N-(4,8-dihydro-4-oxoimidazo[1,2-a]-1,3,5-triazin-2-yl)-2-methylpropanamide | 110472-07-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氮化合物
• 英文名称: N-(4,8-dihydro-4-oxoimidazo[1,2-a]-1,3,5-triazin-2-yl)-2-methylpropanamide
• 英文别名: 2-<(2-methylpropionyl)amino>-8H-imidazo<1,2-a>-s-triazin-4-one；2-[(N²-isobutyryl)-amino]-8H-imidazo[1,2-a]-s-triazin-4-one；2-(isobutyryl)amino-8H-imidazo[1,2-a]-s-triazin-4-one；N²-isobutyryl-5-aza-7-deazaguanine；2-methyl-N-(4-oxo-3H-imidazo[1,2-a][1,3,5]triazin-2-yl)propanamide
• CAS: 110472-07-6
• 化学式: C₉H₁₁N₅O₂
• 分子量: 221.219
• InChiKey: COGVZSKKVYGBBZ-UHFFFAOYSA-N

物化性质

• 密度：
  1.54±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.2
• 重原子数：
  16
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.33
• 拓扑面积：
  88.4
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-(4,8-dihydro-4-oxoimidazo[1,2-a]-1,3,5-triazin-2-yl)-2-methylpropanamide 在 N-碘代丁二酰亚胺 、 tris(2-methoxyethyl)amine 、 potassium carbonate 作用下， 以 二氯甲烷 、 乙腈 为溶剂， 反应 2.0h， 生成 N-{8-[2-deoxy-3,5-di-O-(p-toluoyl)-α-L-erythro-pentofuranosyl]-4,8-dihydro-6-iodo-4-oxoimidazo[1,2-a]-1,3,5-triazin-2-yl}-2-methylpropanamide
  参考文献：
  名称：

  7-碘-5-氮杂-7-脱氮鸟嘌呤：端粒D和L配置2-脱氧核糖核苷的合成。

  摘要：

  的碘化Ñ 2异丁酰基-5-氮杂-7-脱氮鸟嘌呤（7）配有Ñ碘代丁二酰亚胺（NIS），得到7-碘Ñ 2异丁酰基-5-氮杂-7-脱氮鸟嘌呤（8在一个区域选择性反应）（方案1）。用2-脱氧-3，5-二-O-甲苯甲酰基-α -D-或α - L-赤型-戊呋喃糖基氯进行8的核碱基-阴离子糖基化提供了D-和L-核苷的异头混合物。通过结晶分离异头物D-核苷，得到α -D-异头物和β-D-异头物，具有出色的光学纯度。脱保护得到7-碘-5-氮杂-7-脱氮鸟嘌呤2'-脱氧核糖核苷3（β - D;≥99％de）和4（α- D;≥99％de）。用D系列进行的反应序列也应用于L-核苷，以提供化合物5（β- L;≥99％de）和6（α- L;≥95％de）。

  DOI：

  10.1002/hlca.200490201
• 作为产物：
  描述：

  8-(2-deoxy-β-D-erythro-pentofuranosyl)-2-(isobutyrylamino)-8H-imidazo<1,2-a><1,3,5>triazin-4-one 在 氨 作用下， 以 水 为溶剂， 生成 N-(4,8-dihydro-4-oxoimidazo[1,2-a]-1,3,5-triazin-2-yl)-2-methylpropanamide
  参考文献：
  名称：

  5-Aza-7-deaza-2'-deoxyguanosine：双碱基核心中具有新颖碱基对，平行链取向和质子化位点的寡核苷酸双链体

  摘要：

  合成了含有5-氮杂-7-脱氮-2'-脱氧鸟苷（1）的寡核苷酸。用膦酸酯15或亚磷酰胺5进行固相合成。还使用了氨基未保护的膦酸酯4。含有1个寡核苷酸的杂交研究导致新的碱基对导致双链具有平行（ps）或反平行（aps）链取向。在具有平行链的那些中，在5-氮杂-7-脱氮鸟嘌呤和鸟嘌呤或7-脱氮鸟嘌呤之间观察到稳定的“嘌呤-嘌呤”碱基对。当5-氮杂-7-脱氮鸟嘌呤与胞嘧啶配对时，会形成反平行链双链体。该碱基对在中性条件下仅具有两个氢键，但在酸性介质中被第三个氢键稳定。在1的碱基和异鸟嘌呤（中性培养基）之间也检测到新的碱基对。

  DOI：

  10.1002/(sici)1099-0690(199902)1999:2<485::aid-ejoc485>3.0.co;2-j

文献信息

• Nucleobase-Functionalized 5-Aza-7-deazaguanine Ribo- and 2′-Deoxyribonucleosides: Glycosylation, Pd-Assisted Cross-Coupling, and Photophysical Properties
  作者：Peter Leonard、Dasharath Kondhare、Xenia Jentgens、Constantin Daniliuc、Frank Seela

  DOI：10.1021/acs.joc.9b01347

  日期：2019.11.1

  nucleobase recognition pattern of 5-aza-7-deazaguanine nucleosides makes them valuable for construction of homo purine DNA, silver-mediated base pairs, and expansion of the four letter genetic coding system. To widen the utility of 5-aza-7-deazaguanine nucleosides, side chains were introduced at position-7 of the nucleobase. As key compounds, 7-iodo nucleosides were synthesized. Nucleobase anion glycosylation

  5-氮杂-7-脱氮鸟嘌呤核苷的特殊核碱基识别模式使其对于构建高嘌呤DNA，银介导的碱基对以及扩展四字母遗传编码系统具有重要价值。为了扩大5-氮杂-7-脱氮鸟嘌呤核苷的效用，在核碱基的7位引入了侧链。作为关键化合物，合成了7碘核苷。异丁酰化的5-氮杂-7-脱氮鸟嘌呤的碘衍生物与2,3,5-三-O-苯甲酰基-1-O-乙酰基-d-呋喃核糖的溴糖的核碱基阴离子糖基化得到纯的β-D异头N -9糖基化产物（67％），而一锅Vorbrüggen条件仅产生42％的碘化核苷。非碘代核苷的形成率为84％。为了合成2'-脱氧核糖核苷，用Hoffer's 2'进行阴离子糖基化 -脱氧卤代糖产生2'-脱氧核糖核苷的异头混合物（α-D= 33％，β-D= 39％）。通过Pd辅助的Sonogashira或Suzuki-Miyaura交叉偶联，从未保护的核苷制备各种侧链衍生物。在功能化的核糖核苷和异头2'-脱氧核糖核苷中
• 2-Amino-8-(2-deoxy-2-fluoro-β-D-arabinofuranosyl)imidazo[1,2-a]-1,3,5-triazin-4(8H)-one: Synthesis and Conformation of a 5-Aza-7-deazaguanine Fluoronucleoside
  作者：Virginie Glaçon、Frank Seela

  DOI：10.1002/hlca.200490113

  日期：2004.5

  glycosylation of 2-[(2-methyl-1-oxopropyl)amino]imidazo[1,2-a]-1,3,5-triazin-4(8H)-one (6) with 3,5-di-O-benzoyl-2-deoxy-2-fluoro-α-D-arabinofuranosyl bromide (8) furnishes a mixture of the benzoyl-protected anomeric 2-amino-8-(2-deoxy-2-fluoro-D-arabinofuranosyl)imidazo[1,2-a]-1,3,5-triazin-4(8H)-ones 9/10 in a ratio of ca. 1 : 1. After deprotection, the inseparable anomeric mixture 3/4 was silylated. The obtained

  2-[（（2-甲基-1-氧丙基）氨基]咪唑[1,2 - a ] -1,3,5-三嗪-4（8 H）-one（6）与3,5的核碱基阴离子糖基化-二-O-苯甲酰基-2-脱氧-2-氟-α -D-阿拉伯呋喃糖基溴化物（8）提供了苯甲酰基保护的异头2-氨基-8-（2-脱氧-2-氟-D-的混合物阿拉伯呋喃糖基）咪唑并[1,2一] -1,3,5-三嗪-4（8 ħ） -酮9 / 10中的一个比约 1：1。去保护之后，将不可分离端基异构混合物3 / 4甲硅烷基化。得到的5- O分离-[[（1，1-二甲基乙基）二苯基甲硅烷基]衍生物11和12进行甲硅烷基化，得到核苷3及其α- D异构体4。与2'-脱氧-2'-氟阿拉伯糖鸟嘌呤类似，糖部分的构象通过阿拉伯构型的氟取代基从S向N移位。
• The 2′-C-methylribonucleoside of 5-aza-7-deaza-7-iodoguanine: Hydrogen and halogen bonding in nucleoside crystals, synthesis and physical properties
  作者：Dasharath Kondhare、Xenia Heddinga、Simone Budow-Busse、Constantin Daniliuc、Frank Seela

  DOI：10.1016/j.molstruc.2023.135535

  日期：2023.8

  structure of the 5-aza-7-deaza-7-iodoguanine 2′-C-methylribonucleoside 1 is described. The nucleoside was synthesized by stereoselective nucleobase anion glycosylation, yielding the protected nucleoside (70%), which was then deprotected to 1. By the same route, the non-iodinated 2′-C-methylribonucleoside 2 was obtained. In solution, the CD-spectrum of the iodinated 2′-C-methylribonucleoside 1 displays an

  描述了5-aza-7-deaza-7-iodoguanine 2'- C-甲基核糖核苷1的单晶 X 射线结构。核苷通过立体选择性核碱基阴离子糖基化合成，产生受保护的核苷 (70%)，然后脱保护为1。同法得到非碘化的2'- C-甲基核糖核苷2 。在溶液中，与非卤化2相比，碘化 2'- C-甲基核糖核苷1的 CD 光谱显示出几乎类似镜子的棉花效应，揭示了碘取代基对分子的强烈影响。铃木-宫浦交叉联轴器1与芘硼酸产生染料共轭物。芘偶联物显示出溶剂依赖性激基复合物荧光。根据1的单晶 X 射线结构，确定了固态构象参数。该分子显示出反构象、C3'-内( N ) 糖褶皱和5'-羟基的反周面取向。除了经典的氢键外，核苷1还具有从碘取代基到糖氧 O3' 的卤素键。Hirshfeld 表面分析支持这一发现。核苷1形成规则的、紧密堆积的结构，在核碱基之间和糖残基之间具有堆叠相互作用。碘化 2'- C-甲基核糖核苷1的晶体堆积与相应的核糖-和
• [EN] NUCLEOSIDE DERIVATIVES AND THEIR USE AS MEDICAMENTS
  申请人：BOEHRINGER MANNHEIM GMBH

  公开号：WO1991001325A1

  公开（公告）日：1991-02-07

  (DE) Die Erfindung betrifft Nucleosid- und Nucleotid-Derivate, Verfahren zur Herstellung dieser Verbindungen sowie die Verwendung dieser Nucleosid-Derivate als Arzneimittel sowie deren Verwendung bei der Sequenzierung von Nucleinsäuren. Gegenstand der vorliegenden Erfindung sind neue Nucleosid-Derivate der allgemeinen Formel (I), in der Ba eine durch R1, R2 und R3 substituierte Indolyl- (A), Benzimidazolyl- (B), Pyrrolopyridinyl- (C), Imidazopyridinyl- (D), Triazolopyrimidinyl- (E), Imidazotriazinyl- (F) oder Imidazopyrimidinylgruppe (G) bedeutet, R1, R2, R3, die gleich oder verschieden sein können, Wasserstoff, Halogen, eine C1-C7-Alkyl-, C2-C7-Alkenyl-, Hydroxy-, Mercapto-, C1-C7-Alkylthio-, C1-C7-Alkyloxy-, C2-C7-Alkenyloxy-, Ar-C1-C5-Alkyl-, Ar-C2-C5-Alkenyl-, Ar-C1-C5-Alkyloxy-, Ar-C2-C5-Alkenyloxy-, Aryloxy-, Nitro-, Amino-C1-C7-Alkyl-, C1-C7-Alkylamino-C1-C7-Alkyl-, Di-C1-C7-Alkylamino-C1-C7-Alkyl-, Amino-, eine substituierte Aminogruppe-NHR4, bzw. -N(R4)2, oder eine Iminogruppe -N=CH-R4 bedeuten, und R4 die in der Beschreibung angegebene Bedeutung hat, R5, R6, R7 und R8 jeweils Wasserstoff bzw. einer oder zwei der Reste R5, R6, R7 und R8 eine Hydroxy-, Halogen, Cyano-, Azido- oder eine substituierte Aminogruppe -NHR4 bzw. -N(R4)2 bedeuten, oder R5 und R7 zusammen eine weitere Bindung zwischen C-2' und C-3' darstellen können, und Y Wasserstoff oder eine C1-C7-Alkylcarbonyl-, Monophosphat-, Diphosphat- oder Triphosphatgruppe darstellt, wobei ''Aryl'' eine Phenyl- oder Naphthylgruppe und ''Hetaryl'' eine Furanyl-, Thienyl- oder Pyridylgruppe bedeutet, sowie deren mögliche Anomere, N7- bzw. N9-Regioisomere (Purin-Nomenklatur), Tautomere und Salze, sowie Nucleinsäuren, die Verbindungen der Formel (I) als Baustein enthalten.(EN) Derivatives of nucleosides and nucleotides, process for their manufacture, and use of said nucleoside derivatives as medicaments and their use in the sequencing of nucleic acids. The invention concerns new derivatives of nucleosides having the general formula (I) in which Ba is an indolyl (A), benzimidazolyl (B), pyrrolopyridinyl (C), imidazopyridinyl (D), triazolopyrimidinyl (E), imidazotriazinyl (F) or imidazopyrimidinyl (G) group substituted by R1, R2 and R3, and R1, R2 and R3, which may be identical or different are hydrogen, halogen, C1-C7-alkyl, C2-C7-alkenyl, hydroxy, mercapto, C1-C7-alkylthio, C1-C7-alkyloxy, C2-C7 alkenyloxy, Ar-C1-C5-alkyl, Ar-C2-C5-alkenyl, Ar-C1-C5 alkyloxy, Ar-C2-C5 alkenyloxy, aryloxy, nitro, amino-C1-C7-alkyl, C1-C7-alkylamino-C1-C7-alkyl, Di-C1-C7-alkylamino-C1-C7-alkyl, amino groups, a substituted amino group -NHR4, or -N(R4)2, or an imino group -N=CH-R4, and R4 has the meaning given in the description; R5, R6, R7 and R8 are each hydrogen or one or two of the residues R5, R6, R7 and R8 are a hydroxy, halogen, cyano, azido or a substituted amino-NHR4 or N(R4)2 group, or R5 and R7 together can be a further bond between C-2' and C-3'; and Y is hydrogen or a C1-C7 alkyl carbonyl, monophosphate, diphosphate or triphosphate group, where ''aryl'' represents a phenyl or naphthyl group and ''hetaryl'' represents a furanyl, thienyl or pyridyl group, as well as their possible anomers, N7-or N9-regioisomers (purine nomenclature), tautomers and salts, as well as nucleic acids, which contain compounds of formula (I) as the constituents.(FR) L'invention concerne des dérivés de nucléosides et de nucléotides, un procédé pour la fabrication de ces composés ainsi que l'utilisation de ces dérivés de nucléosides comme médicaments, et leur emploi lors du séquençage d'acides nucléiques. La présente invention a pour objet de nouveaux dérivés de nucléosides de formule générale (I), dans laquelle Ba est un groupe indolyle (A) benzimidazolyle (B), pyrrolopyridinyle (C), imidazopyridinyle (D), triazolopyrimidinyle (E), imidazotriazinyle (F) ou imidazopyrimidinyle (G) substitué par R1, R2 et R3, R1, R2, R3, qui peuvent être identiques ou différents, sont hydrogène, halogène, un groupe C1-C7-alkyle, C2-C7-alkényle, hydroxy, mercapto, C1-C7-alkylthio, C1-C7-alkyloxy, C2-C7-alkényloxy, Ar-C1-C5-alkyle, Ar-C2-C5-alkényle, Ar-C1-C5-alkyloxy, Ar-C2-C5-alkényloxy, aryloxy, nitro, amino-C1-C7-alkyl, C1-C7-akylamino-C1-C7-alkyle, Di-C1-C7-alkylamino-C1-C7-alkyle, amino, un groupe amino-NHR4, ou -N(R4)2 substitué ou bien un groupe imino -N=CH- R4, et R4 a la notation donnée dans la description; R5, R6, R7 et R8 sont chacun hydrogène, et un ou deux des résidus R5, R6, R7 et R8 sont un groupe hydroxy, halogène, cyano, azido ou bien un groupe amino -NHR4 ou -N(R4)2 substitué, ou encore R5 et R7 peuvent représenter ensemble une liaison supplémentaire entre C-2' et C-3', et Y est hydrogène ou un groupe C1-C7-alkylcarbonyle, monophosphate, diphosphate ou triphosphate, 'aryle' représentant un groupe phényle ou naphtyle et 'hétaryle' est un groupe furanyle, thiényle ou pyridyle, ainsi que leurs anomères éventuels, régioisomères N7 ou N9 (nomenclature de purine), tautomères et sels, ainsi que des acides nucléiques, qui renferment comme constituants des composés de la formule (I).

  该发明涉及核苷酸、核苷酸衍生物及其合成方法，以及核苷酸衍生物作为药物的用途，同时用于核酸排序。该发明的目的是提供一种核苷酸新衍生物，其通用分子式为 (I)，其中 Ba 是对位苯并咪唑基（A）、苯并吡咯基（B）、嘌呤并吡咯基（C）、imidazopyridinyl 基（D）、三丁三吡啶基（E）、imidazotriazole 基（F）或imidazole吡啶基（G）取代的；R1、R2 和 R3 可以是氢或一个或两个；Halogens、C1-C7-烷基、C2-C7-烯基、羟基、硫羟基、C1-C7-烷基硫基、C1-C7-烷基氧基、C2-C7-烯基氧基、Ar-C1-C5-烷基、Ar-C2-C5-烯基、Ar-C1-C5-烷基氧基、Ar-C2-C5-烯基氧基、甲基氧基、硝基、氨基-C1-C7-烷基、C1-C7-烷基氨基-C1-C7-烷基、Di-C1-C7-烷基氨基-C1-C7-烷基、氨基、氨基- NHR4 或-N(R4)2 或取代的氨基 -N=CH-R4 基和 R4 为描述中给出的含义；R5、R6、R7 和 R8 每个都是氢，其中 R5、R6、R7 和 R8 的一个或两个是羟基、卤ogen、氰基、亚硝基或氨基 -NHR4 或-N(R4)2 替代基，其中 R5 和 R7 还可以形成 C-2' 和 C-3' 之间的另一个键；且 Y 是氢或 C1-C7-烷基羰基、单磷酸、二磷酸或三磷酸基，其中 'aryl' 表示苯基或 Naphtyl基，' Meteoril' 表示 furanyl、 thiinyl 或 pyridyl基，以及它们的异常体、N7-或 N9-omer（嘌呤命名法），以及 tautomers 和盐，以及核酸，包含了形式为 (I) 的核苷酸的成分。
• L-NUCLEOSIDES CONTAINING MODIFIED NUCLEOBASES
  作者：Frank Seela、W. Lin、Z. Kazimierczuk、H. Rosemeyer、V. Glaçon、X. Peng、Y. He、X. Ming、M. Andrzejewska、A. Gorska、X. Zhang、H. Eickmeier、P. La Colla

  DOI：10.1081/ncn-200059206

  日期：2005.4.1

  The synthesis of base modified L-nucleosides is described with pyrrolo[2,3-d]pyrimidines, pyrazolo[3,4-d]pyrimidines, benzimidazoles, and imidazo[1,2-a]-s-triazines as nucleobases. The conformation of the nucleosides is studied and the antiviral activity is evaluated.