5-hydroxymethylcytidine 5'-monophosphate | 18800-62-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷酸
• 英文名称: 5-hydroxymethylcytidine 5'-monophosphate
• 英文别名: 5-(Hydroxymethyl)cytidine 5'-(Dihydrogen Phosphate)；[(2R,3S,4R,5R)-5-[4-amino-5-(hydroxymethyl)-2-oxopyrimidin-1-yl]-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate
• CAS: 18800-62-9
• 化学式: C₁₀H₁₆N₃O₉P
• 分子量: 353.226
• InChiKey: KPUOHXMVCZBWQC-JXOAFFINSA-N

物化性质

• 沸点：
  745.3±70.0 °C(Predicted)
• 密度：
  2.16±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -4.4
• 重原子数：
  23
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.6
• 拓扑面积：
  195
• 氢给体数：
  6
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-hydroxymethylcytidine 5'-monophosphate 在 N-glycosidase MilB 作用下， 以 aq. buffer 为溶剂， 反应 0.5h， 生成 2-羟基-4-氨基-5-羟甲基嘧啶
  参考文献：
  名称：

  Structure of theN-glycosidase MilB in complex with hydroxymethyl CMP reveals its Arg23 specifically recognizes the substrate and controls its entry

  摘要：

  5-羟甲基胞嘧啶（5hmC）存在于T偶数噬菌体和哺乳动物DNA以及一些核苷抗生素中，包括千丝霉素和巴丝霉素，在其合成过程中，5hmC是通过N-糖基酶MilB对5-羟甲基胞嘧啶5'-单磷酸（hmCMP）的裂解作用产生的。最近，MilB-CMP复合物结构揭示了其对CMP相对于dCMP的底物特异性。然而，由于MilB对CMP的KM比对hmCMP的KM高约27倍，因此hmCMP而非CMP是MilB的首选底物。在这里，我们测定了MilB及其催化失活的E103A突变体与hmCMP复合物的晶体结构。在复合物的结构中，Phe22和Arg23位于一个笼状的活性部位，类似于真核5mC结合蛋白中翻转的5-甲基胞嘧啶（5mC）的结合口袋。苯环Phe22和嘧啶环hmCMP之间的范德华相互作用稳定其结合。值得注意的是，在hmCMP结合后，Arg23的胍基团向hmCMP的5-羟甲基弯曲了约65度，诱导了笼状口袋的半闭合。Arg23的诱变研究和生物信息学分析表明，这个位点的正电性Arg/Lys对于hmCMP的5-羟甲基团的特异性识别至关重要。

  DOI：

  10.1093/nar/gku486
• 作为产物：
  描述：

  聚合甲醛 、 5'-胞苷酸 在 cytidine 5'-monophosphate hydroxymethylase MilA 、 tetrahydrofolate 作用下， 生成 5-hydroxymethylcytidine 5'-monophosphate
  参考文献：
  名称：

  Structure of theN-glycosidase MilB in complex with hydroxymethyl CMP reveals its Arg23 specifically recognizes the substrate and controls its entry

  摘要：

  5-羟甲基胞嘧啶（5hmC）存在于T偶数噬菌体和哺乳动物DNA以及一些核苷抗生素中，包括千丝霉素和巴丝霉素，在其合成过程中，5hmC是通过N-糖基酶MilB对5-羟甲基胞嘧啶5'-单磷酸（hmCMP）的裂解作用产生的。最近，MilB-CMP复合物结构揭示了其对CMP相对于dCMP的底物特异性。然而，由于MilB对CMP的KM比对hmCMP的KM高约27倍，因此hmCMP而非CMP是MilB的首选底物。在这里，我们测定了MilB及其催化失活的E103A突变体与hmCMP复合物的晶体结构。在复合物的结构中，Phe22和Arg23位于一个笼状的活性部位，类似于真核5mC结合蛋白中翻转的5-甲基胞嘧啶（5mC）的结合口袋。苯环Phe22和嘧啶环hmCMP之间的范德华相互作用稳定其结合。值得注意的是，在hmCMP结合后，Arg23的胍基团向hmCMP的5-羟甲基弯曲了约65度，诱导了笼状口袋的半闭合。Arg23的诱变研究和生物信息学分析表明，这个位点的正电性Arg/Lys对于hmCMP的5-羟甲基团的特异性识别至关重要。

  DOI：

  10.1093/nar/gku486

文献信息

• Complexes of RNA and cationic peptides for transfection and for immunostimulation
  申请人：CureVac GmbH

  公开号：EP2484770A1

  公开（公告）日：2012-08-08

  The present invention relates to a complexed RNA, comprising at least one RNA complexed with one or more oligopeptides, wherein the oligopeptide has a length of 8 to 15 amino acids and has the empirical formula (Arg)l;(;Lys)m;(His)n;(Orn)o;(Xaa)x with the majority of the residues being selected from Arg, Lys, His, Orn. The invention further relates to a method for transfecting a cell or an organism, thereby applying the inventive complexed RNA. Additionally, pharmaceutical compositions and kits comprising the inventive complexed RNA, as well as the use of the inventive complexed RNA for transfecting a cell, tissue or an organism and/or for modulating, preferably inducing or enhancing, an immune response are disclosed herein.

  本发明涉及一种复合 RNA，包括至少一种与一种或多种寡肽复合的 RNA，其中寡肽的长度为 8 至 15 个氨基酸，具有经验式 (Arg)l;(;Lys)m;(His)n;(Orn)o;(Xaa)x，大部分残基选自 Arg、Lys、His、Orn。本发明进一步涉及一种转染细胞或生物体的方法，从而应用本发明的复合 RNA。此外，本文还公开了包含本发明络合 RNA 的药物组合物和试剂盒，以及本发明络合 RNA 用于转染细胞、组织或生物体和/或调节、优选诱导或增强免疫反应的用途。
• BARCODING TECHNOLOGY FOR SEQUENCING OF NUCLEIC ACID MOLECULES
  申请人：UMC Utrecht Holding B.V.

  公开号：EP3878972A1

  公开（公告）日：2021-09-15

  The invention relates to barcodes that have both unique and shared sequences. The barcodes are easy to sequence and to identify. In one aspect the invention provides a collection of barcoded nucleic acid molecules wherein each barcode comprises a sequence that is shared with the other barcodes in the collection and a sequence that is not shared with the other barcodes in the collection wherein the nucleotide residues that encode the non-shared sequence are interspersed with the nucleotide residues that encode the shared sequence. The invention also provides kits and method for sequencing nucleic acids.

  本发明涉及具有唯一序列和共享序列的条形码。这些条形码易于测序和识别。在一个方面，本发明提供了一个条形码核酸分子集合，其中每个条形码包括一个与集合中其他条形码共享的序列和一个与集合中其他条形码不共享的序列，其中编码不共享序列的核苷酸残基与编码共享序列的核苷酸残基穿插在一起。本发明还提供了用于核酸测序的试剂盒和方法。
• TRANSMEMBRANE PORE CONSISTING OF TWO CSGG PORES
  申请人：Oxford Nanopore Technologies Limited

  公开号：EP3892627A1

  公开（公告）日：2021-10-13

  Provided is a method of characterising a polynucleotide using a transmembrane pore, wherein the pore is a double pore comprising a first CsgG pore, or a homologue thereof, and a second CsgG pore, or a homologue thereof.

  本发明提供了一种利用跨膜孔对多核苷酸进行表征的方法，其中的孔是双孔，包括第一 CsgG 孔（或其同源物）和第二 CsgG 孔（或其同源物）。
• Mutant pores
  申请人：Oxford Nanopore Technologies Ltd.

  公开号：US10167503B2

  公开（公告）日：2019-01-01

  The invention relates to mutant forms of Msp. The invention also relates to polynucleotide characterization using Msp.

  本发明涉及突变形式的 Msp。本发明还涉及利用 Msp 进行多核苷酸鉴定。
• Method for characterising a double stranded nucleic acid using a nano-pore and anchor molecules at both ends of said nucleic acid
  申请人：Oxford Nanopore Technologies Ltd.

  公开号：US10337060B2

  公开（公告）日：2019-07-02

  The invention relates to a method for method of characterizing, such as sequencing, a target double stranded polynucleotide. The polynucleotide is coupled to a membrane using at least two adaptors with different strengths of coupling to the membrane.

  本发明涉及一种表征目标双链多核苷酸（如测序）的方法。多核苷酸通过至少两个与膜耦合强度不同的适配器与膜耦合。