Structural, Theoretical Analysis, and Molecular Docking of Two Benzamide Isomers. Halogen Bonding and Its Role in the Diverse Ways of Coupling with Protein Residues
作者:Rodolfo Moreno-Fuquen、Esteban García-Torres、Kevin Arango-Daraviña、Javier Ellena
DOI:10.1248/cpb.c22-00307
日期:2022.11.1
compounds as pharmacophores showed that the bromine atom plays a key role in interactions with protein residues, reaching good ligand-protein interaction values comparable to the values presented by the parent inhibitor, Asciminib. In contact with the ALA356 residue, the bromine of Ph2Br participates with a higher contact geometry using the σ-hole, whereas the bromine of Ph3Br employs a more efficient contact
描述了两种甲氧基苯基苯甲酰胺异构体的晶体结构,(Ph2Br) 和 (Ph3Br),通式为 C 14 H 12 BrNO 2. 该结构研究揭示了 N-H-O 和 C-H-O 氢键、Br-Br 卤素键、C-H-π 和 C-Br-π 分子接触的存在,在这两种化合物中,中心 C1 –C7(O1)–N1(H1)–C8 酰胺链段,几乎是线性的。Ph2Br 中 Br1 和 O1 之间的紧密接近表明其原子间距离小于它们的 VDW 半径之和,在 O1 区域产生了静电势的增加,使得所谓的 σ 和 π- 的出现成为可能溴上的孔。这些特定条件导致 Br-Br 卤素键的形成,它们以一种非常有趣的方式结合在一起,允许键通过连接不同分子之间的卤素原子而延伸,形成一个 Br-Br 距离等于 3.5403 的等腰三角形( 4) Å 和 5.085 Å 作为其基础。Ph2Br中羰基的存在,氢和卤素键的优良受体,导致这些键之间