[(6-{6-[5-(2-oxo-hexahydro-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl)-pentanoylamino]-hexanoylamino}-hexylcarbamoyl)-methyl]-carbamic acid tert-butyl ester

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 生物素及其衍生物
• 英文名称: [(6-{6-[5-(2-oxo-hexahydro-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl)-pentanoylamino]-hexanoylamino}-hexylcarbamoyl)-methyl]-carbamic acid tert-butyl ester
• 英文别名: [(6-{6-[5-(2-Oxo-hexahydro-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl)-pentanoylamino]-hexanoylamino}-hexylcarbamoyl)-methyl]-carbamic Acid tert-Butyl Ester；tert-butyl N-[2-oxo-2-[6-[6-[5-(2-oxo-1,3,3a,4,6,6a-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl)pentanoylamino]hexanoylamino]hexylamino]ethyl]carbamate
• 化学式: C₂₉H₅₂N₆O₆S
• 分子量: 612.834
• InChiKey: GFDJKYIFQZZOKV-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.9
• 重原子数：
  42
• 可旋转键数：
  22
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.83
• 拓扑面积：
  192
• 氢给体数：
  6
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  [(6-{6-[5-(2-oxo-hexahydro-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl)-pentanoylamino]-hexanoylamino}-hexylcarbamoyl)-methyl]-carbamic acid tert-butyl ester 在 Amberlyst A-21 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 1.25h， 生成 6-[5-(2-oxo-hexahydro-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl)-pentanoylamino]-hexanoic acid [6-(2-amino-acetylamino)-hexyl]-amide
  参考文献：
  名称：

  核酸与肽，蛋白质，发色团和生物素衍生物的共轭多功能磷酸酰胺化反应

  摘要：

  核酸与大分子或小分子的化学缀合是研究化学和生物学中的核酸并开发用于医学用途的核酸的常用方法。核酸例如寡核苷酸与肽的缀合对于避免细胞递送和作为治疗剂的寡核苷酸的特异性问题特别有用。然而，当前的方法在提供肽-寡核苷酸缀合物（POC）的能力方面是有限的并且效率低下。在这里，我们报告了一种基于新开发的核酸磷酸酰胺化方法制备POC和其他核酸偶联物的有效且可重现的方法。通过我们成功合成用于系统优化反应的新型含胺生物素衍生物，成功实现了新型核酸磷酸酰胺化反应的开发。改进的磷酰胺化反应可在3小时反应后显着提高核酸-生物素共轭物的产率，最高可达80％。任何具有末端磷酸酯基团的核酸都是适合在磷酰胺化反应中与含胺分子（例如生物素和荧光素衍生物，蛋白质以及最重要的肽）缀合的反应物，从而能够合成用于治疗用途的POC。用于研究将生物素或荧光素标记的DNA引物掺入反应产物中的聚合酶链反应（PCR）表明，适当控制核酸磷酸

  DOI：

  10.1021/bc1001505
• 作为产物：
  描述：

  biotin N-hydroxysuccinimide ester 在 吡啶 、 三乙胺 、 N,N'-二环己基碳二亚胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 25.83h， 生成 [(6-{6-[5-(2-oxo-hexahydro-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl)-pentanoylamino]-hexanoylamino}-hexylcarbamoyl)-methyl]-carbamic acid tert-butyl ester
  参考文献：
  名称：

  核酸与肽，蛋白质，发色团和生物素衍生物的共轭多功能磷酸酰胺化反应

  摘要：

  核酸与大分子或小分子的化学缀合是研究化学和生物学中的核酸并开发用于医学用途的核酸的常用方法。核酸例如寡核苷酸与肽的缀合对于避免细胞递送和作为治疗剂的寡核苷酸的特异性问题特别有用。然而，当前的方法在提供肽-寡核苷酸缀合物（POC）的能力方面是有限的并且效率低下。在这里，我们报告了一种基于新开发的核酸磷酸酰胺化方法制备POC和其他核酸偶联物的有效且可重现的方法。通过我们成功合成用于系统优化反应的新型含胺生物素衍生物，成功实现了新型核酸磷酸酰胺化反应的开发。改进的磷酰胺化反应可在3小时反应后显着提高核酸-生物素共轭物的产率，最高可达80％。任何具有末端磷酸酯基团的核酸都是适合在磷酰胺化反应中与含胺分子（例如生物素和荧光素衍生物，蛋白质以及最重要的肽）缀合的反应物，从而能够合成用于治疗用途的POC。用于研究将生物素或荧光素标记的DNA引物掺入反应产物中的聚合酶链反应（PCR）表明，适当控制核酸磷酸

  DOI：

  10.1021/bc1001505

文献信息

• METHODS FOR CONJUGATING NUCLEIC ACIDS WITH SMALL MOLECULES
  申请人：Wang Tzu-Pin

  公开号：US20120177573A1

  公开（公告）日：2012-07-12

  A method for conjugating a nucleic acid with a molecule is provided. The method includes steps of (a) reacting the nucleic acid having a 5′-monophosphate with an activating agent in a first buffer to form a solution; (b) mixing an alcohol with the solution formed in the step (a) to obtain an intermediate; and (c) dissolving the intermediate in a second buffer containing an ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA) and adding a nucleophile thereinto to react the intermediate with the nucleophile.

  提供了一种将核酸与分子结合的方法。该方法包括以下步骤：(a) 将具有5'-磷酸单酯的核酸与活化剂在第一个缓冲液中反应以形成溶液；(b) 将醇与步骤(a)中形成的溶液混合以获得中间体；(c) 将中间体溶解在含有乙二胺四乙酸（EDTA）的第二缓冲液中，并向其中加入亲核试剂以使中间体与亲核试剂发生反应。
• Methods for conjugating nucleic acids with small molecules
  申请人：Wang Tzu-Pin

  公开号：US08765934B2

  公开（公告）日：2014-07-01

  A method for conjugating a nucleic acid with a molecule is provided. The method includes steps of (a) reacting the nucleic acid having a 5′-monophosphate with an activating agent in a first buffer to form a solution; (b) mixing an alcohol with the solution formed in the step (a) to obtain an intermediate; and (c) dissolving the intermediate in a second buffer containing an ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA) and adding a nucleophile thereinto to react the intermediate with the nucleophile.

  提供了一种将核酸与分子共轭的方法。该方法包括以下步骤：(a)在第一个缓冲液中反应具有5'-单磷酸的核酸与活化剂以形成溶液；(b)将醇与步骤(a)中形成的溶液混合以获得中间体；(c)将中间体溶解在含有乙二胺四乙酸(EDTA)的第二个缓冲液中，并加入亲核试剂以使中间体与亲核试剂反应。
• US8765934B2
  申请人：——

  公开号：US8765934B2

  公开（公告）日：2014-07-01
• Versatile Phosphoramidation Reactions for Nucleic Acid Conjugations with Peptides, Proteins, Chromophores, and Biotin Derivatives
  作者：Tzu-Pin Wang、Yi-Jang Chiou、Yi Chen、Eng-Chi Wang、Long-Chih Hwang、Bing-Hung Chen、Yen-Hsu Chen、Chun-Han Ko

  DOI：10.1021/bc1001505

  日期：2010.9.15

  their effectiveness as therapeutic reagents for gene silencing, gene therapy, and RNA interference is ensured. The potential for POC use was demonstrated by two-step phosphoramidation reactions to successfully synthesize nucleic acid−tetraglycine conjugates. In addition, phosphoramidation reactions provided a facile approach to prepare nucleic acid−BSA conjugates with good yields. In summary, the new

  核酸与大分子或小分子的化学缀合是研究化学和生物学中的核酸并开发用于医学用途的核酸的常用方法。核酸例如寡核苷酸与肽的缀合对于避免细胞递送和作为治疗剂的寡核苷酸的特异性问题特别有用。然而，当前的方法在提供肽-寡核苷酸缀合物（POC）的能力方面是有限的并且效率低下。在这里，我们报告了一种基于新开发的核酸磷酸酰胺化方法制备POC和其他核酸偶联物的有效且可重现的方法。通过我们成功合成用于系统优化反应的新型含胺生物素衍生物，成功实现了新型核酸磷酸酰胺化反应的开发。改进的磷酰胺化反应可在3小时反应后显着提高核酸-生物素共轭物的产率，最高可达80％。任何具有末端磷酸酯基团的核酸都是适合在磷酰胺化反应中与含胺分子（例如生物素和荧光素衍生物，蛋白质以及最重要的肽）缀合的反应物，从而能够合成用于治疗用途的POC。用于研究将生物素或荧光素标记的DNA引物掺入反应产物中的聚合酶链反应（PCR）表明，适当控制核酸磷酸