N-(4-nitrophenyl)-5-((3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl)pentanamide | 33755-54-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 生物素及其衍生物
• 英文名称: N-(4-nitrophenyl)-5-((3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl)pentanamide
• 英文别名: N-biotinyl-4-nitroaniline；5-(2-Oxo-hexahydro-thieno[3,4-D]imidazol-6-YL)-pentanoic acid (4-nitro-phenyl)-amide；5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxo-1,3,3a,4,6,6a-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]-N-(4-nitrophenyl)pentanamide
• CAS: 33755-54-3
• 化学式: C₁₆H₂₀N₄O₄S
• 分子量: 364.425
• InChiKey: PORZMUYPQKOFQY-YDHLFZDLSA-N

物化性质

• 沸点：
  728.5±55.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.345±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.5
• 重原子数：
  25
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.5
• 拓扑面积：
  141
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-(4-nitrophenyl)-5-((3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl)pentanamide 在 palladium 10% on activated carbon 、 氢气 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 以90%的产率得到N-(4-aminophenyl)-5-((3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl)pentanamide
  参考文献：
  名称：

  用于蛋白质组学应用的同位素编码马来酰亚胺亲和标签

  摘要：

  同位素编码的亲和标签 (ICAT) 是基于质谱的定量蛋白质组学的宝贵工具，特别是用于比较正常、应激和患病组织中的蛋白质（半胱氨酸残基）硫醇氧化状态。然而，在大多数商业 ICAT 中使用的碘乙酰胺亲电试剂具有较差的硫醇选择性和适度的加合物形成率，这可能导致虚假结果。因此，我们设计并合成了三种含有硫醇选择性N-烷基马来酰亚胺亲电试剂（同位素编码的马来酰亚胺亲和标签 = ICMAT）的 ICAT，并将它们评估为用于溶菌酶和肌肉蛋白质组比例分析的质谱探针。两个包含丁烯/D 8 的ICMAT 对-丁烯接头是有效的 MS 探针，但对于典型的蛋白质组学工作流程而言并不理想，因为带有这些标签的肽段通常不会与 HPLC 共流出。转换为亚苯基/ 13 C 6 -亚苯基接头解决了这个问题，同时不影响加合物形成的效率。

  DOI：

  10.1021/acs.bioconjchem.1c00206
• 作为产物：
  描述：

  D-生物素 在 吡啶 、 氯化亚砜 、 calcium chloride 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 2.0h， 生成 N-(4-nitrophenyl)-5-((3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl)pentanamide
  参考文献：
  名称：

  用于蛋白质组学应用的同位素编码马来酰亚胺亲和标签

  摘要：

  同位素编码的亲和标签 (ICAT) 是基于质谱的定量蛋白质组学的宝贵工具，特别是用于比较正常、应激和患病组织中的蛋白质（半胱氨酸残基）硫醇氧化状态。然而，在大多数商业 ICAT 中使用的碘乙酰胺亲电试剂具有较差的硫醇选择性和适度的加合物形成率，这可能导致虚假结果。因此，我们设计并合成了三种含有硫醇选择性N-烷基马来酰亚胺亲电试剂（同位素编码的马来酰亚胺亲和标签 = ICMAT）的 ICAT，并将它们评估为用于溶菌酶和肌肉蛋白质组比例分析的质谱探针。两个包含丁烯/D 8 的ICMAT 对-丁烯接头是有效的 MS 探针，但对于典型的蛋白质组学工作流程而言并不理想，因为带有这些标签的肽段通常不会与 HPLC 共流出。转换为亚苯基/ 13 C 6 -亚苯基接头解决了这个问题，同时不影响加合物形成的效率。

  DOI：

  10.1021/acs.bioconjchem.1c00206

文献信息

• Advanced drug development and manufacturing
  申请人：Los Alamos National Security, LLC

  公开号：EP2511844A2

  公开（公告）日：2012-10-17

  There is described an apparatus for measuring protein characteristics comprising an X-ray fluorescence (XRF) spectrometer comprising a source of polychromatic X-rays, an X-ray detector, a protein, a molecule that has been exposed to and at least weakly binds to the protein, a plurality of X-ray fluorescence signal data obtained by irradiating chemical elements in the protein and molecule with the polychromatic X-rays and a security system for maintaining records for the data from the plurality of X-ray fluorescence signal measurements. There is also described an x-ray microscope for measuring a sample.

  描述了一种测量蛋白质特性的仪器，该仪器包括一个 X 射线荧光 (XRF) 光谱仪，其中包括一个多色 X 射线源、一个 X 射线探测器、一个蛋白质、一个已暴露于该蛋白质并至少与该蛋白质弱结合的分子、通过用多色 X 射线照射蛋白质和分子中的化学元素而获得的多个 X 射线荧光信号数据，以及一个用于维护多个 X 射线荧光信号测量数据记录的安全系统。此外，还介绍了一种用于测量样品的 X 射线显微镜。
• ADVANCED DRUG DEVELOPMENT AND MANUFACTURING
  申请人：Los Alamos National Security, LLC

  公开号：EP2084519A2

  公开（公告）日：2009-08-05
• X-RAY FLUORESCENCE ANALYSIS METHOD
  申请人：Los Alamos National Security, LLC

  公开号：EP2084519B1

  公开（公告）日：2012-08-01
• X-ray microscope
  申请人：XRpro Sciences, Inc.

  公开号：EP2511844B1

  公开（公告）日：2015-08-12
• Advanced Drug Development and Manufacturing
  申请人：XRpro Sciences, Inc.

  公开号：US20150309021A1

  公开（公告）日：2015-10-29

  X-ray fluorescence (XRF) spectrometry has been used for detecting binding events and measuring binding selectivities between chemicals and receptors. XRF may also be used for estimating the therapeutic index of a chemical. For estimating the binding selectivities of a chemical versus chemical analogs, for measuring post translational modification of proteins, and for drug manufacturing.