光不稳定的保护基被广泛用于触发寡核苷酸活性。开/关幅度是一个关键参数。已经开发出实验装置以鉴定具有优异笼蔽性质的保护基衍
生物。大块的残基通过
铜催化的
叠氮化物-
炔烃环加成反应,在DNA上合成后附着在笼子部分。有趣的是,引入o后熔融温度降低DNA双链体中的‐硝基苄基笼(NPBY‐)和
二乙基氨基
香豆素笼(D
EACM‐)达到极限值。NMR光谱用于表征各个碱基对的稳定性,并确定选定数量的光笼DNA分子的实验结构。实验结构与MD模拟预测的结构吻合良好。综合起来,结构数据表明,一旦添加空间要求基团以生成三取代碳,空间要求较低的笼部分就指向相邻的核苷,而较大的取代基仍保留在主凹槽中。