5'-azido-5'-deoxyuridine | 39483-48-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 5'-脱氧核糖核苷
• 英文名称: 5'-azido-5'-deoxyuridine
• 英文别名: 5’-azido-5’-deoxyuridine；5'-deoxy-5'-azidouridine；5′-azidouridine；1-[(2R,3R,4S,5R)-5-(azidomethyl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 39483-48-2
• 化学式: C₉H₁₁N₅O₅
• 分子量: 269.217
• InChiKey: ZXEWVLLJHQSJOW-XVFCMESISA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.9
• 重原子数：
  19
• 可旋转键数：
  3
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.56
• 拓扑面积：
  114
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  7

制备方法与用途

5'-叠氮基-5'-脱氧尿苷是一种嘌呤核苷类似物，它具有广泛抗肿瘤活性，尤其针对惰性淋巴系统恶性肿瘤。其抗癌机制主要通过抑制DNA合成和诱导细胞凋亡来实现。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-azido-5'-deoxyuridine 在 Rh on carbon 氢气 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 3.0h， 生成 (2E,4E)-N-[[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-二羰基六氢嘧啶-1-基)-3,4-二羟基-四氢呋喃-2-基]甲基]-5-[(1S)-2-[(1R)-2-[(1R)-2-[(1R,2S)-2-[(E)-2-[(1R,2R)-2-甲基环丙基]乙烯基]环丙基]环丙基]环丙基]环丙基]戊-2,4-二烯酰胺
  参考文献：
  名称：

  Synthesis of the Polycyclopropane Antibiotic FR-900848 via the Horeau Gambit

  摘要：

  DOI：

  10.1021/ja961093g
• 作为产物：
  描述：

  尿嘧啶核苷 在 sodium azide 、 四溴化碳 、 三苯基膦 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 以95%的产率得到5'-azido-5'-deoxyuridine
  参考文献：
  名称：

  糖基转移酶抑制剂的设计：吡啶作为焦磷酸盐的替代物

  摘要：

  通过使用吡啶作为焦磷酸盐替代物，已经设计并合成了一系列十种糖基转移酶抑制剂。该系列是通过结合糖基化，Staudinger-Vilarrasa酰胺键形成和叠氮化物-炔烃点击化学反应，结合碳水化合物，吡啶和核苷结构单元而制备的。该化合物被评估为五种金属依赖性半乳糖基转移酶的抑制剂。三种酶在一种酶的活性位点复合的抑制剂的晶体学分析证实，吡啶部分螯合了Mn 2+离子，导致其原始位置略微移位（2Å）。与天然尿苷二磷酸（UDP）-Gal底物相比，碳水化合物的头基占据的位置不同，与酶的相互作用很小。

  DOI：

  10.1002/chem.201301871

文献信息

• Antisense molecules and method of controlling expression of gene function by using the same
  申请人：——

  公开号：US20030162739A1

  公开（公告）日：2003-08-28

  An antisense molecule which acts on both directions of the inhibition and expression of a gene function and is capable of on-off switching of a gene function appropriately depending on the external factors (orientation controlling factors); and a method for reversibly controlling the expression of a gene function by using the antisense molecule. Such an antisense molecule, which has at least one sugar-base moiety consisting of sugar and a purine or pyrimidine base bonded thereto via a glucoside bond, can bind to a mRNA/gene and/or dissociate therefrom under the orientation control of the base moiety in the molecule by the orientation controlling factors.

  一种反义分子，可以作用于基因功能的抑制和表达的两个方向，并且能够根据外部因素（定向控制因子）适当地开关基因功能；以及一种通过使用该反义分子可逆地控制基因功能表达的方法。这样的反义分子至少包含一个由糖和通过葡苷键连接到糖上的嘌呤或嘧啶碱基部分，可以通过分子中碱基部分的定向控制因子的定向控制，结合到mRNA/基因上，和/或从中解离。
• Nucleoside derivatives
  申请人：——

  公开号：US20030208050A1

  公开（公告）日：2003-11-06

  Novel nucleoside derivatives represented by the following general formula (1): 1 wherein X is(are) the same or different and each represents a pyrimidine or purine base or a derivative thereof, Y-and Y′ are the same or different and each represents at least one amino acid or amino acid derivative selected from the group consisting of serine, threonine, ornithine, aspartic acid, glutamic acid, lysine, arginine, cysteine, methionine, &dgr;-hydroxylysine, N-aminoethylglycine, N-aminoethylserine, N-aminoethyllysine, N-aminoethylornithine, N-aminoethylaspartic acid, N-aminoethylglutamic acid, homoglutamic acid, &bgr;-thiocarbonylaspartic acid, &ggr;-thiocarbonylglutamic acid, and &dgr;-thiocarbonylhomoglutamic acid, R 1 represents a hydrogen atom or a hydroxyl group, A represents a single bond or a carbonyl or thiocarbonyl group, 1 is an integer of 0 to 5, and n is an integer of 1 to 100.

  以下是通用公式（1）所代表的新型核苷衍生物： 其中X是相同或不同的，每个代表嘧啶或嘌呤碱基或其衍生物，Y和Y'是相同或不同的，每个代表丝氨酸、苏氨酸、鸟氨酸、天冬氨酸、谷氨酸、赖氨酸、精氨酸、半胱氨酸、蛋氨酸、δ-羟基赖氨酸、N-氨基乙基甘氨酸、N-氨基乙基丝氨酸、N-氨基乙基赖氨酸、N-氨基乙基鸟氨酸、N-氨基乙基天冬氨酸、N-氨基乙基谷氨酸、同谷氨酸、β-硫代羰基天冬氨酸、γ-硫代羰基谷氨酸和δ-硫代羰基同谷氨酸，R1代表氢原子或羟基，A代表单键或羰基或硫代羰基，1是0到5的整数，n是1到100的整数。
• Design, synthesis and evaluation of carbamate-linked uridyl-based inhibitors of human ST6Gal I
  作者：Andrew P. Montgomery、Christopher Dobie、Rémi Szabo、Laura Hallam、Marie Ranson、Haibo Yu、Danielle Skropeta

  DOI：10.1016/j.bmc.2020.115561

  日期：2020.7

  surface correlates strongly with tumour growth, metastasis and drug resistance. Inhibitors of human STs, in particular human ST6Gal I, are thus expected to be valuable chemical tools for the discovery of novel anticancer drugs. Herein, we report on the computationally-guided design and development of uridine-based inhibitors that replace the charged phosphodiester linker of known ST inhibitors with a neutral

  在细胞表面糖缀合物末端的唾液酸是细胞-细胞识别，受体结合和免疫应答中的关键元素。唾液酸化转移酶（ST）是负责唾液酸化聚糖生物合成的酶，在癌症中高度上调，并且所产生的肿瘤细胞表面过度唾液酸化与肿瘤的生长，转移和耐药性密切相关。因此，预期人类ST，特别是人类ST6Gal I的抑制剂是发现新型抗癌药物的有价值的化学工具。本文中，我们报道了基于尿苷的抑制剂的计算指导设计和开发，该抑制剂以中性氨基甲酸酯替代已知ST抑制剂的带电磷酸二酯键，以改善药代动力学性质和合成可及性。通过将芳基和杂芳基α-羟基膦酸酯与5'-氨基-5'-脱氧尿苷片段偶联，合成了一系列24个氨基甲酸酯连接的基于尿嘧啶的化合物。使用荧光酶标仪测定了新合成的化合物对重组人ST6Gal I的抑制活性，以及​​五种有前途的抑制剂确定的K i范围为1至20 µM。这些结果表明，氨基甲酸酯连接的基于尿嘧啶基的化合物是潜在的一类易于获得的，无细胞毒性的ST抑制剂，有待进一步研究。
• Synthesis of coumarin–nucleoside conjugates via Huisgen 1,3-dipolar cycloaddition
  作者：Ivana Kosiova、Sona Kovackova、Pavol Kois

  DOI：10.1016/j.tet.2006.10.075

  日期：2007.1

  An efficient synthesis of fluorescent coumarin–nucleoside conjugates via Cu(I) catalysed Huisgen 1,3-dipolar cycloaddition is described. Starting from azidonucleosides and coumarin derivatives, products are obtained in good yields. The fluorescent properties of the newly prepared coumarin–nucleoside conjugates are determined.

  描述了一种通过Cu（I）催化的Huisgen 1,3-偶极环加成反应合成荧光香豆素-核苷共轭物的有效方法。从叠氮核苷和香豆素衍生物开始，以高收率获得产物。确定了新制备的香豆素-核苷结合物的荧光性质。
• Synthesis and Properties of Diuridine Phosphate Analogues Containing Thio and Amino Modifications
  作者：James B. Thomson、Bhisma K. Patel、Victor Jiménez、Klaus Eckart、Fritz Eckstein

  DOI：10.1021/jo960795l

  日期：1996.1.1

  pH 9, indicating that attack on the phosphorus by the 2'-oxo anion is rate-limiting in the hydrolysis mechanism. In contrast, the rate of uridylyl (3'-5') 5'-amino-5'-deoxyuridine (UpnU) hydrolysis fell from a value of 1802 x 10(-)(6) s(-)(1) at pH 5 to 140 x 10(-)(6) s(-)(1) at pH 7.5, where it remained constant up to pH 11.5, thus indicating an acid-catalyzed reaction. The analogue 2'-amino-2'-deoxyuridylyl

  为了研究为什么用2'-氨基取代2'-羟基会阻止水解，合成了磷酸二尿苷（UpU）的几种类似物。设计这些类似物以研究2'-取代基和5'-离去基团对水解速率的影响。所有类似物都比UpU对酸碱催化的水解更加不稳定。在6到9的pH范围内，尿嘧啶（3'-5'）5'-硫代5'-脱氧尿苷（UpsU）的水解速率以对数线性方式从5 x 10的值上升。 （-）（6）s（-）（1）在pH 6到3200 x 10（-）（6）s（-）（1）在pH 9时，表明2'-氧代阴离子对磷的攻击在水解机理中是限速的。相反，尿酸（3'-5'）5'-氨基-5'的比率 -脱氧尿苷（UpnU）水解从pH 5的1802 x 10（-）（6）s（-）（1）降至pH 7.5的140 x 10（-）（6）s（-）（1） ，在高达11.5的pH值下保持恒定，因此表明是酸催化的反应。与amUpT的水解稳定性相反，类似物2'-氨基-2'-脱氧尿苷（3