methyl 4-((4-(4,5-dibromo-1H-pyrrole-2-carboxamido)piperidin-1-yl)methyl)benzoate

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 哌啶类
• 英文名称: methyl 4-((4-(4,5-dibromo-1H-pyrrole-2-carboxamido)piperidin-1-yl)methyl)benzoate
• 英文别名: methyl 4-[[4-[(4,5-dibromo-1H-pyrrole-2-carbonyl)amino]piperidin-1-yl]methyl]benzoate
• 化学式: C₁₉H₂₁Br₂N₃O₃
• 分子量: 499.202
• InChiKey: AFJPSTRDPMISQS-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4
• 重原子数：
  27
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.37
• 拓扑面积：
  74.4
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  methyl 4-((4-(4,5-dibromo-1H-pyrrole-2-carboxamido)piperidin-1-yl)methyl)benzoate 在 水 、 lithium hydroxide 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 以92%的产率得到4-((4-(4,5-dibromo-1H-pyrrole-2-carboxamido)piperidin-1-yl)methyl)benzoic acid
  参考文献：
  名称：

  针对新的DNA促旋酶B ATP结合位点抑制剂的连接子转换方法

  摘要：

  由于越来越多的细菌产生抗药性，具有新作用机理的化合物至关重要。DNA促旋酶B是在抗菌素发现领域进行过深入研究的治疗靶标之一。在本工作中，我们合成了一个潜在的DNA促旋酶B抑制剂的有针对性的文库，该抑制剂文库由两个关键的药效基团组成，它们通过三种类型的sp 3连接丰富的接头以获得化合物的三个结构类别。使用分子对接，分子动力学和结合位点中的保守水的分析，我们确定了哌啶-4-基和4-环己基吡咯-2-羧酰胺的良好结合模式，同时预测了与哌嗪吡咯-2的活性位点的不利相互作用-羧酰胺。制备的化合物在分离的酶DNA促旋酶B上的生物学评估证实了我们的预测，并提供了多种DNA促旋酶B的中度有效抑制剂。即反式-4-（4,5-二溴-1 H-吡咯-2-羧酰胺）环己基）甘氨酸和具有IC 50的4-（4-（3,4-二氯-5-甲基-1 H-吡咯-2-羧酰胺基）哌啶-1-基）-4-氧代丁酸 分别为16和0.5μM。

  DOI：

  10.1016/j.ejmech.2016.09.040
• 作为产物：
  描述：

  4,5-二溴-1H-吡咯-2-羧酸 在 N-甲基吗啉 、 1-羟基苯并三唑 、 caesium carbonate 、 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 、 三氟乙酸 作用下， 以 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 32.17h， 生成 methyl 4-((4-(4,5-dibromo-1H-pyrrole-2-carboxamido)piperidin-1-yl)methyl)benzoate
  参考文献：
  名称：

  针对新的DNA促旋酶B ATP结合位点抑制剂的连接子转换方法

  摘要：

  由于越来越多的细菌产生抗药性，具有新作用机理的化合物至关重要。DNA促旋酶B是在抗菌素发现领域进行过深入研究的治疗靶标之一。在本工作中，我们合成了一个潜在的DNA促旋酶B抑制剂的有针对性的文库，该抑制剂文库由两个关键的药效基团组成，它们通过三种类型的sp 3连接丰富的接头以获得化合物的三个结构类别。使用分子对接，分子动力学和结合位点中的保守水的分析，我们确定了哌啶-4-基和4-环己基吡咯-2-羧酰胺的良好结合模式，同时预测了与哌嗪吡咯-2的活性位点的不利相互作用-羧酰胺。制备的化合物在分离的酶DNA促旋酶B上的生物学评估证实了我们的预测，并提供了多种DNA促旋酶B的中度有效抑制剂。即反式-4-（4,5-二溴-1 H-吡咯-2-羧酰胺）环己基）甘氨酸和具有IC 50的4-（4-（3,4-二氯-5-甲基-1 H-吡咯-2-羧酰胺基）哌啶-1-基）-4-氧代丁酸 分别为16和0.5μM。

  DOI：

  10.1016/j.ejmech.2016.09.040

文献信息

• Linker-switch approach towards new ATP binding site inhibitors of DNA gyrase B
  作者：Marko Jukič、Janez Ilaš、Matjaž Brvar、Danijel Kikelj、Jožko Cesar、Marko Anderluh

  DOI：10.1016/j.ejmech.2016.09.040

  日期：2017.1

  active site for piperazine pyrrole-2-carboxamides. Biological evaluation of prepared compounds on isolated enzyme DNA gyrase B confirmed our predictions and afforded multiple moderately potent inhibitors of DNA gyrase B. Namely trans-4-(4,5-dibromo-1H-pyrrole-2-carboxamide)cyclohexyl)glycine and 4-(4-(3,4-dichloro-5-methyl-1H-pyrrole-2-carboxamido)piperidin-1-yl)-4-oxobutanoic acid with an IC50 value

  由于越来越多的细菌产生抗药性，具有新作用机理的化合物至关重要。DNA促旋酶B是在抗菌素发现领域进行过深入研究的治疗靶标之一。在本工作中，我们合成了一个潜在的DNA促旋酶B抑制剂的有针对性的文库，该抑制剂文库由两个关键的药效基团组成，它们通过三种类型的sp 3连接丰富的接头以获得化合物的三个结构类别。使用分子对接，分子动力学和结合位点中的保守水的分析，我们确定了哌啶-4-基和4-环己基吡咯-2-羧酰胺的良好结合模式，同时预测了与哌嗪吡咯-2的活性位点的不利相互作用-羧酰胺。制备的化合物在分离的酶DNA促旋酶B上的生物学评估证实了我们的预测，并提供了多种DNA促旋酶B的中度有效抑制剂。即反式-4-（4,5-二溴-1 H-吡咯-2-羧酰胺）环己基）甘氨酸和具有IC 50的4-（4-（3,4-二氯-5-甲基-1 H-吡咯-2-羧酰胺基）哌啶-1-基）-4-氧代丁酸 分别为16和0.5μM。