N-乙酰基-5'-O-[二(4-甲氧基苯基)(苯基)甲基]鸟苷 | 231957-27-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 中文名称: N-乙酰基-5'-O-[二(4-甲氧基苯基)(苯基)甲基]鸟苷
• 英文名称: N²-acetyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)guanosine
• 英文别名: N-acetyl-5'-DMT-guanosine；N-Acetyl-5'-DMTguanosine；N-[9-[(2R,3R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]-6-oxo-1H-purin-2-yl]acetamide
• CAS: 231957-27-0
• 化学式: C₃₃H₃₃N₅O₈
• 分子量: 627.654
• InChiKey: OMWQAGMMDYBTSJ-QWOIFIOOSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.9
• 重原子数：
  46
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.27
• 拓扑面积：
  166
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-乙酰基-5'-O-[二(4-甲氧基苯基)(苯基)甲基]鸟苷 在 二丁基二氯化锡 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 1,2-二氯乙烷 为溶剂， 反应 15.33h， 生成 N²-acetyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-((triisopropylsilyloxy)methyl)guanosine 3'-(2-cyanoethyl-N,N-diisopropylphosphoramidite)
  参考文献：
  名称：

  具有 2'-O-[(三异丙基甲硅烷基)氧基]甲基(2'-O-tom)-保护的亚磷酰胺的寡核糖核苷酸 (RNA) 的可靠化学合成

  摘要：

  介绍了一种将 2'-O-[(triisopropylsilyl)oxy]methyl (=tom) 基团引入 N-乙酰化、5'-O-二甲氧基三苯甲基化核糖核苷的方法。相应的 2'-O-tom 保护的亚磷酰胺结构单元以纯形式获得，并成功用于 DNA 合成仪上寡核糖核苷酸的常规合成。在 DNA 偶联条件下（1.5 mmol 合成规模的偶联时间为 2.5 分钟）并以 5-(苄硫基)-1H-四唑 (BTT) 作为活化剂。2'-O-tom 保护的亚磷酰胺表现出 av。耦合产率 >99.4%。N-乙酰基和 2'-O-tom 保护基团的组合实现了可靠和完整的两步脱保护，首先使用 EtOH/H2O 中的 MeNH2，然后使用 THF 中的 Bu4NF，而不会同时破坏产物 RNA 序列。[关于 SciFinder (R)]

  DOI：

  10.1002/1522-2675(20011219)84:12<3773::aid-hlca3773>3.0.co;2-e
• 作为产物：
  描述：

  Acetic acid (2R,3R,4R,5R)-4-acetoxy-5-acetoxymethyl-2-(2-acetylamino-6-oxo-1,6-dihydro-purin-9-yl)-tetrahydro-furan-3-yl ester 在 吡啶 、 sodium hydroxide 、 水 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 1.33h， 生成 N-乙酰基-5'-O-[二(4-甲氧基苯基)(苯基)甲基]鸟苷
  参考文献：
  名称：

  具有 2'-O-[(三异丙基甲硅烷基)氧基]甲基(2'-O-tom)-保护的亚磷酰胺的寡核糖核苷酸 (RNA) 的可靠化学合成

  摘要：

  介绍了一种将 2'-O-[(triisopropylsilyl)oxy]methyl (=tom) 基团引入 N-乙酰化、5'-O-二甲氧基三苯甲基化核糖核苷的方法。相应的 2'-O-tom 保护的亚磷酰胺结构单元以纯形式获得，并成功用于 DNA 合成仪上寡核糖核苷酸的常规合成。在 DNA 偶联条件下（1.5 mmol 合成规模的偶联时间为 2.5 分钟）并以 5-(苄硫基)-1H-四唑 (BTT) 作为活化剂。2'-O-tom 保护的亚磷酰胺表现出 av。耦合产率 >99.4%。N-乙酰基和 2'-O-tom 保护基团的组合实现了可靠和完整的两步脱保护，首先使用 EtOH/H2O 中的 MeNH2，然后使用 THF 中的 Bu4NF，而不会同时破坏产物 RNA 序列。[关于 SciFinder (R)]

  DOI：

  10.1002/1522-2675(20011219)84:12<3773::aid-hlca3773>3.0.co;2-e

文献信息

• Automated RNA-Synthesis with Photocleavable Sugar and Nucleobase Protecting Groups
  作者：Alfred Stutz、Stefan Pitsch

  DOI：10.1055/s-1999-3098

  日期：——

  A synthetic method for the N-alkyloxycarbonylation of adenine and guanine nucleosides was developed and used for the prepn. of RNA-phosphoramidites carrying photolabile sugar and nucleobase protecting groups. From these building blocks, a heptameric oligoribonucleotide was prepd. by automated synthesis, followed by detachment form the solid support and photolytic deprotection under mild conditions

  开发了一种腺嘌呤和鸟嘌呤核苷的 N-烷氧基羰基化合成方法，并将其用于制备。携带光不稳定糖和核碱基保护基团的 RNA 亚磷酰胺。从这些构件中，制备了七聚寡核糖核苷酸。通过自动合成，然后在温和条件下从固体支持物和光解脱保护。所提出的策略允许简单的准备。3'-O-氨基酰化的 RNA 序列。[在 SciFinder (R) 上]
• Synthesis, Thermal Stability, Biophysical Properties, and Molecular Modeling of Oligonucleotides of RNA Containing 2′-<i>O</i>-2-Thiophenylmethyl Groups
  作者：Joseph C. Nguyen、Yannick Kokouvi Dzowo、Carly Wolfbrandt、Justin Townsend、Stanislav Kukatin、Haobin Wang、Marino J. E. Resendiz

  DOI：10.1021/acs.joc.6b01615

  日期：2016.10.7

  displayed a ca. ΔΔG° of +4 kcal/mol with respect to its canonical analogue. Interestingly, hybridization of two modified strands (13:17, containing a total of eight modifications) resulted in increased stability and a distinct secondary structure, reflected in its CD spectrum. Molecular modeling based on DFT calculations shed light on the nature of this stability, with induced changes in the torsional angle

  RNA [CUACGGAAUCAU]的十二聚体被官能化C2'- ö -2-噻吩基甲基团，得到的寡核苷酸10 - 14和17。通过固相合成将修饰的核苷酸掺入RNA链。这些ON的生物物理特性用于量化这种修饰对RNA：RNA和RNA：DNA双链体的影响。紫外可见光谱和圆二色性结合在一起用于确定所有链的热稳定性，这些链杂交成A型几何形状。根据连续修饰数测量双链RNA的失稳，反映为降低的热变性值（ΔT m，大约。2.5–11.5°C）。上含有一个变形例的双工范特霍夫图（10：15）中显示的约 ΔΔ ģ的4°千卡/摩尔相对于它的规范类似物。有趣的是，两种杂交改性链（13：17，总共包含八种修饰），增加了稳定性，并在CD光谱中反映出独特的二级结构。基于DFT计算的分子模型揭示了这种稳定性的本质，扭转角δ（C5'-C4'-C3'-O3）和磷酸盐-磷酸盐距离的诱导变化与压实结构一致。所描述的合成方法和结构信
• METHOD FOR DETACHING PROTECTING GROUP ON NUCLEIC ACID
  申请人：Shiba Yoshinobu

  公开号：US20090149645A1

  公开（公告）日：2009-06-11

  A method is provided for removing a 2-cyanoethoxymethyl (CEM) group and substituting the 2′-hydroxyl group of each ribose of an oligonucleic acid derivative with good reproducibility and high efficiency.

  提供了一种方法，用于去除2-氰乙氧甲基（CEM）基团，并将寡核苷酸衍生物的每个核糖的2'-羟基以良好的可重复性和高效率进行置换。
• METHOD FOR REMOVAL OF NUCLEIC ACID-PROTECTING GROUP
  申请人：Kitagawa Hidetoshi

  公开号：US20090312534A1

  公开（公告）日：2009-12-17

  A method is provided for efficiently removing the silicon substituent which protects the 3′-hydroxyl group and the 5′-hydroxyl group of a ribose of a ribonucleic acid derivative in which the 2′-hydroxyl group of the ribose is protected with the following substituent (I) where WG1 represents an electron withdrawing group, and the 3′-hydroxyl group and the 5′-hydroxyl group of the ribose are protected with a silyl protecting group.

  提供了一种高效去除硅代替基的方法，该硅代替基保护着核糖核酸衍生物的3'-羟基和5'-羟基，其中核糖的2'-羟基被以下代替基(I)保护，其中WG1代表电子吸引基团，并且核糖的3'-羟基和5'-羟基被硅保护基保护。
• Method for detaching protecting group on nucleic acid
  申请人：Nippon Shinyaku Co., Ltd.

  公开号：US08158775B2

  公开（公告）日：2012-04-17

  The present invention provides a method for removing a 2-cyanoethoxymethyl (CEM) group, which substitutes the 2′-hydroxyl group of each ribose of an oligonucleic acid derivative, with good reproducibility and high efficiency. The present invention further provides a method for producing an oligonucleic acid derivative represented by the following general formula (11), characterized by using a sulfoxide-based solvent or an amide-based solvent or a mixture thereof as a reaction solvent in the step of removing a protecting group, which protects the 2′-hydroxyl group of each ribose of an oligonucleic acid derivative represented by the following general formula (10) by allowing TBAF to act on the oligonucleic acid derivative.

  本发明提供了一种去除2-氰乙氧甲基(CEM)基团的方法，该基团替代了寡核苷酸衍生物中每个核糖的2'-羟基，具有良好的重现性和高效性。本发明进一步提供了一种通过在去除保护基的步骤中使用亚砜基溶剂或酰胺基溶剂或其混合物作为反应溶剂，使TBAF作用于以下通式(10)所表示的寡核苷酸衍生物的每个核糖的2'-羟基的保护基，从而制备以下通式(11)所表示的寡核苷酸衍生物的方法。