O^5'-(hydroxy-morpholin-4-yl-phosphinoyl)-thymidine | 23583-44-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: O^5'-(hydroxy-morpholin-4-yl-phosphinoyl)-thymidine
• 英文别名: Thymidin-5'-phosphormorpholidat；[(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-morpholin-4-ylphosphinic acid
• CAS: 23583-44-0
• 化学式: C₁₄H₂₂N₃O₈P
• 分子量: 391.318
• InChiKey: YOOZOHHAYMFKBV-QJPTWQEYSA-N

物化性质

• 密度：
  1.55±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -2.5
• 重原子数：
  26
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.71
• 拓扑面积：
  138
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  O^5'-(hydroxy-morpholin-4-yl-phosphinoyl)-thymidine 在 吡啶 、 四氮唑 、 DL-dithiothreitol 、 DesVI N,N-dimethyltransferase 作用下， 以 phosphate buffer 为溶剂， 反应 3.0h， 生成 TDP α-D-desosamine
  参考文献：
  名称：

  DesVI: A New Member of the SugarN,N-Dimethyltransferase Family Involved in the Biosynthesis of Desosamine

  摘要：

  DOI：

  10.1002/1521-3773(20000616)39:12<2160::aid-anie2160>3.0.co;2-e
• 作为产物：
  描述：

  在 三乙胺 作用下， 以 氯仿 、 水 、 乙腈 为溶剂， 反应 0.03h， 生成 O^5'-(hydroxy-morpholin-4-yl-phosphinoyl)-thymidine
  参考文献：
  名称：

  Bogachev, V. S, Russian Journal of Bioorganic Chemistry, 1995, vol. 21, # 3, p. 182 - 186

  摘要：

  DOI：

文献信息

• Completing the β,γ-CXY-dNTP Stereochemical Probe Toolkit: Synthetic Access to the dCTP Diastereomers and ³¹P and ¹⁹F NMR Correlations with Absolute Configurations
  作者：Pouya Haratipour、Corinne Minard、Maryam Nakhjiri、Amirsoheil Negahbani、Brian T. Chamberlain、Jorge Osuna、Thomas G. Upton、Michelle Zhao、Boris A. Kashemirov、Charles E. McKenna

  DOI：10.1021/acs.joc.0c01204

  日期：2020.11.20

  documented here, but the reductive deprotection step is not compatible with dCTP or the bromo substituent in β,γ-CHBr-dNTP analogues. To complete assembly of the toolkit, we describe an alternative synthetic strategy featuring ethylbenzylamine or phenylglycine-derived chiral BP synthons incorporating a photolabile protecting group. After acid-catalyzed removal of the (R)-(+)-α-ethylbenzylamine auxiliary

  β，γ-氧被一个CXY基团模拟的核苷5'-三磷酸（dNTP）类似物（β，γ-CXY-dNTPs）提供了有关DNA聚合酶催化和保真度的信息。CXY立体化学的定义对于阐明精确的结合模式非常重要。我们之前曾报道过通过P，C-二吗啉酰胺CHCl（6a，6b）和CHF（7a，7b）双膦酸酯制备的（R）-和（S）-β，γ-CHX-dGTP非对映异构体（X = F，Cl）（BPs）配备（R）-扁桃酸作为手性助剂，并使用H 2 / Pd进行最终脱保护。该方法还提供了β，γ-CHCl-dTTP（11a，11b），β，γ-CHF（12a，12b）和β，γ-CHCl（13a，13b）dATP非对映异构体，但还原脱保护步骤与dCTP或β，γ-CHBr中的溴取代基不相容-dNTP类似物。为了完成该工具包的组装，我们描述了一种替代合成策略，其特征在于乙基苄胺或苯基甘氨酸衍生的手性BP合成子并入了对光不稳定的保护基团。
• Transition State in DNA Polymerase β Catalysis: Rate-Limiting Chemistry Altered by Base-Pair Configuration
  作者：Keriann Oertell、Brian T. Chamberlain、Yue Wu、Elena Ferri、Boris A. Kashemirov、William A. Beard、Samuel H. Wilson、Charles E. McKenna、Myron F. Goodman

  DOI：10.1021/bi500101z

  日期：2014.3.25

  G•T). Brønsted plots of the catalytic rate constant (log(kpol)) versus pKa4 for the leaving group exhibit linear free energy relationships (LFERs) with negative slopes ranging from −0.6 to −2.0, consistent with chemical rate-determining transition-states in which the active-site adjusts to charge-stabilization demand during chemistry depending on base-pair configuration. The Brønsted slopes as well as

  对具有焦磷酸盐模拟 β,γ-pCXYp 离去基团和可变 X 和 Y 取代的 dNTP 类似物的动力学研究揭示了 DNA 聚合酶 β 的化学过渡态能量的显着差异，这取决于碱基配对构型的所有方面，包括传入的 dNTP 是嘌呤或嘧啶，并且碱基配对是正确的（T•A 和 G•C）还是错误的（T•G 和 G•T）。催化速率常数 (log( k pol )) 与 p K a4 的Brønsted 图离去基团表现出线性自由能关系 (LFER)，负斜率范围为 -0.6 至 -2.0，与化学速率决定过渡态一致，其中活性位点在化学过程中根据基数调整电荷稳定需求配对配置。Brønsted 斜率和截距显着不同，并提供了第一个直接证据表明酶-引物-模板复合物对 dNTP 碱基的识别触发了活性位点催化区域的构象变化，从而显着改变了决定速率的化学步骤.
• ——
  作者：V. S. Bogachev、P. A. Ulanov

  DOI：10.1023/a:1022282503476

  日期：——

  5'-phosphate with trichloroacetic anhydride, trichloroacetyl chloride, and tribromoacetyl bromide was studied in dimethylformamide and acetonitrile in the presence of tertiary amines. The first two reactions gave the mixed anhydride of trichloroacetic and thymidylic acids (acyl phosphate) as the major product and P1, P2-dithymidine 5'-pyrophosphate as the byproduct. The third reaction proceeded by a more complicated

  在叔胺存在下，在二甲基甲酰胺和乙腈中研究了胸苷5'-磷酸与三氯乙酸酐，三氯乙酰氯和三溴乙酰溴的相互作用。前两个反应得到了三氯乙酸和胸苷酸（酰基磷酸酯）的混合酸酐作为主要产物，P1，P2-二胸苷5'-焦磷酸酯为副产物。第三反应是通过更复杂的机理进行的，并且主要导致取代的多磷酸盐。随后用吗啉处理反应混合物，以高收率得到了胸苷5'-磷酸吗啉代酸酯。三氯乙酰基和三溴乙酰基磷酸酯的磷酸化活性分别为77％和89％。
• <i>In Vitro</i> Characterization of the Enzymes Involved in TDP-<scp>d</scp>-Forosamine Biosynthesis in the Spinosyn Pathway of <i>Saccharopolyspora </i><i>spinosa</i>
  作者：Lin Hong、Zongbao Zhao、Charles E. Melançon、Hua Zhang、Hung-wen Liu

  DOI：10.1021/ja0771383

  日期：2008.4.1

  6-tetradeoxy-beta-D-threo-hexopyranose) is a highly deoxygenated sugar component of several important natural products, including the potent yet environmentally benign insecticide spinosyns. To study D-forosamine biosynthesis, the five genes (spnO, N, Q, R, and S) from the spinosyn gene cluster thought to be involved in the conversion of TDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose to TDP-D-forosamine were cloned and heterologously

  Forosamine (4-二甲氨基)-2,3,4,6-tetradeoxy-beta-D-threo-hexopyranose) 是几种重要天然产物的高度脱氧糖成分，包括强效但对环境无害的杀虫剂多杀菌素。为了研究 D-forosamine 生物合成，来自多杀菌素基因簇的五个基因（spnO、N、Q、R 和 S）被认为参与了 TDP-4-keto-6-deoxy-D-葡萄糖向 TDP 的转化-D-forosamine 被克隆并异源表达，相应的蛋白质被纯化并在体外检查它们的活性。先前的工作表明，SpnQ 作为一种依赖于 5'-单磷酸酯 (PMP) 的 3-脱水酶，在细胞还原酶对铁氧还蛋白/铁氧还蛋白还原酶或黄素氧还蛋白/黄素氧还蛋白还原酶存在的情况下，催化 TDP-4 的 C-3 脱氧-keto-2,6-dideoxy-D-葡萄糖。还确定 SpnR 作为转氨酶发挥作用，将 SpnQ 产物 TDP-4-keto-2
• Investigations towards the synthesis of dTDP-2,6-dideoxy-D-erythro-3-hexulose — a potential intermediate in the biosynthesis of rare sugars
  作者：Thomas Müller、Richard R Schmidt

  DOI：10.1016/s0040-4039(97)01224-0

  日期：1997.8

  The synthesis of the target molecule 1 is based on thexyldimethylsilyl 4-O-acetyl-2,3,6-trideoxy-3-C-methylene-β-D-erythro-hexopyranoside (7) which is readily obtained via two different routes from tri-O-acetyl-D-glucal (2). Replacement of the anomeric silyl group by the diethylphosphite group, then performing a phosphite/phosphate exchange reaction, and finally removal of all protective groups afforded

  目标分子1的合成基于4-O-乙酰基-2,3,6-三苯氧基-3-C-亚甲基-β -D-赤型-己基吡喃糖苷（7）的二甲基二甲基甲硅烷基（7），其可通过两种不同的途径容易地从三-O-乙酰基-D-葡萄糖（2）。用二乙基亚磷酸酯基取代异头甲硅烷基，然后进行亚磷酸酯/磷酸酯交换反应，最后除去提供的所有保护基和2,3,6-三-脱氧-3-C-亚甲基-D-赤型-六吡喃糖基磷酸酯（8）; 其臭氧分解作用提供了相应的3-ulose 10。治疗8用导致了3-C亚甲基类似物吡啶dTMP的-morpholidate 9靶分子的α; 臭氧分解9 α提供1这-预期-经验丰富的后处理条件下相对较快β-消除。