5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxy-2'-C-[(thymin-1-yl)methyl]uridine | 1392102-73-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxy-2'-C-[(thymin-1-yl)methyl]uridine
• CAS: 1392102-73-6
• 化学式: C₃₆H₃₆N₄O₉
• 分子量: 668.703
• InChiKey: INSUQFQLYVIQDU-SXTTZIJUSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.3
• 重原子数：
  49.0
• 可旋转键数：
  11.0
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.28
• 拓扑面积：
  166.87
• 氢给体数：
  3.0
• 氢受体数：
  11.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxy-2'-C-[(thymin-1-yl)methyl]uridine 、 2-氰乙基N,N-二异丙基氯亚磷酰胺 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 1,2-二氯乙烷 为溶剂， 反应 3.0h， 以83%的产率得到5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3'-O-[P-(β-cyanoethoxy)-N,N-diisopropylaminophosphinyl]-2'-deoxy-2'-C-[(thymin-1-yl)methyl]uridine
  参考文献：
  名称：

  双头核苷酸在DNA双链体中额外的碱基配对形成

  摘要：

  我们设计并合成了一个双头核苷酸，该双头核苷酸在dsDNA双链体内部具有两个核碱基。该核苷酸识别并在Watson-Crick框架中与两个互补的腺苷形成Watson-Crick碱基对。此外，通过明智地定位互补链，核苷酸可通过形成T：T碱基对来识别自身。因此，可以通过使用我们的双头核苷酸来定义两个新的核酸基序。通过紫外熔融实验，CD和NMR光谱以及分子动力学模拟对这两个基序进行了表征。这两个基序都使天然dsDNA双链体的热稳定性基本保持不变。分子动力学计算表明，双头核苷酸通过完全局部扰动被容纳在dsDNA中，并且修饰的双链体保留了整个B型几何结构，dsDNA在每个修饰的基序中分别解链约25°或60° 。可以将两个基序在dsDNA双链体中容纳两次，而不会造成任何稳定性损失，并且不从该观察结果和建模结果推断出，可以想象的是，两个基序都可以在dsDNA双链体中繁殖多次。这些新的基序扩展了DNA识别范围

  DOI：

  10.1002/chem.201103467
• 作为产物：
  描述：

  3-(benzyloxymethyl)thymine 在 N,O-双三甲硅基乙酰胺 、 20 % Pd(OH)2/C 、 氢气 、 三苯基膦 、 偶氮二甲酸二乙酯 作用下， 以 四氢呋喃 、 吡啶 、 甲醇 、 甲苯 、 乙腈 为溶剂， 反应 43.83h， 生成 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxy-2'-C-[(thymin-1-yl)methyl]uridine
  参考文献：
  名称：

  双头核苷酸在DNA双链体中额外的碱基配对形成

  摘要：

  我们设计并合成了一个双头核苷酸，该双头核苷酸在dsDNA双链体内部具有两个核碱基。该核苷酸识别并在Watson-Crick框架中与两个互补的腺苷形成Watson-Crick碱基对。此外，通过明智地定位互补链，核苷酸可通过形成T：T碱基对来识别自身。因此，可以通过使用我们的双头核苷酸来定义两个新的核酸基序。通过紫外熔融实验，CD和NMR光谱以及分子动力学模拟对这两个基序进行了表征。这两个基序都使天然dsDNA双链体的热稳定性基本保持不变。分子动力学计算表明，双头核苷酸通过完全局部扰动被容纳在dsDNA中，并且修饰的双链体保留了整个B型几何结构，dsDNA在每个修饰的基序中分别解链约25°或60° 。可以将两个基序在dsDNA双链体中容纳两次，而不会造成任何稳定性损失，并且不从该观察结果和建模结果推断出，可以想象的是，两个基序都可以在dsDNA双链体中繁殖多次。这些新的基序扩展了DNA识别范围

  DOI：

  10.1002/chem.201103467