Discovery and characterization of potent spiro-isoxazole-based cereblon ligands with a novel binding mode
作者:Robert Shevalev、Luca Bischof、Alexander Sapegin、Alexander Bunev、Grigor'eva Olga、Grigory Kantin、Stanislav Kalinin、Marcus D. Hartmann
DOI:10.1016/j.ejmech.2024.116328
日期:2024.4
The vast majority of current cereblon (CRBN) ligands is based on the thalidomide scaffold, relying on glutarimide as the core binding moiety. With this architecture, most of these ligands inherit the overall binding mode, interactions with neo-substrates, and thereby potentially also the cytotoxic and teratogenic properties of the parent thalidomide. In this work, by incorporating a spiro-linker to
目前绝大多数的 cereblon (CRBN) 配体都是基于沙利度胺支架,依靠戊二酰亚胺作为核心结合部分。通过这种结构,大多数配体继承了整体结合模式、与新底物的相互作用,从而也继承了母体沙利度胺的潜在细胞毒性和致畸特性。在这项工作中,通过将螺接头结合到戊二酰亚胺部分,我们产生了一种新的化学型,该化学型对基于戊二酰亚胺的 CRBN 配体表现出前所未有的结合模式。总共合成了 16 种包含异恶唑部分的螺环戊二酰亚胺衍生物,并根据不同的标准进行了测试。特别是,所有配体均表现出良好的亲脂性,其中一些配体的结合亲和力能够超过作为参考的沙利度胺。此外,所有化合物在骨髓瘤细胞系和人外周血单核细胞中均表现出良好的细胞毒性。我们在共晶结构中确定的新型结合模式为这些改进的特性提供了解释:螺异恶唑的掺入改变了经典三色氨酸口袋内戊二酰亚胺部分的构象以及突出部分的方向。在这个新的方向上,它形成额外的疏水相互作用,并且