方法包括在偶联剂存在下将合子与 2′-取代的核苷酸偶联，偶联剂被选择用于增强 Rp 或 Sp
• Synthesis of sulfurized oligonucleotides
  申请人：——

  公开号：US20030212267A1

  公开（公告）日：2003-11-13

  Methods for the formation of sulfurized oligonucleotides are provided. The methods allow for the formation of phosphorothioate linkages in the oligonucleotides or derivatives, without the need for complex solvent mixtures and repeated washing or solvent changes. Oligonucleotides having from about 8, and up to about 50, nucleotides can be sulfurized according to the methods of the invention with higher yields than have been previously reported.

  提供了硫化寡核苷酸的形成方法。 这些方法可以在寡核苷酸或衍生物中形成硫代磷酸酯连接，而无需复杂的混合溶剂，也无需反复清洗或更换溶剂。 根据本发明的方法，具有约 8 个核苷酸至约 50 个核苷酸的寡核苷酸可以硫酸化，其产率比以前报道的要高。
• Efficient synthesis of 2′-O-alkyl ribonucleosides using trichloroacetimidate d-ribofuranosides as ribosyl donors
  作者：Luc Chanteloup、Nguyen t. Thuong

  DOI：10.1016/s0040-4039(00)75987-9

  日期：1994.1

  Trichloroacetimidate-2-O-alkyl-3, 5-O-TIPS-beta-D-ribofuranoside glycosylates silylated nucleobases in a fast high-yielding and stereoselective reaction promoted by trimethylsilyl trifluoromethanesulfonate. This method has been applied to the synthesis of 2'-O-alkyl ribonucleosides further transformed to building blocks ready for oligo(2'-O-alkyl)ribonucleotide construction.