5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-[2-(N-methylcarbamoyl)ethyl]uridine 3'-(2-cyanoethyl-N,N-diisopropylphosphoramidite) | 949158-34-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-[2-(N-methylcarbamoyl)ethyl]uridine 3'-(2-cyanoethyl-N,N-diisopropylphosphoramidite)
• 英文别名: 3-[(2R,3R,4R,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-[2-cyanoethoxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxy-2-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]oxy-N-methylpropanamide
• CAS: 949158-34-3
• 化学式: C₄₃H₅₄N₅O₁₀P
• 分子量: 831.903
• InChiKey: MIDMPNCXKSAXJU-VJPJVJEPSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.1
• 重原子数：
  59
• 可旋转键数：
  21
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.44
• 拓扑面积：
  170
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  12

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-[2-(N-methylcarbamoyl)ethyl]uridine 3'-(2-cyanoethyl-N,N-diisopropylphosphoramidite) 在 5-[3,5-双(三氟甲基)苯]四唑 、 ammonium hydroxide 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 5.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  Synthesis and properties of oligonucleotides modified with 2′-O-(2-carboxyethyl)nucleotides and their carbamoyl derivatives

  摘要：

  合成了含有四种 2â²-O-修饰尿苷衍生物的 2â²-O-甲基寡核苷酸。通过光谱分析和分子动力学模拟研究了它们的双链稳定性、水合行为和抗外切酶能力。结果表明，用 2-氨基甲酰乙基或 2-（N-甲基氨基甲酰）乙基对尿苷残基进行 2â²-O修饰可显著提高抗外切酶能力，而不会降低双链的稳定性。

  DOI：

  10.1039/c4ob01260g
• 作为产物：
  描述：

  N3-benzoyl-2'-O-(2-methoxycarbonylethyl)-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)uridine 在 吡啶 、 四氮唑 、 甲醇 、 triethylamine tris(hydrogen fluoride) 、 三乙胺 、 二异丙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 乙醇 、 乙腈 为溶剂， 生成 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-[2-(N-methylcarbamoyl)ethyl]uridine 3'-(2-cyanoethyl-N,N-diisopropylphosphoramidite)
  参考文献：
  名称：

  Synthesis and properties of oligonucleotides modified with 2′-O-(2-carboxyethyl)nucleotides and their carbamoyl derivatives

  摘要：

  合成了含有四种 2â²-O-修饰尿苷衍生物的 2â²-O-甲基寡核苷酸。通过光谱分析和分子动力学模拟研究了它们的双链稳定性、水合行为和抗外切酶能力。结果表明，用 2-氨基甲酰乙基或 2-（N-甲基氨基甲酰）乙基对尿苷残基进行 2â²-O修饰可显著提高抗外切酶能力，而不会降低双链的稳定性。

  DOI：

  10.1039/c4ob01260g

文献信息

• Synthesis of 2′-<i>O</i>-[2-(<i>N</i>-Methylcarbamoyl)ethyl]ribonucleosides Using Oxa-Michael Reaction and Chemical and Biological Properties of Oligonucleotide Derivatives Incorporating These Modified Ribonucleosides
  作者：Takeshi Yamada、Natsuki Okaniwa、Hisao Saneyoshi、Akihiro Ohkubo、Kohji Seio、Tetsuya Nagata、Yoshitsugu Aoki、Shin’ichi Takeda、Mitsuo Sekine

  DOI：10.1021/jo101963z

  日期：2011.5.6

  2′-O-modification on the nuclease resistance of oligonucleotides incorporating the 2′-O-modified ribonucleosides and their hybridization affinities for the complementary RNA and DNA strands, 2′-O-MCE-ribonucleoside phosphoramidite derivatives were successfully synthesized and subjected to the synthesis of 2′-O-MCE-oligonucleotides and 2′-O-methyl-oligonucleotides incorporating 2′-O-MCE-ribonucleosides. The 2′-O

  为了开发含有新的2'- O-修饰的核糖核苷作为核酸药物的寡核苷酸，我们合成了3种类型的在2'-羟基被2-（甲氧基羰基）乙基（MOCE），2-（N-甲基氨基甲酰基）修饰的核糖核苷衍生物。通过适当保护的核糖核苷（U，C，A和G）衍生物的oxa-Michael反应，将乙基（MCE）和2-（N，N-二甲基氨基甲酰基）乙基（DMCE）基团作为关键中间体。其中，发现2'- O- MCE核糖核苷在碱性条件下最稳定。研究2'- O-修饰对掺入2'- O的寡核苷酸的核酸酶抗性的影响修饰的核糖核苷及其对互补RNA和DNA链的杂交亲和力，成功合成了2' - O -MCE-核糖核苷亚磷酰胺衍生物，并进行了2' - O -MCE-寡核苷酸和2'- O-甲基-核苷酸的合成包含2' - O -MCE-核糖核苷的寡核苷酸。2'- Ô -MCE寡核苷酸和嵌合低聚物2'- ö -MCE和2'- ö甲基基团如此得到证实互补RNA链和高得多的核酸酶抗性比相应的2'-
• 2'-Hydroxyl Group-Modified Ribonucleoside Derivatives
  申请人：Sekine Mitsuo

  公开号：US20100016574A1

  公开（公告）日：2010-01-21

  Provided is a ribonucleoside derivative represented by General Formula (I): (wherein R 1 represents a hydrogen atom or the like, R 2 represents a hydrogen atom or the like, R 3 represents a methyl group or the like, and B represents a nucleic acid base residue optionally having a protecting group or a modifying group). An RNA containing this ribonucleoside derivative shows excellent hybridization ability and resistance to nuclease.

  提供的是一种核糖核苷衍生物，其通式表示为(I)：（其中R1表示氢原子或类似物，R2表示氢原子或类似物，R3表示甲基基团或类似物，B表示一个核酸碱基残基，可选地具有保护基或修饰基）。含有这种核糖核苷衍生物的RNA表现出优异的杂交能力和核酸酶抗性。
• 2'-HYDROXYL-MODIFIED RIBONUCLEOSIDE DERIVATIVE
  申请人：TOKYO INSTITUTE OF TECHNOLOGY

  公开号：EP2006293B1

  公开（公告）日：2016-08-24
• US8039611B2
  申请人：——

  公开号：US8039611B2

  公开（公告）日：2011-10-18
• Synthesis and properties of oligonucleotides modified with 2′-O-(2-carboxyethyl)nucleotides and their carbamoyl derivatives
  作者：Takeshi Yamada、Yoshiaki Masaki、Natsuki Okaniwa、Takashi Kanamori、Akihiro Ohkubo、Hirosuke Tsunoda、Kohji Seio、Mitsuo Sekine

  DOI：10.1039/c4ob01260g

  日期：——

  2′-O-Methyl oligoribonucleotides with four kinds of 2′-O-modified uridine derivatives were synthesised. Their duplex stability, hydration behavior and exonuclease resistance were studied by spectroscopic analyses and molecular dynamics simulations. Consequently, 2′-O-modification of the uridine residue with 2-carbamoylethyl or 2-(N-methylcarbamoyl)ethyl groups resulted in a significant improvement of the exonuclease resistance without the loss of duplex stability.

  合成了含有四种 2â²-O-修饰尿苷衍生物的 2â²-O-甲基寡核苷酸。通过光谱分析和分子动力学模拟研究了它们的双链稳定性、水合行为和抗外切酶能力。结果表明，用 2-氨基甲酰乙基或 2-（N-甲基氨基甲酰）乙基对尿苷残基进行 2â²-O修饰可显著提高抗外切酶能力，而不会降低双链的稳定性。