(3'S,5'R,6'S)-N⁶-benzoyl-9-(2'-deoxy-3',5'-ethano-5',6'-methano-α-D-ribofuranosyl)adenine | 200931-85-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 咪唑并嘧啶类
• 英文名称: (3'S,5'R,6'S)-N⁶-benzoyl-9-(2'-deoxy-3',5'-ethano-5',6'-methano-α-D-ribofuranosyl)adenine
• 英文别名: N-[9-[(1S,2R,4S,6S,8S)-2,6-dihydroxy-9-oxatricyclo[4.3.0.02,4]nonan-8-yl]purin-6-yl]benzamide
• CAS: 200931-85-7
• 化学式: C₂₀H₁₉N₅O₄
• 分子量: 393.402
• InChiKey: BECBDJVJUGTXMJ-JZDTXSGRSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.1
• 重原子数：
  29
• 可旋转键数：
  3
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.4
• 拓扑面积：
  122
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (3'S,5'R,6'S)-N⁶-benzoyl-9-(2'-deoxy-3',5'-ethano-5',6'-methano-α-D-ribofuranosyl)adenine 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 吡啶 、 乙腈 为溶剂， 反应 5.0h， 生成 (3'S,5'R,6'S)-N⁶-benzoyl-9-{3'-O-[(2-cyanoethoxy)(diisopropylamino)phosphino]-2'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3',5'-ethano-5',6'-methano-α-D-ribofuranosyl}adenine
  参考文献：
  名称：

  α-三环-DNA的合成和配对特性。

  摘要：

  我们描述了从已知的相应的α-tc-核苷开始的覆盖所有四个天然碱基的α-三环-DNA（α-tc-DNA）的亚磷酰胺结构单元的合成。这些构件用于制备代表高嘌呤，高嘧啶和嘌呤/嘧啶混合碱基序列的三个α-tc-寡核苷酸10聚体。通过紫外熔融分析和CD光谱研究了具有互补的平行和反平行取向的DNA和RNA的碱基配对特性。我们发现，α-tc-DNA优先通过Watson-Crick双链体形成与平行核酸补体结合，相对于DNA而言，RNA优先。与天然DNA相比，α-tc-DNA与RNA的亲和力增强，并且与反平行DNA或RNA互补序列成对存在，尽管亲和力要低得多。在混合碱基序列中，这些反平行双链体是反向的Watson-Crick类型，而在高嘌呤/高嘧啶序列中，观察到Hoogsteen和/或反向Hoogsteen配对。还观察到两个α-tc-寡核苷酸的反平行双链体形成，尽管该双链体的热稳定性出奇地低。在α-DNA，

  DOI：

  10.1002/chem.200600597
• 作为产物：
  描述：

  (1aR,1bS,4aS,5aR)-1a-(tert-Butyl-dimethyl-silanyloxy)-3-methoxy-hexahydro-2-oxa-cyclopropa[a]pentalen-4a-ol 在 三氟甲磺酸三甲基硅酯 、 四丁基氟化铵 作用下， 以 四氢呋喃 、 正己烷 、 1,2-二氯乙烷 为溶剂， 反应 11.0h， 生成 (3'S,5'R,6'S)-N⁶-benzoyl-9-(2'-deoxy-3',5'-ethano-5',6'-methano-α-D-ribofuranosyl)adenine
  参考文献：
  名称：

  在糖磷酸骨架“ Tricyclo-DNA”中具有限制性构象灵活性的核酸类似物。部分1的制备[（5' - [R，6' - [R）-2'-脱氧-3'，5'-亚乙基-5'，6'-甲基- β-d-D-呋喃核糖基]胸腺嘧啶和腺嘌呤，和用于寡核苷酸合成的相应亚磷酰胺†

  摘要：

  描述了用于寡核苷酸合成的三环-脱氧核苷类似物1和2以及相应的氰乙基亚磷酰胺结构单元16和21的合成。这些三环脱氧核苷类似物与新近引入的双环脱氧核苷的区别在于，一个附加的环丙烷单元连接到后者的中心C（5'）和C（6'）（参见图1），因此代表该环的另一个成员。一类具有约束构象灵活性的核苷类似物。三环脱氧核苷的合成通过非对映选择性卡宾除了对映异构纯的甲硅烷基烯醇任一实现8 / 9和一个Vorbrüggen三环碳水化合物单元的缩合10 / 11与在原位全硅烷化胸腺嘧啶和Ñ 6苯甲酰基腺嘌呤。叔OHC（5'）的选择性三苯甲基化和OHC（3'）的1和2的膦酰化得到相应的亚磷酰胺16和21。通过1 H-NMR-NOE光谱学证实了新引入的环丙烷环的“ exo ”-构型。核苷类似物1和14（2和19的C（1'）处的α-D和β-D构型，分别通过1 H-NMR-NOE光谱和NOESY进行分配。建模研究β-d-异

  DOI：

  10.1002/hlca.19970800812

文献信息

• Synthesis and Pairing Properties of α-Tricyclo-DNA
  作者：Simon P. Scheidegger、Christian J. Leumann

  DOI：10.1002/chem.200600597

  日期：2006.10.25

  base-pairing properties with complementary parallel and antiparallel oriented DNA and RNA were studied by UV-melting analysis and CD spectroscopy. We found that alpha-tc-DNA binds preferentially to parallel nucleic acid complements through Watson-Crick duplex formation, with a preference for RNA over DNA. In comparison with natural DNA, alpha-tc-DNA shows equal to enhanced affinity to RNA and also pairs to antiparallel

  我们描述了从已知的相应的α-tc-核苷开始的覆盖所有四个天然碱基的α-三环-DNA（α-tc-DNA）的亚磷酰胺结构单元的合成。这些构件用于制备代表高嘌呤，高嘧啶和嘌呤/嘧啶混合碱基序列的三个α-tc-寡核苷酸10聚体。通过紫外熔融分析和CD光谱研究了具有互补的平行和反平行取向的DNA和RNA的碱基配对特性。我们发现，α-tc-DNA优先通过Watson-Crick双链体形成与平行核酸补体结合，相对于DNA而言，RNA优先。与天然DNA相比，α-tc-DNA与RNA的亲和力增强，并且与反平行DNA或RNA互补序列成对存在，尽管亲和力要低得多。在混合碱基序列中，这些反平行双链体是反向的Watson-Crick类型，而在高嘌呤/高嘧啶序列中，观察到Hoogsteen和/或反向Hoogsteen配对。还观察到两个α-tc-寡核苷酸的反平行双链体形成，尽管该双链体的热稳定性出奇地低。在α-DNA，
• Nucleic Acid Analogs with Constraint Conformational Flexibility in the Sugar-Phosphate Backbone ?Tricyclo-DNA?. Part 1. Preparation of [(5?R,6?R)-2?-deoxy-3?,5?-ethano-5?,6?-methano-?-D-ribofuranosyl]thymine and -adenine, and the corresponding phosphoramidites for oligonucleotide synthesis
  作者：Ralph Steffans、Christian Leumann

  DOI：10.1002/hlca.19970800812

  日期：1997.12.15

  The synthesis of the tricyclo-deoxynucleoside analogs 1 and 2 and of the corresponding cyanoethyl phosphoramidite building blocks 16 and 21 for oligonucleotide synthesis is described. These tricyclic deoxynucleoside analogs differ from the recently introduced bicyclo-deoxynucleosides by an additional cyclopropane unit joined to the centers C(5′) and C(6′) of the latter (se Fig. 1), and thus represent

  描述了用于寡核苷酸合成的三环-脱氧核苷类似物1和2以及相应的氰乙基亚磷酰胺结构单元16和21的合成。这些三环脱氧核苷类似物与新近引入的双环脱氧核苷的区别在于，一个附加的环丙烷单元连接到后者的中心C（5'）和C（6'）（参见图1），因此代表该环的另一个成员。一类具有约束构象灵活性的核苷类似物。三环脱氧核苷的合成通过非对映选择性卡宾除了对映异构纯的甲硅烷基烯醇任一实现8 / 9和一个Vorbrüggen三环碳水化合物单元的缩合10 / 11与在原位全硅烷化胸腺嘧啶和Ñ 6苯甲酰基腺嘌呤。叔OHC（5'）的选择性三苯甲基化和OHC（3'）的1和2的膦酰化得到相应的亚磷酰胺16和21。通过1 H-NMR-NOE光谱学证实了新引入的环丙烷环的“ exo ”-构型。核苷类似物1和14（2和19的C（1'）处的α-D和β-D构型，分别通过1 H-NMR-NOE光谱和NOESY进行分配。建模研究β-d-异