5'-O-levulinyl ribouridine | 96026-63-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 5'-O-levulinyl ribouridine
• 英文别名: 5′-levulinylribouridine；5’-O-levulinyl-β-D-uridine；5'-O-levulinoyl-β-D-uridine；[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl 4-oxopentanoate
• CAS: 96026-63-0
• 化学式: C₁₄H₁₈N₂O₈
• 分子量: 342.306
• InChiKey: WDGJZKUTLQNULB-HUXSOILUSA-N

物化性质

• 密度：
  1.479±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -2.4
• 重原子数：
  24
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.57
• 拓扑面积：
  143
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-levulinyl ribouridine 在 2.) acid 作用下， 生成 Benzoic acid (2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-4-hydroxy-2-(4-oxo-pentanoyloxymethyl)-tetrahydro-furan-3-yl ester
  参考文献：
  名称：

  Lekschas, Joerg; Cech, Dieter; Rosenthal, Andre, Zeitschrift fur Chemie, 1984, vol. 24, # 9, p. 329 - 330

  摘要：

  DOI：
• 作为产物：
  描述：

  乙酰丙酸 在 N,N'-二环己基碳二亚胺 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 乙醚 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 5.0h， 生成 5'-O-levulinyl ribouridine
  参考文献：
  名称：

  分支和超分支siRNA的固相合成，表征和RNAi活性

  摘要：

  有效地制备了线性，分支和超分支siRNA，用于下调GRP78表达并诱导HepG2肝癌细胞中的细胞死亡。分支和超分支GRP78 siRNA通过自动固相合成以高产率（44–78％）合成，并在HPLC纯化后以优异的纯度（> 99％）分离。此外，通过天然PAGE和热变性研究可知，siRNA采用了稳定的分子内杂种。这些序列还表现出触发RNAi活性所必需的A型螺旋轨迹，如CD光谱法所确定的。生物学研究证实，在抑制癌细胞生存能力约20％的同时，有力地抑制了GRP78的表达（50-60％）。因此，在癌症基因治疗应用中，分支和超分支siRNA可以作为有效的siRNA候选物。

  DOI：

  10.1016/j.bmcl.2013.08.033

文献信息

• Solid phase synthesis and self-assembly of higher-order siRNAs and their bioconjugates
  作者：Christopher N. Cultrara、Sunil Shah、Stephen D. Kozuch、Mayurbhai R. Patel、David Sabatino

  DOI：10.1111/cbdd.13448

  日期：2019.6

  models. More specifically, we have developed an efficient solution-phase synthesis for the production of a ribouridine branchpoint synthon that can be effectively incorporated by solid phase synthesis within higher-order RNA structures, including those adopting V-, and Y- and >-< shape RNA templates. Self-assembly of complementary RNA to the template strands produced higher-order siRNA nanostructures that

  最近，在开发新的和改良的基因疗法中，合成高阶siRNA基序及其生物缀合物的新方法引起了广泛的关注。我们的努力旨在产生新的化学工具和方案，用于产生修饰的siRNA，以筛选重要的致癌基因靶标，并沉默其在癌症模型中进行有效基因治疗的活性。更具体地说，我们已经开发出了一种有效的溶液相合成方法，用于生产核糖核苷支点合成子，该合成物可以通过固相合成有效地整合到更高阶的RNA结构中，包括采用V型，Y型和>-<型的结构RNA模板。互补RNA与模板链的自组装产生了更高阶的siRNA纳米结构，其特征在于PAGE，DLS，和TEM技术。为了扩展功能多样的siRNA的种类，我们还开发了固相生物缀合策略，以掺入生物活性探针（例如脂肪酸附肢和荧光报告基因）。综上所述，这些方法突出了产生更高阶siRNA及其生物结合物的能力，以探索修饰的siRNA结构对抗癌活性的影响。
• CAL-B-Catalyzed Acylation of Nucleosides and Role of the Sugar Conformation: An Improved Understanding of the Enzyme-Substrate Recognition
  作者：Saúl Martínez-Montero、Susana Fernández、Yogesh S. Sanghvi、Vicente Gotor、Miguel Ferrero

  DOI：10.1002/ejoc.201200609

  日期：2012.10

  that the sugar ring conformation of nucleosides plays a critical role during Candida antarctica lipase B (CAL-B) catalyzed acylation. Specifically, the North (N), but not the South (S) nucleoside sugar ring conformation is preferred for efficient binding at the catalytic site. In this study, we used nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy experiments to establish the sugar ring conformation of nucleosides

  我们证明核苷的糖环构象在南极念珠菌脂肪酶 B (CAL-B) 催化酰化过程中起着关键作用。具体而言，北 (N) 而非南 (S) 核苷糖环构象对于在催化位点的有效结合是优选的。在这项研究中，我们使用核磁共振 (NMR) 光谱实验来建立核苷的糖环构象，并进行分子建模研究以支持观察结果。与具有 S 构象的 2'-脱氧核苷相比，具有 N-构象的核糖和 2'-取代的 (OMe, F) 核苷经历快速而容易的酰化。这项研究提高了我们对糖构象在使用 CAL-B 进行生物转化过程中酶-底物识别中所起关键作用的理解。
• Sustainable Protocol for the Synthesis of 2′,3′-Dideoxynucleoside and 2′,3′-Didehydro-2′,3′-dideoxynucleoside Derivatives
  作者：Virginia Martín-Nieves、Yogesh S. Sanghvi、Susana Fernández、Miguel Ferrero

  DOI：10.3390/molecules27133993

  日期：——

  ribonucleosides into 2’,3’-dideoxynucleoside and 2’,3’-didehydro-2’,3’-dideoxynucleoside derivatives, including the anti-HIV drugs stavudine (d4T), zalcitabine (ddC) and didanosine (ddI), was established. The process involves radical deoxygenation of xanthate using environmentally friendly and low-cost reagents. Bromoethane or 3-bromopropanenitrile was the alkylating agent of choice to prepare the

  将核糖核苷转化为 2',3'-二脱氧核苷和 2',3'-二脱氢-2',3'-二脱氧核苷衍生物的改进方案，包括抗 HIV 药物司他夫定 (d4T)、扎西他滨 (ddC) 和去羟肌苷 (ddI) 成立。该过程涉及使用环保和低成本的试剂对黄原酸盐进行自由基脱氧。溴乙烷或 3-溴丙腈是制备核糖核苷 2',3'-双黄原酸酯的首选烷化剂。在随后的自由基脱氧反应中，三（三甲基甲硅烷基）硅烷和 1,1'-偶氮二（环己烷甲腈）分别被用来代替有害的 Bu 3 SnH 和 AIBN。此外，在 5'- O的脱保护步骤中，TBAF 取代了樟脑磺酸。-甲硅烷基醚基团和一种酶（腺苷脱氨酶）用于将 2',3'-二脱氧腺苷转化为 2',3'-二脱氧肌苷 (ddI)，产率很高。
• Enzymatic Parallel Kinetic Resolution of Mixtures of <scp>d</scp>/<scp>l</scp> 2′-Deoxy and Ribonucleosides: An Approach for the Isolation of β-<scp>l</scp>-Nucleosides
  作者：Saúl Martínez-Montero、Susana Fernández、Yogesh S. Sanghvi、Vicente Gotor、Miguel Ferrero

  DOI：10.1021/jo101368z

  日期：2010.10.1

  We have developed a lipase-catalyzed parallel kinetic resolution of mixtures of beta-D/L-nucleosides. The opposite selectivity during acylation exhibited by Pseudomonas cepacia lipase (PSL-C) with beta-D- and beta-L-nucleosides furnished acylated compounds that have different R-f values. As a consequence, isolation of both products was achieved by simple column chromatography. Computer modeling of the transition-state analogues during acylation of beta-D- and beta-L-2'-deoxycytidine with PSL-C was carried out to explain the high selectivity. PSL-C favored the 3'-O-levulination of the beta-D enantiomer, whereas the 5'-OH group was acylated in 2'-deoxy-beta-L-cytidine. In both cases, the cytosine base was placed in the alternate hydrophobic pocket of PSL's substrate-binding site, where it can form extra hydrogen bonds (in addition to the five essential catalytically relevant hydrogen bonds) that stabilize these intermediates catalyzing the selective acylation of beta-D/L-nucleosides.
• Solid-phase synthesis, characterization and RNAi activity of branch and hyperbranch siRNAs
  作者：Anthony Maina、Brittany A. Blackman、Christopher J. Parronchi、Eva Morozko、Maria E. Bender、Allan D. Blake、David Sabatino

  DOI：10.1016/j.bmcl.2013.08.033

  日期：2013.10

  Linear, branch and hyperbranch siRNAs were effectively prepared for down-regulating GRP78 expression and inducing cell death in HepG2 liver cancer cells. Branch and hyperbranch GRP78 siRNAs were synthesized by automated solid-phase synthesis in good yields (44–78%) and isolated in excellent purities (>99%) following HPLC purification. Moreover, siRNAs adopted stable intramolecular hybrids as discerned

  有效地制备了线性，分支和超分支siRNA，用于下调GRP78表达并诱导HepG2肝癌细胞中的细胞死亡。分支和超分支GRP78 siRNA通过自动固相合成以高产率（44–78％）合成，并在HPLC纯化后以优异的纯度（> 99％）分离。此外，通过天然PAGE和热变性研究可知，siRNA采用了稳定的分子内杂种。这些序列还表现出触发RNAi活性所必需的A型螺旋轨迹，如CD光谱法所确定的。生物学研究证实，在抑制癌细胞生存能力约20％的同时，有力地抑制了GRP78的表达（50-60％）。因此，在癌症基因治疗应用中，分支和超分支siRNA可以作为有效的siRNA候选物。