N-(5-(aminomethyl)pyridin-3-yl)acetamide | 1073560-39-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氮化合物
• 英文名称: N-(5-(aminomethyl)pyridin-3-yl)acetamide
• 英文别名: N-[5-(aminomethyl)pyridin-3-yl]acetamide
• CAS: 1073560-39-0
• 化学式: C₈H₁₁N₃O
• 分子量: 165.195
• InChiKey: VPIAJSBQJDZODF-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.1
• 重原子数：
  12
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.25
• 拓扑面积：
  68
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  3

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  tris anhydride 、 N-(5-(aminomethyl)pyridin-3-yl)acetamide 在 吡啶 作用下， 以 二甲基亚砜 为溶剂， 反应 12.0h， 以63%的产率得到N-[5-[[(1S,4R,14S,17R,27S,30R)-22,35-bis[(5-acetamidopyridin-3-yl)methyl]-8,10,21,23,34,36-hexaoxo-9,22,35-triazatridecacyclo[28.9.1.14,14.117,27.02,29.03,15.05,13.07,11.016,28.018,26.020,24.031,39.033,37]dotetraconta-2,5,7(11),12,15,18,20(24),25,28,31,33(37),38-dodecaen-9-yl]methyl]pyridin-3-yl]acetamide
  参考文献：
  名称：

  控制封装动力学稳定性的三重“蝶阀”。工作中的分子篮

  摘要：

  分子篮 1 由半刚性三降冰片二烯骨架和边缘的三个旋转吡啶基门组成，旨在“动态”封闭空间并因此调节分子封装。门被证明通过分子内氢键折叠，从而形成 C3nu 对称受体：吡啶门的酰胺 NH 质子的 1H NMR 共振出现在低场（delta = 10.98 ppm），并观察到 ​​NH 振动拉伸（IR）在 3176 厘米（-1）。因此，密度泛函理论（DFT，B3LYP）研究表明，1 的封闭构象异构体在能量上是最稳定和占主导地位的。吡啶“门”的传动装置，围绕它们的轴，导致两个动态对映异构体 1A 和 1B 的相互转化，包括分子内氢键的顺时针和逆时针接缝。动态 1H NMR 光谱测量和线形模拟表明，当 CCl4 占据 1 的空腔时，1A/B 相互转换需要 10.0 kcal/mol (DeltaG++(A/B), 298 K) 的能垒。同样，发现 CCl4 离开篮子的活化自由能为 13.1 kcal/mol

  DOI：

  10.1021/ja8041977

文献信息

• [EN] BENZOPYRANE AND IMIDAZOLE DERIVATIVES USEFUL FOR THE STABILIZATION OF AMYLOIDOGENIC IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAINS<br/>[FR] DÉRIVÉS DE STABILISATION DE BENZOPYRANE ET D'IMIDAZOLE UTILISÉS POUR LA STABILISATION DE CHAÎNES LÉGÈRES D'IMMUNOGLOBULINES AMYLOÏDOGÉNIQUES
  申请人：SCRIPPS RESEARCH INST

  公开号：WO2020205683A1

  公开（公告）日：2020-10-08

  In immunoglobulin light chain amyloidosis (AL), the unique antibody light chain (LC) protein that is secreted by monoclonal plasma cells in each patient misfolds and/or aggregates, a process leading to organ degeneration. For treating AL patients, such as those with substantial cardiac involvement who have difficulty tolerating existing chemotherapy regimens, provided herein are small molecule compounds of Formula Ia, Formula Ib, and Formula II that are kinetic stabilizers of the native dimeric structure of full-length LCs, which compounds can slow or stop the amyloidogenicity cascade at its origin.

  在免疫球蛋白轻链淀粉样变性（AL）中，每位患者体内由单克隆浆细胞分泌的独特抗体轻链（LC）蛋白会错误折叠和/或聚集，导致器官退化的过程。为了治疗AL患者，例如那些存在严重心脏受累且难以耐受现有化疗方案的患者，本文提供了化学式Ia、化学式Ib和化学式II的小分子化合物，这些化合物是全长LC的动力学稳定剂，可以减缓或停止淀粉样生成性级联反应的起源。
• Discovery of Potent Coumarin-Based Kinetic Stabilizers of Amyloidogenic Immunoglobulin Light Chains Using Structure-Based Design
  作者：Nicholas L. Yan、Diogo Santos-Martins、Reji Nair、Alan Chu、Ian A. Wilson、Kristen A. Johnson、Stefano Forli、Gareth J. Morgan、H. Michael Petrassi、Jeffery W. Kelly

  DOI：10.1021/acs.jmedchem.1c00339

  日期：2021.5.13

  interface between the two variable domains of the LC homodimer. We hypothesized that extending the stabilizers beyond this initially characterized binding site would improve affinity. Here, using protease sensitivity assays, we identified stabilizers that can be divided into four substructures. Some stabilizers exhibit nanomolar EC50 values, a 3000-fold enhancement over the screening hits. Crystal structures

  在免疫球蛋白轻链 (LC) 淀粉样变性中，瞬时展开或展开和蛋白水解使 LC 蛋白聚集，从而导致潜在的致命器官损伤。一种在动力学上稳定 LC 的药物可以抑制聚集；然而，LC序列是可变的并且没有天然配体，阻碍了药物开发工作。我们之前确定了高通量筛选命中，这些命中与 LC 同源二聚体的两个可变域之间的界面处的位点结合。我们假设将稳定剂延伸到最初表征的结合位点之外会提高亲和力。在这里，使用蛋白酶敏感性测定，我们确定了可分为四个亚结构的稳定剂。一些稳定剂表现出纳摩尔 EC 50值，比筛选命中提高了 3000 倍。晶体结构揭示了与筛选命中未利用的保守酪氨酸残基的关键 π-π 堆积相互作用。这些数据为开发具有改进的结合选择性和增强的物理化学性质的 LC 稳定剂提供了基础。
• BENZOPYRANE AND IMIDAZOLE DERIVATIVES USEFUL FOR THE STABILIZATION OF AMYLOIDOGENIC IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAINS
  申请人：The Scripps Research Institute

  公开号：EP3946604A1

  公开（公告）日：2022-02-09
• STABILIZATION OF AMYLOIDOGENIC IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAINS
  申请人：The Scripps Research Institute

  公开号：US20220204485A1

  公开（公告）日：2022-06-30

  In immunoglobulin light chain amyloidosis (AL), the unique antibody light chain (LC) protein that is secreted by monoclonal plasma cells in each patient misfolds and/or aggregates, a process leading to organ degeneration. For treating AL patients, such as those with substantial cardiac involvement who have difficulty tolerating existing chemotherapy regimens, provided herein are small molecule compounds of Formula Ia, Formula Ib, and Formula II that are kinetic stabilizers of the native dimeric structure of full-length LCs, which compounds can slow or stop the amyloidogenicity cascade at its origin.